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- PDB-8jy0: Crystal structure of RhoBAST complexed with TMR-DN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jy0
タイトルCrystal structure of RhoBAST complexed with TMR-DN
要素
  • RhoBAST
  • U1 small nuclear ribonucleoprotein A
キーワードRNA / RhoBAST / TMR-DN
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-binding region-containing protein RBM41/RNPC3 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / TRIETHYLENE GLYCOL / : / : / RNA / RNA (> 10) / Small nuclear ribonucleoprotein polypeptide A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
artificial sequences (その他)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Zhang, Y. / Xiao, Y. / Xu, Z. / Fang, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural mechanisms for binding and activation of a contact-quenched fluorophore by RhoBAST.
著者: Zhang, Y. / Xu, Z. / Xiao, Y. / Jiang, H. / Zuo, X. / Li, X. / Fang, X.
履歴
登録2023年7月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
B: RhoBAST
C: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
E: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
D: RhoBAST
F: RhoBAST
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,11118
ポリマ－97,0626
非ポリマー3,04912
水1,74797
1
A: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
B: RhoBAST
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6098
ポリマ－32,3542
非ポリマー1,2556
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3290 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area15730 Å2
手法PISA
2
C: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
D: RhoBAST
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2756
ポリマ－32,3542
非ポリマー9214
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3090 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area15820 Å2
手法PISA
3
E: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
F: RhoBAST
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2274
ポリマ－32,3542
非ポリマー8732
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2770 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area15740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.531, 158.936, 182.424
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

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要素

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タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 U1 small nuclear ribonucleoprotein A


分子量: 11744.777 Da / 分子数: 3 / 変異: Y31H,Q36R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: M0R2B8
#2: RNA鎖 RhoBAST


分子量: 20609.309 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) artificial sequences (その他)
発現宿主: in vitro transcription vector pT7-TP(deltai) (その他)

-
非ポリマー , 6種, 109分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-V8C / 5-aminocarbonyl-2-[3-(dimethylamino)-6-dimethylazaniumylidene-xanthen-9-yl]benzoate


分子量: 429.468 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H23N3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-V7U / 2,4-dinitroaniline


分子量: 183.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5N3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.06 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 40161 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.105 / Χ2: 1.185 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 216661
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.75-2.84.90.89719270.6790.8990.4361.0041.00295.8
2.8-2.8550.72419410.7140.9130.3490.8091.00695.1
2.85-2.94.90.60719160.7840.9380.2920.6790.98494.2
2.9-2.964.90.5219300.8570.9610.250.5811.02394.5
2.96-3.035.40.40219970.910.9760.1870.4461.04496.9
3.03-3.15.40.31219650.940.9840.1450.3461.08597
3.1-3.175.40.23519930.9580.9890.1080.261.10797.7
3.17-3.265.50.17219950.9840.9960.0780.191.08697.7
3.26-3.365.40.14119930.9870.9970.0640.1551.13598.1
3.36-3.465.10.15620140.9740.9940.0740.1741.7198
3.46-3.595.10.11320310.9910.9980.0530.1251.18198.9
3.59-3.735.20.13220310.9790.9950.0620.1471.69598.8
3.73-3.95.40.09820410.990.9970.0450.1081.58198.3
3.9-4.115.40.07119700.9970.9990.0320.0781.22896.9
4.11-4.3660.0620490.9980.9990.0260.0661.298.8
4.36-4.76.10.05320470.9980.9990.0220.0571.1798.8
4.7-5.175.90.04820580.99910.020.0521.13998.9
5.17-5.925.40.04520660.99810.020.0491.05198.9
5.92-7.465.60.0420590.99910.0180.0441.09897.3
7.46-505.60.03121380.99910.0140.0341.12796.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DRZ

1drz


解像度: 2.75→28.95 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 1998 4.99 %
Rwork0.2016 --
obs0.2031 40072 97.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→28.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2461 4301 2 97 6861
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097304
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.36810824
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.4212766
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061346
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009644
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-2.820.35451370.32682592X-RAY DIFFRACTION94
2.82-2.90.36521360.31282603X-RAY DIFFRACTION94
2.9-2.980.36581380.31452612X-RAY DIFFRACTION94
2.98-3.080.32211390.27542694X-RAY DIFFRACTION97
3.08-3.190.29321420.2342700X-RAY DIFFRACTION97
3.19-3.310.26271440.22792730X-RAY DIFFRACTION98
3.31-3.460.29341410.24622697X-RAY DIFFRACTION98
3.46-3.650.2541460.22192760X-RAY DIFFRACTION99
3.65-3.880.23551440.21032752X-RAY DIFFRACTION99
3.88-4.170.21381420.18322702X-RAY DIFFRACTION97
4.17-4.590.19381460.15482784X-RAY DIFFRACTION99
4.59-5.250.16951460.14982784X-RAY DIFFRACTION99
5.25-6.610.18981480.172814X-RAY DIFFRACTION98
6.61-28.950.17351490.16492850X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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