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- PDB-8jwy: Crystal structure of A2AR-T4L in complex with 2-118 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jwy
タイトルCrystal structure of A2AR-T4L in complex with 2-118
要素Adenosine receptor A2a,Endolysin
キーワードSIGNALING PROTEIN / Adenosine receptor 2A / GPCR / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / response to purine-containing compound / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / NGF-independant TRKA activation / sensory perception ...positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / response to purine-containing compound / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / NGF-independant TRKA activation / sensory perception / Surfactant metabolism / positive regulation of urine volume / synaptic transmission, dopaminergic / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / negative regulation of vascular permeability / positive regulation of glutamate secretion / synaptic transmission, cholinergic / intermediate filament / presynaptic active zone / response to caffeine / blood circulation / eating behavior / inhibitory postsynaptic potential / alpha-actinin binding / regulation of calcium ion transport / neuron projection morphogenesis / asymmetric synapse / membrane depolarization / axolemma / phagocytosis / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / prepulse inhibition / cellular defense response / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / regulation of mitochondrial membrane potential / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / astrocyte activation / response to amphetamine / central nervous system development / positive regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of long-term synaptic potentiation / excitatory postsynaptic potential / positive regulation of protein secretion / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / synaptic transmission, glutamatergic / locomotory behavior / apoptotic signaling pathway / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / vasodilation / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / blood coagulation / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / cell-cell signaling / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of neuron apoptotic process / postsynaptic membrane / host cell cytoplasm / calmodulin binding / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / defense response to bacterium / inflammatory response / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / apoptotic process / lipid binding / dendrite / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / enzyme binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Adenosine A2A receptor / Adenosine receptor / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx ...Adenosine A2A receptor / Adenosine receptor / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Lysozyme / G-protein coupled receptors family 1 signature. / Lysozyme-like domain superfamily / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / OLEIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Chem-VBF / Endolysin / Adenosine receptor A2a
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Weng, Y. / Chen, Y. / Xu, Y. / Song, G.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171215 中国
引用ジャーナル: Sci China Life Sci / 年: 2024
タイトル: Structural insight into the dual-antagonistic mechanism of AB928 on adenosine A 2 receptors.
著者: Weng, Y. / Yang, X. / Zhang, Q. / Chen, Y. / Xu, Y. / Zhu, C. / Xie, Q. / Wang, Y. / Yang, H. / Liu, M. / Lu, W. / Song, G.
履歴
登録2023年6月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosine receptor A2a,Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,36223
ポリマ－54,0591
非ポリマー6,30322
水3,729207
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6090 Å2
ΔGint11 kcal/mol
Surface area22930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.920, 76.380, 85.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.970, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Adenosine receptor A2a,Endolysin


分子量: 54058.957 Da / 分子数: 1 / 変異: C54T,C97A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: ADORA2A, ADORA2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P29274, UniProt: D9IEF7

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非ポリマー , 6種, 229分子

#2: 化合物 ChemComp-VBF / 3-[2-azanyl-6-[2-oxidanylidene-1-[[6-(2-oxidanylpropan-2-yl)pyridin-2-yl]methyl]pyridin-4-yl]pyrimidin-4-yl]-2-methyl-benzenecarbonitrile


分子量: 452.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H24N6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#4: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.55 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.8
詳細: 100 mM sodium cacodylate trihydrate pH 6.8, 200 mM sodium tartrate dibasic dihydrate, 30% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 99 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→24.9 Å / Num. obs: 25253 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 31.3 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.33→2.47 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4059 / CC1/2: 0.64

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.33→24.9 Å / SU ML: 0.3046 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.3432
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2447 1228 4.87 %
Rwork0.2062 23978 -
obs0.208 25206 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33→24.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3514 0 398 207 4119
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00183973
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.50155296
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0352582
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033630
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9821757
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.33-2.420.34841400.31072625X-RAY DIFFRACTION99.21
2.42-2.530.34021250.27952641X-RAY DIFFRACTION99.14
2.53-2.670.27091280.24392656X-RAY DIFFRACTION99.43
2.67-2.830.28761370.23612655X-RAY DIFFRACTION99.57
2.83-3.050.28121410.22662636X-RAY DIFFRACTION99.61
3.05-3.360.21281300.21492681X-RAY DIFFRACTION99.82
3.36-3.840.24321310.18322672X-RAY DIFFRACTION99.93
3.84-4.840.20761550.16492678X-RAY DIFFRACTION100
4.84-24.90.21431410.18432734X-RAY DIFFRACTION99.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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