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万見
- PDB-8jwv: Untethered R0RBR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jwv
タイトルUntethered R0RBR
要素E3 ubiquitin-protein ligase parkin
キーワードLIGASE / E3 Ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / positive regulation of retrograde transport, endosome to Golgi / regulation of lipid transport / positive regulation of neurotransmitter uptake / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of spontaneous neurotransmitter secretion / negative regulation of intralumenal vesicle formation / regulation protein catabolic process at presynapse / regulation of protein targeting to mitochondrion / cellular response to L-glutamine ...: / positive regulation of retrograde transport, endosome to Golgi / regulation of lipid transport / positive regulation of neurotransmitter uptake / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of spontaneous neurotransmitter secretion / negative regulation of intralumenal vesicle formation / regulation protein catabolic process at presynapse / regulation of protein targeting to mitochondrion / cellular response to L-glutamine / negative regulation of exosomal secretion / negative regulation of glucokinase activity / mitochondrion to lysosome vesicle-mediated transport / type 2 mitophagy / response to curcumin / cellular response to hydrogen sulfide / protein K27-linked ubiquitination / negative regulation of mitochondrial fusion / Parkin-FBXW7-Cul1 ubiquitin ligase complex / protein K29-linked ubiquitination / free ubiquitin chain polymerization / Lewy body / positive regulation of protein linear polyubiquitination / negative regulation of actin filament bundle assembly / host-mediated suppression of viral genome replication / RBR-type E3 ubiquitin transferase / regulation of synaptic vesicle transport / positive regulation of mitophagy / F-box domain binding / positive regulation of mitochondrial fusion / regulation of cellular response to oxidative stress / regulation of necroptotic process / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / mitochondrion localization / positive regulation of dendrite extension / regulation of dopamine metabolic process / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / protein K6-linked ubiquitination / dopaminergic synapse / norepinephrine metabolic process / autophagy of mitochondrion / positive regulation of type 2 mitophagy / protein localization to mitochondrion / positive regulation of proteasomal protein catabolic process / cellular response to dopamine / positive regulation of protein localization to membrane / cellular response to toxic substance / mitochondrial fission / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / aggresome assembly / protein K11-linked ubiquitination / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / cellular response to L-glutamate / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / regulation of mitochondrion organization / ubiquitin conjugating enzyme binding / regulation of canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of mitochondrial membrane potential / negative regulation of JNK cascade / aggresome / regulation of reactive oxygen species metabolic process / response to corticosterone / positive regulation of mitochondrial fission / dopamine uptake involved in synaptic transmission / ubiquitin-specific protease binding / response to muscle activity / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / regulation of dopamine secretion / startle response / dopamine metabolic process / positive regulation of ATP biosynthetic process / cullin family protein binding / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / regulation of glucose metabolic process / protein K63-linked ubiquitination / protein deubiquitination / regulation of synaptic vesicle endocytosis / regulation of protein ubiquitination / protein monoubiquitination / negative regulation of mitochondrial fission / cellular response to unfolded protein / ubiquitin ligase complex / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / proteasomal protein catabolic process / phospholipase binding / mitophagy / protein autoubiquitination / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / Josephin domain DUBs / ERAD pathway / heat shock protein binding / cellular response to manganese ion / Hsp70 protein binding / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / tubulin binding / response to endoplasmic reticulum stress
類似検索 - 分子機能
: / E3 ubiquitin-protein ligase parkin / RING/Ubox-like zinc-binding domain / Parkin, RING/Ubox like zinc-binding domain / : / : / : / RING/Ubox like zinc-binding domain / RING/Ubox like zinc-binding domain / IBR domain ...: / E3 ubiquitin-protein ligase parkin / RING/Ubox-like zinc-binding domain / Parkin, RING/Ubox like zinc-binding domain / : / : / : / RING/Ubox like zinc-binding domain / RING/Ubox like zinc-binding domain / IBR domain / : / IBR domain / In Between Ring fingers / TRIAD supradomain / TRIAD supradomain profile. / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / E3 ubiquitin-protein ligase parkin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Lenka, D.R. / Kumar, A.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)Innovative Young Biotechnology Award (DBT/12/IYBAl2019/03) and Ramalingaswami Fellowship (DBT/RLF/Re-entry/42/2019) インド
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Additional feedforward mechanism of Parkin activation via binding of phospho-UBL and RING0 in trans.
著者: Lenka, D.R. / Dahe, S.V. / Antico, O. / Sahoo, P. / Prescott, A.R. / Muqit, M.M.K. / Kumar, A.
#1: ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Additional feedforward mechanism of Parkin activation via binding of phospho-UBL and RING0 in trans
著者: Lenka, D. / Dahe, S. / Antico, O. / Sahoo, P. / Prescott, A.R. / Muqit, M.M.K. / Kumar, A.
履歴
登録2023年6月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年9月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase parkin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,49312
ポリマ－36,6481
非ポリマー84511
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.672, 132.579, 64.692
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase parkin / Parkin / Parkin RBR E3 ubiquitin-protein ligase / Parkinson juvenile disease protein 2 / Parkinson ...Parkin / Parkin RBR E3 ubiquitin-protein ligase / Parkinson juvenile disease protein 2 / Parkinson disease protein 2


分子量: 36647.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKN, PARK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60260, RBR-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.49 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 8% PEG 4000, 10% isopropanol, 0.1 M BaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8856 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→64.69 Å / Num. obs: 8503 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Num. unique obs: 1360 / CC1/2: 0.924

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0403精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4I1H

4i1h


解像度: 2.9→48.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 13.672 / SU ML: 0.265 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.413 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2537 434 5.111 %
Rwork0.217 8058 -
all0.219 --
obs-8492 98.917 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 44.299 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.584 Å20 Å2-0 Å2
2--2.942 Å20 Å2
3---0.643 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→48.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2390 0 21 19 2430
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0122500
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6671.6753377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9425304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg8.983519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.16710403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg13.72610117
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2351
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021893
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2380.21043
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.21846
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.281
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.3510.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.8410.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8234.291219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.0377.7091519
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.9594.491281
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.338.1261857
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it16.81146.269420788
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.9750.318360.272574X-RAY DIFFRACTION99.5106
2.975-3.0560.283360.28573X-RAY DIFFRACTION99.6727
3.056-3.1440.25290.25557X-RAY DIFFRACTION99.8296
3.144-3.2410.299190.231559X-RAY DIFFRACTION99.6552
3.241-3.3470.251330.214507X-RAY DIFFRACTION99.0826
3.347-3.4630.24260.235510X-RAY DIFFRACTION99.0758
3.463-3.5940.2370.2472X-RAY DIFFRACTION97.6967
3.594-3.7390.21290.21472X-RAY DIFFRACTION99.0119
3.739-3.9050.25270.185448X-RAY DIFFRACTION99.1649
3.905-4.0940.232210.19450X-RAY DIFFRACTION99.3671
4.094-4.3140.18160.18415X-RAY DIFFRACTION99.0805
4.314-4.5730.247210.183390X-RAY DIFFRACTION99.7573
4.886-5.2730.333210.183336X-RAY DIFFRACTION99.4429
5.273-5.7690.331150.225326X-RAY DIFFRACTION98.2709
6.438-7.4130.24680.246268X-RAY DIFFRACTION96.8421
7.413-9.0260.328120.235229X-RAY DIFFRACTION99.177
12.55-48.330.69970.307112X-RAY DIFFRACTION92.2481

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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