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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jv7 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the panda P2X7 receptor in complex with PPADS | ||||||
要素 | P2X purinoceptor | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Channel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 purinergic nucleotide receptor activity / extracellularly ATP-gated monoatomic cation channel activity / response to ATP / calcium ion transmembrane transport / postsynapse / ATP binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Ailuropoda melanoleuca (ジャイアントパンダ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
データ登録者 | Sheng, D. / Hattori, M. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2024 タイトル: Structural insights into the orthosteric inhibition of P2X receptors by non-ATP analog antagonists. 著者: Danqi Sheng / Chen-Xi Yue / Fei Jin / Yao Wang / Muneyoshi Ichikawa / Ye Yu / Chang-Run Guo / Motoyuki Hattori / 要旨: P2X receptors are extracellular ATP-gated ion channels that form homo- or heterotrimers and consist of seven subtypes. They are expressed in various tissues, including neuronal and nonneuronal cells, ...P2X receptors are extracellular ATP-gated ion channels that form homo- or heterotrimers and consist of seven subtypes. They are expressed in various tissues, including neuronal and nonneuronal cells, and play critical roles in physiological processes such as neurotransmission, inflammation, pain, and cancer. As a result, P2X receptors have attracted considerable interest as drug targets, and various competitive inhibitors have been developed. However, although several P2X receptor structures from different subtypes have been reported, the limited structural information of P2X receptors in complex with competitive antagonists hampers the understanding of orthosteric inhibition, hindering the further design and optimization of those antagonists for drug discovery. We determined the cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of the mammalian P2X7 receptor in complex with two classical competitive antagonists of pyridoxal-5'-phosphate derivatives, pyridoxal-5'-phosphate-6-(2'-naphthylazo-6'-nitro-4',8'-disulfonate) (PPNDS) and pyridoxal phosphate-6-azophenyl-2',5'-disulfonic acid (PPADS), and performed structure-based mutational analysis by patch-clamp recording as well as molecular dynamics (MD) simulations. Our structures revealed the orthosteric site for PPADS/PPNDS, and structural comparison with the previously reported apo- and ATP-bound structures showed how PPADS/PPNDS binding inhibits the conformational changes associated with channel activation. In addition, structure-based mutational analysis identified key residues involved in the PPNDS sensitivity of P2X1 and P2X3, which are known to have higher affinity for PPADS/PPNDS than other P2X subtypes. #1: ジャーナル: Elife / 年: 2023 タイトル: Structural insights into the orthosteric inhibition of P2X receptors by non-ATP-analog antagonists 著者: Sheng, D. / Yue, C. / Jin, F. / Wang, Y. / Ichikawa, M. / Yu, Y. / Guo, C.R. / Hattori, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8jv7.cif.gz | 176.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8jv7.ent.gz | 136.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8jv7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/8jv7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/8jv7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 36670MC 8jv8C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38716.234 Da / 分子数: 3 / 変異: V35A, R125A, E174K, N241S, N284S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Ailuropoda melanoleuca (ジャイアントパンダ) 遺伝子: PANDA_000894 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: D2GVW0 #2: 糖 | ChemComp-NAG / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: P2X7 trimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Ailuropoda melanoleuca (ジャイアントパンダ) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1300 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 161188 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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