PDB-8jur: Crystal structure of Chitoporin from Vibrio harveyi in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jur

タイトル

Crystal structure of Chitoporin from Vibrio harveyi in complex with gentamicin c1a (multiple binding sites)

要素

Chitoporin

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Outer-membrane protein / Sugar-specific porin / Marine bacteria / Chitooligosacharide / Porin

機能・相同性

機能・相同性情報

porin activity / cell outer membrane / monoatomic ion transmembrane transport
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio harveyi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.92 Å

データ登録者

Sanram, S. / Suginta, W. / Robinson, R.

資金援助

タイ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Chitoporin from Vibrio harveyi in complex with gentamicin c1a (multiple binding sites)
著者: Sanram, S. / Suginta, W.

履歴

登録	2023年6月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jur.cif.gz	409.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jur.ent.gz	335.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jur.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8jur_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jur_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8jur_validation.xml.gz	37.2 KB	表示
CIF形式データ	8jur_validation.cif.gz	50.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/8jur ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/8jur	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mdqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chitoporin

B: Chitoporin

C: Chitoporin

ヘテロ分子

117 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.326, 134.103, 145.787
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Chitoporin 分子量: 38535.668 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio harveyi (バクテリア) / 遺伝子: chiP, AL538_13355, VCHENC02_0932 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A454DK07
#2: 化合物	ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE 分子量: 306.438 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₆H₃₄O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-LLL / (2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL / GENTAMICIN C1A 分子量: 449.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₃₉N₅O₇
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Kits: MemTrans(A6) 0.08 M Sodium chloride, 0.025 M Lithium sulfate, 0.05 M HEPES pH 8.2, and 27% v/v PEG 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.97 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年3月10日
詳細: LN2-Cooled Fixed-Exit Double Crystal Si(111) Monochromator , A Pair of K-B Focusing Mirrors

放射

モノクロメーター: LN2-Cooled, Fixed-Exit Double Crystal Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.9→20.16 Å / Num. obs: 37198 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.808 / CC star: 0.846 / R_pim(I) all: 0.118 / R_rim(I) all: 0.32 / Χ²: 1.326 / Net I/σ(I): 2.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.9-2.95	6.4	1.121	1775	0.558	0.846	0.473	0.87	0.487	97.7
2.95-3	6.7	1.028	1814	0.663	0.893	0.422	1.113	0.513	99.5
3-3.06	6.9	0.909	1832	0.696	0.906	0.367	0.982	0.527	99.2
3.06-3.12	7.1	0.788	1826	0.808	0.945	0.315	0.85	0.564	99.9
3.12-3.19	7.2	0.633	1839	0.878	0.967	0.251	0.681	0.601	100
3.19-3.26	7.3	0.581	1836	0.862	0.962	0.23	0.625	0.646	100
3.26-3.35	7.3	0.484	1844	0.933	0.982	0.19	0.52	0.729	100
3.35-3.44	7.4	0.435	1868	0.929	0.981	0.171	0.468	0.788	100
3.44-3.54	7.4	0.395	1826	0.933	0.983	0.155	0.425	0.959	100
3.54-3.65	7.4	0.357	1833	0.942	0.985	0.14	0.384	1.067	100
3.65-3.78	7.4	0.315	1863	0.957	0.989	0.123	0.338	1.222	100
3.78-3.93	7.4	0.295	1859	0.96	0.99	0.116	0.317	1.395	100
3.93-4.11	7.4	0.271	1855	0.966	0.991	0.106	0.291	1.528	100
4.11-4.32	7.2	0.233	1861	0.978	0.994	0.092	0.251	1.912	100
4.32-4.59	7	0.203	1871	0.978	0.994	0.08	0.218	2.276	100
4.59-4.94	7	0.199	1871	0.977	0.994	0.079	0.214	2.308	100
4.94-5.43	7.1	0.219	1893	0.973	0.993	0.086	0.235	2.116	100
5.43-6.19	7.1	0.215	1898	0.977	0.994	0.085	0.231	1.995	100
6.19-7.73	7	0.189	1931	0.986	0.997	0.076	0.204	2.04	100
7.73-20	6.3	0.116	2003	0.995	0.999	0.049	0.127	2.732	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5MDQ

5mdq

解像度: 2.92→20.16 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.01 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.266	1869	5.03 %
R_work	0.2025	-	-
obs	0.2057	37137	99.32 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.92→20.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8093	0	91	14	8198

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	8382
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.976	11359
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.169	1231
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	1107
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1527

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.92-3	0.3468	141	0.276	2455	X-RAY DIFFRACTION	92
3-3.08	0.3001	167	0.2549	2647	X-RAY DIFFRACTION	99
3.08-3.18	0.3087	144	0.2322	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
3.18-3.3	0.2934	157	0.22	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3-3.43	0.2658	139	0.1982	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
3.43-3.58	0.2746	129	0.1869	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
3.58-3.77	0.2473	135	0.1931	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
3.77-4.01	0.3056	148	0.1936	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
4.01-4.31	0.2585	151	0.2028	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
4.31-4.74	0.2174	108	0.1814	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
4.74-5.41	0.2434	148	0.1792	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
5.42-6.78	0.2322	145	0.2024	2788	X-RAY DIFFRACTION	100
6.78-20.16	0.2679	157	0.212	2882	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -20.3382 Å / Origin y: -21.995 Å / Origin z: 32.9931 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0705 Å²	0.0153 Å²	0.0033 Å²	-	0.1322 Å²	0.0177 Å²	-	-	0.1473 Å²
L	0.1228 °²	0.06 °²	0.1582 °²	-	0.2537 °²	0.1689 °²	-	-	0.6849 °²
S	0.0178 Å °	-0.0012 Å °	-0.014 Å °	0.0711 Å °	0.0141 Å °	-0.0312 Å °	0.0047 Å °	-0.0495 Å °	0.001 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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