PDB-8juq: Crystal structure of Chitoporin from Vibrio harveyi in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8juq

タイトル

Crystal structure of Chitoporin from Vibrio harveyi in complex with gentamicin c1a

要素

Chitoporin

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Outer-membrane protein / Sugar-specific porin / Marine bacteria / Chitooligosacharide / Porin

機能・相同性

機能・相同性情報

porin activity / cell outer membrane / monoatomic ion transmembrane transport
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio harveyi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.21 Å

データ登録者

Sanram, S. / Suginta, W. / Robinson, R.

資金援助

タイ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Chitoporin from Vibrio harveyi in complex with gentamicin c1a
著者: Sanram, S. / Suginta, W.

履歴

登録	2023年6月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8juq.cif.gz	426.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8juq.ent.gz	347.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8juq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8juq_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8juq_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	8juq_validation.xml.gz	80.2 KB	表示
CIF形式データ	8juq_validation.cif.gz	111.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/8juq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/8juq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mdqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chitoporin

B: Chitoporin

C: Chitoporin

G: Chitoporin

H: Chitoporin

I: Chitoporin

ヘテロ分子

235 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chitoporin

B: Chitoporin

C: Chitoporin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
119 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: Chitoporin

H: Chitoporin

I: Chitoporin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
116 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.327, 102.919, 172.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.29, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Chitoporin 分子量: 38535.668 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio harveyi (バクテリア) / 遺伝子: chiP, AL538_13355, VCHENC02_0932 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 Omp8 rosetta / 参照: UniProt: A0A454DK07
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル分子量: 306.438 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-LLL / (2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL / GENTAMICIN C1A / ゲンタマイシンC_1a 分子量: 449.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₃₉N₅O₇
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 725 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.62 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Kits: MemTrans Condition: (A6) 0.08 M Sodium chloride, 0.025 M Lithium sulfate, 0.05 M HEPES pH 6.8, and 27% v/v PEG 400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.97 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年8月13日
詳細: LN2-Cooled Fixed-Exit Double Crystal Si(111) Monochromator , A Pair of K-B Focusing Mirrors

放射

モノクロメーター: LN2-Cooled, Fixed-Exit Double Crystal Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.21→31.38 Å / Num. obs: 169808 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.754 / CC star: 0.895 / R_pim(I) all: 0.097 / R_rim(I) all: 0.252 / Net I/σ(I): 2.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.9-2.95	6.4	1.121	1775	0.558	0.846	0.473	0.92	0.487	97.7
2.95-3	6.7	1.028	1814	0.663	0.893	0.422	1.113	0.513	99.5
3-3.06	6.9	0.909	1832	0.696	0.906	0.367	0.982	0.527	99.2
3.06-3.12	7.1	0.788	1826	0.808	0.945	0.315	0.85	0.564	99.9
3.12-3.19	7.2	0.633	1839	0.878	0.967	0.251	0.681	0.601	100
3.19-3.26	7.3	0.581	1836	0.862	0.962	0.23	0.625	0.646	100
3.26-3.35	7.3	0.484	1844	0.933	0.982	0.19	0.52	0.729	100
3.35-3.44	7.4	0.435	1868	0.929	0.981	0.171	0.468	0.788	100
3.44-3.54	7.4	0.395	1826	0.933	0.983	0.155	0.425	0.959	100
3.54-3.65	7.4	0.357	1833	0.942	0.985	0.14	0.384	1.067	100
3.65-3.78	7.4	0.315	1863	0.957	0.989	0.123	0.338	1.222	100
3.78-3.93	7.4	0.295	1859	0.96	0.99	0.116	0.317	1.395	100
3.93-4.11	7.4	0.271	1855	0.966	0.991	0.106	0.291	1.528	100
4.11-4.32	7.2	0.233	1861	0.978	0.994	0.092	0.251	1.912	100
4.32-4.59	7	0.203	1871	0.978	0.994	0.08	0.218	2.276	100
4.59-4.94	7	0.199	1871	0.977	0.994	0.079	0.214	2.308	100
4.94-5.43	7.1	0.219	1893	0.973	0.993	0.086	0.235	2.116	100
5.43-6.19	7.1	0.215	1898	0.977	0.994	0.085	0.231	1.995	100
6.19-7.73	7	0.189	1931	0.986	0.997	0.076	0.204	2.04	100
7.73-20	6.3	0.116	2003	0.995	0.999	0.049	0.127	2.732	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
HKL-2000	3.27	データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5MDQ

5mdq

解像度: 2.21→31.38 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.5 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.222	8480	4.99 %
R_work	0.1894	-	-
obs	0.191	169808	98.18 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.21→31.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16167	0	200	725	17092

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	16744
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.976	22652
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.038	2470
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	2206
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	3045

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.21-2.24	0.2658	228	0.242	4003	X-RAY DIFFRACTION	74
2.24-2.26	0.2933	245	0.2341	4946	X-RAY DIFFRACTION	91
2.26-2.29	0.3066	237	0.2351	5110	X-RAY DIFFRACTION	93
2.29-2.32	0.2871	287	0.2314	5250	X-RAY DIFFRACTION	96
2.32-2.35	0.2818	282	0.2341	5326	X-RAY DIFFRACTION	98
2.35-2.38	0.2856	256	0.2214	5448	X-RAY DIFFRACTION	99
2.38-2.42	0.2594	271	0.2037	5416	X-RAY DIFFRACTION	99
2.42-2.45	0.2304	264	0.2091	5418	X-RAY DIFFRACTION	99
2.45-2.49	0.2659	305	0.2073	5429	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.53	0.232	303	0.2041	5383	X-RAY DIFFRACTION	99
2.53-2.57	0.2683	270	0.1989	5471	X-RAY DIFFRACTION	99
2.57-2.62	0.2259	317	0.1942	5429	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.67	0.2552	284	0.1934	5413	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-2.73	0.2472	318	0.1891	5430	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.78	0.216	308	0.1788	5443	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.85	0.215	287	0.1827	5477	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-2.92	0.2494	280	0.1899	5483	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3	0.2302	313	0.1885	5381	X-RAY DIFFRACTION	100
3-3.09	0.237	255	0.1847	5531	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.19	0.2154	309	0.1734	5417	X-RAY DIFFRACTION	100
3.19-3.3	0.2043	281	0.1739	5491	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3-3.43	0.1961	294	0.1744	5458	X-RAY DIFFRACTION	100
3.43-3.59	0.2007	285	0.1723	5472	X-RAY DIFFRACTION	100
3.59-3.78	0.2173	247	0.181	5524	X-RAY DIFFRACTION	100
3.78-4.01	0.2154	250	0.1931	5533	X-RAY DIFFRACTION	100
4.01-4.32	0.2122	309	0.1945	5519	X-RAY DIFFRACTION	100
4.32-4.76	0.1811	273	0.1661	5490	X-RAY DIFFRACTION	100
4.76-5.44	0.1985	271	0.1717	5532	X-RAY DIFFRACTION	100
5.44-6.85	0.2023	340	0.1844	5502	X-RAY DIFFRACTION	100
6.85-31.38	0.217	311	0.2102	5603	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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