PDB-8juo: Crystal structure of aspartate semialdehyde dehydrogenase from Po...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8juo

タイトル

Crystal structure of aspartate semialdehyde dehydrogenase from Porphyromonas gingivalis

要素

Aspartate-semialdehyde dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Aspartate semialdehyde dehydrogenase

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

Porphyromonas gingivalis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.73 Å

データ登録者

Hwang, J. / Do, H. / Lee, J.H.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Crystals / 年: 2023
タイトル: Crystal Structure of Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase from Porphyromonas gingivalis.
著者: Hwang, J. / Do, H. / Shim, Y.S. / Lee, J.H.

履歴

登録	2023年6月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8juo.cif.gz	146.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8juo.ent.gz	112.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8juo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8juo_validation.pdf.gz	441.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8juo_full_validation.pdf.gz	443.5 KB	表示
XML形式データ	8juo_validation.xml.gz	26.5 KB	表示
CIF形式データ	8juo_validation.cif.gz	38.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/8juo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/8juo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8jusC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aspartate-semialdehyde dehydrogenase

B: Aspartate-semialdehyde dehydrogenase

74.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aspartate-semialdehyde dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
74.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Aspartate-semialdehyde dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.860, 108.860, 162.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	24
Space group name H-M	I2₁2₁2₁
Space group name Hall	I2b2c
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z+1/2 #3: -x+1/2,y,-z #4: -x,-y+1/2,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: x+1/2,-y+1/2,-z+1 #7: -x+1,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1,z+1/2

#1: タンパク質	Aspartate-semialdehyde dehydrogenase / ASA dehydrogenase / ASADH / Aspartate-beta-semialdehyde dehydrogenase 分子量: 37299.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: At the location of two residues at the C-terminal, the electron density map was very weak since it might be a reason for terminal flexibility. 由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) 遺伝子: asd, PGIN_13-1_01585 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1R4DY25, aspartate-semialdehyde dehydrogenase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Aspartate-semialdehyde dehydrogenase / ASA dehydrogenase / ASADH / Aspartate-beta-semialdehyde dehydrogenase

分子量: 37299.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: At the location of two residues at the C-terminal, the electron density map was very weak since it might be a reason for terminal flexibility.
由来: (組換発現)

Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
遺伝子: asd, PGIN_13-1_01585 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A1R4DY25, aspartate-semialdehyde dehydrogenase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.42 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.2 M calcium acetate hydrate , 0.1 M MES: NaOH (pH 6) , 10 % (w/v) Isopropanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.73→29.75 Å / Num. obs: 69004 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.3 % / B_iso Wilson estimate: 25.02 Å² / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 19.59
反射シェル	解像度: 1.73→1.79 Å / R_merge(I) obs: 1.269 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / Num. unique obs: 6845

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5	精密化
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.73→29.75 Å / SU ML: 0.1867 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 30.5138 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2378	3363	4.88 %
R_work	0.2165	65596	-
obs	0.2176	68959	99.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.73→29.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5196	0	0	346	5542

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0077	5298
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.946	7180
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0625	808
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0064	944
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	27.8096	1972

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.73-1.75	0.3328	139	0.3328	2716	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.75-1.78	0.3203	124	0.3125	2726	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.78-1.81	0.306	136	0.3037	2715	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.81-1.84	0.3111	147	0.2836	2713	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.84-1.87	0.3092	150	0.2856	2692	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.87-1.9	0.326	125	0.2909	2687	X-RAY DIFFRACTION	98.25
1.9-1.94	0.3456	138	0.3165	2614	X-RAY DIFFRACTION	96.63
1.94-1.98	0.3136	130	0.2709	2736	X-RAY DIFFRACTION	99.55
1.98-2.02	0.264	159	0.2545	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.07	0.3245	125	0.2606	2706	X-RAY DIFFRACTION	99.16
2.07-2.12	0.2474	157	0.2474	2692	X-RAY DIFFRACTION	99.03
2.12-2.18	0.2571	153	0.2298	2716	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.18-2.24	0.2727	144	0.2415	2691	X-RAY DIFFRACTION	99.44
2.24-2.32	0.2274	124	0.2274	2746	X-RAY DIFFRACTION	99.14
2.32-2.4	0.2464	137	0.226	2736	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.4-2.49	0.2359	156	0.2355	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.61	0.2974	143	0.2347	2731	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.61-2.75	0.2748	135	0.244	2760	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.75-2.92	0.2682	142	0.2371	2738	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.92-3.14	0.246	142	0.2252	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.46	0.2379	134	0.2151	2777	X-RAY DIFFRACTION	99.73
3.46-3.96	0.2147	151	0.1814	2768	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.96-4.98	0.1516	136	0.1516	2837	X-RAY DIFFRACTION	100
4.98-10	0.188	136	0.1692	2918	X-RAY DIFFRACTION	99.45

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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