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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8juo | ||||||
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タイトル | Crystal structure of aspartate semialdehyde dehydrogenase from Porphyromonas gingivalis | ||||||
要素 | Aspartate-semialdehyde dehydrogenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Aspartate semialdehyde dehydrogenase | ||||||
機能・相同性 | : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Porphyromonas gingivalis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å | ||||||
データ登録者 | Hwang, J. / Do, H. / Lee, J.H. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: Crystals / 年: 2023 タイトル: Crystal Structure of Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase from Porphyromonas gingivalis. 著者: Hwang, J. / Do, H. / Shim, Y.S. / Lee, J.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8juo.cif.gz | 146.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8juo.ent.gz | 112.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8juo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8juo_validation.pdf.gz | 441.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8juo_full_validation.pdf.gz | 443.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8juo_validation.xml.gz | 26.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8juo_validation.cif.gz | 38.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/8juo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/8juo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8jusC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37299.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: At the location of two residues at the C-terminal, the electron density map was very weak since it might be a reason for terminal flexibility. 由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) 遺伝子: asd, PGIN_13-1_01585 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1R4DY25, aspartate-semialdehyde dehydrogenase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.42 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.2 M calcium acetate hydrate , 0.1 M MES: NaOH (pH 6) , 10 % (w/v) Isopropanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.73→29.75 Å / Num. obs: 69004 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 25.02 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 19.59 |
反射 シェル | 解像度: 1.73→1.79 Å / Rmerge(I) obs: 1.269 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / Num. unique obs: 6845 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.73→29.75 Å / SU ML: 0.1867 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 30.5138 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.26 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.73→29.75 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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