PDB-8jus: Crystal structure of aspartate semialdehyde dehydrogenase from Po...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jus

タイトル

Crystal structure of aspartate semialdehyde dehydrogenase from Porphyromonas gingivalis complexed with 2',5'adenosine diphosphate

要素

Aspartate-semialdehyde dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Aspartate semialdehyde dehydrogenase

機能・相同性

ADENOSINE-2'-5'-DIPHOSPHATE / :

機能・相同性情報

生物種

Porphyromonas gingivalis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.73 Å

データ登録者

Hwang, J. / Do, H. / Lee, J.H.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Crystals / 年: 2023
タイトル: Crystal Structure of Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase from Porphyromonas gingivalis.
著者: Hwang, J. / Do, H. / Shim, Y.S. / Lee, J.H.

履歴

登録	2023年6月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jus.cif.gz	153.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jus.ent.gz	117.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jus.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8jus_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jus_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8jus_validation.xml.gz	29.7 KB	表示
CIF形式データ	8jus_validation.cif.gz	43.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/8jus ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/8jus	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8juoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aspartate-semialdehyde dehydrogenase

B: Aspartate-semialdehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

75.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Each monomer is formed bound with 2',5'-ADP compound.

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.990, 108.220, 160.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Aspartate-semialdehyde dehydrogenase / ASA dehydrogenase / ASADH / Aspartate-beta-semialdehyde dehydrogenase 分子量: 37299.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: aspartate semialdehyde dehydrogenase complexed with 2',5'-adenosine diphosphate. Two C-terminal residues have weak electron density map. 由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) 遺伝子: asd, PGIN_13-1_01585 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1R4DY25, aspartate-semialdehyde dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-A2P / ADENOSINE-2'-5'-DIPHOSPHATE 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.61 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1M HEPES pH 7.5, 25% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.73→28.77 Å / Num. obs: 68236 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / B_iso Wilson estimate: 16.54 Å² / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 29.89
反射シェル	解像度: 1.73→1.79 Å / 冗長度: 13.4 % / Mean I/σ(I) obs: 7.46 / Num. unique obs: 6742 / CC_1/2: 0.98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5	精密化
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.73→28.77 Å / SU ML: 0.1669 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.6857 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2065	3413	5 %
R_work	0.1843	64818	-
obs	0.1854	68231	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.73→28.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5196	0	54	419	5669

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0118	5356
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1154	7270
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0663	816
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0068	946
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	26.5174	1974

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.73-1.75	0.2368	140	0.2113	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.78	0.2589	143	0.2085	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.81	0.2379	138	0.1969	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.84	0.246	142	0.194	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.87	0.2466	141	0.1842	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.9	0.2232	140	0.1886	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.94	0.2285	142	0.1942	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-1.98	0.2542	140	0.1935	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.02	0.2247	140	0.1899	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.07	0.2263	142	0.1971	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.12	0.2113	142	0.1959	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.18	0.2237	140	0.1945	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.24	0.2104	141	0.189	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.32	0.2	142	0.1816	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.4	0.2158	142	0.1857	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.49	0.2066	142	0.1906	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.61	0.1934	143	0.1932	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.75	0.2097	142	0.1966	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.92	0.2146	142	0.2023	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.14	0.2403	145	0.1973	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.46	0.1874	143	0.1848	2718	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.46-3.96	0.1866	143	0.1674	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
3.96-4.98	0.1544	146	0.1493	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
4.98-10	0.2026	152	0.1743	2859	X-RAY DIFFRACTION	99.57

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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