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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jt7 | ||||||
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タイトル | Structure of arginine oxidase from Pseudomonas sp. TRU 7192 | ||||||
要素 | Amine oxidoreductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.34 Å | ||||||
データ登録者 | Yamaguchi, H. / Numoto, N. / Suzuki, H. / Nishikawa, K. / Kamegawa, A. / Takahashi, K. / Sugiki, M. / Fujiyoshi, Y. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural basis of arginine oxidase from Pseudomonas sp. TRU 7192 著者: Yamaguchi, H. / Numoto, N. / Suzuki, H. / Nishikawa, K. / Kamegawa, A. / Takahashi, K. / Matsui, D. / Asano, Y. / Sugiki, M. / Fujiyoshi, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8jt7.cif.gz | 128.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8jt7.ent.gz | 98.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8jt7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8jt7_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8jt7_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8jt7_validation.xml.gz | 31.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8jt7_validation.cif.gz | 46.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jt/8jt7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jt/8jt7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 36635MC 8t8aC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 8||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 67393.164 Da / 分子数: 1 / 断片: initiation methionine (1A), his-tags (2-7A) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas sp. (バクテリア) / 株: TPU 7192 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#2: 化合物 | ChemComp-FAD / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: homooctamer of arginine oxidase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.54 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Pseudomonas sp. (バクテリア) / 株: TPU 7192 | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: MOLYBDENUM / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA KF80 / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL CRYO ARM 300 |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 3.4 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 69.6 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5035 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D4 (2回x4回 2面回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 254111 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model |