PDB-8jsv: Dihydrofolate reductase-like enzyme from Leptospira interrogans (...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jsv

タイトル

Dihydrofolate reductase-like enzyme from Leptospira interrogans (selenomethionine derivative)

要素

Dihydrofolate reductase family protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / dihydrofolate reductase-like enzyme / spirochete

機能・相同性

NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / :

機能・相同性情報

生物種

Leptospira interrogans serovar Pomona (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Chandit, C. / Wangkanont, K.

資金援助

タイ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dihydrofolate reductase-like enzyme from Leptospira interrogans (selenomethionine derivative)
著者: Chandit, C. / Wangkanont, K.

履歴

登録	2023年6月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jsv.cif.gz	452.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jsv.ent.gz	347.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jsv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8jsv_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jsv_full_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示
XML形式データ	8jsv_validation.xml.gz	85.9 KB	表示
CIF形式データ	8jsv_validation.cif.gz	108.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/8jsv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/8jsv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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リンク

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登録構造単位

A: Dihydrofolate reductase family protein

B: Dihydrofolate reductase family protein

C: Dihydrofolate reductase family protein

D: Dihydrofolate reductase family protein

E: Dihydrofolate reductase family protein

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A: Dihydrofolate reductase family protein

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3

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ヘテロ分子

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4

G: Dihydrofolate reductase family protein

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5

I: Dihydrofolate reductase family protein

J: Dihydrofolate reductase family protein

ヘテロ分子

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48.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	84.900, 138.329, 236.699
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁
Space group name Hall	P22ab(z,x,y)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Dihydrofolate reductase family protein 分子量: 22842.211 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leptospira interrogans serovar Pomona (バクテリア) 遺伝子: IQB77_11460 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 Express Crystal / 参照: UniProt: A0A8I0PU34
#2: 化合物	... ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.81 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 100 mM sodium acetate, 200 mM ammonium sulfate, 25-27% PEG 550 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年8月2日
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→29.98 Å / Num. obs: 175482 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.8 % / B_iso Wilson estimate: 55.94 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.16 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.166 / Χ²: 0.95 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 2.55→2.59 Å / 冗長度: 15.2 % / R_merge(I) obs: 2.081 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 68438 / CC_1/2: 0.724 / R_pim(I) all: 0.549 / R_rim(I) all: 2.177 / Χ²: 0.78 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	Mar 15, 2019 BUILT=20191211	データ削減
Aimless	0.7.3	データスケーリング
PHENIX	1.14_3260	位相決定
PHENIX	1.20.1_4487	モデル構築
PHENIX	1.20.1_4487	精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.55→29.98 Å / SU ML: 0.3463 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.1447
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2345	8407	4.79 %
R_work	0.1909	167075	-
obs	0.193	175482	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→29.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15448	0	897	323	16668

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0102	16787
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2245	22724
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0681	2415
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0101	2736
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.971	5977

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.55-2.58	0.3548	283	0.2989	5664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.61	0.3278	267	0.2863	5522	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.64	0.3366	277	0.2734	5589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.67	0.3404	274	0.2755	5580	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-2.71	0.3025	283	0.2809	5605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.75	0.3185	254	0.2693	5552	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.79	0.299	299	0.2648	5520	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-2.83	0.3013	279	0.2725	5619	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.87	0.3338	277	0.2695	5503	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-2.92	0.348	277	0.2752	5623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-2.97	0.319	306	0.2625	5502	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.02	0.2995	288	0.2469	5586	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.08	0.2541	273	0.2405	5557	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.14	0.2934	286	0.2331	5620	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.21	0.3042	251	0.238	5525	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.29	0.2955	319	0.2337	5565	X-RAY DIFFRACTION	100
3.29-3.37	0.297	273	0.2162	5601	X-RAY DIFFRACTION	100
3.37-3.46	0.2578	287	0.2158	5531	X-RAY DIFFRACTION	100
3.46-3.56	0.2927	254	0.205	5590	X-RAY DIFFRACTION	100
3.56-3.68	0.2163	299	0.191	5555	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.68-3.81	0.2561	248	0.186	5579	X-RAY DIFFRACTION	100
3.81-3.96	0.2173	324	0.1808	5547	X-RAY DIFFRACTION	100
3.96-4.14	0.2217	261	0.166	5580	X-RAY DIFFRACTION	100
4.14-4.36	0.1888	276	0.1488	5569	X-RAY DIFFRACTION	100
4.36-4.63	0.1789	327	0.1347	5549	X-RAY DIFFRACTION	100
4.63-4.98	0.1765	265	0.1358	5588	X-RAY DIFFRACTION	100
4.98-5.48	0.1894	294	0.1547	5535	X-RAY DIFFRACTION	100
5.48-6.27	0.1997	286	0.1689	5564	X-RAY DIFFRACTION	100
6.27-7.87	0.2081	273	0.1667	5568	X-RAY DIFFRACTION	100
7.88-29.98	0.1535	247	0.1529	5587	X-RAY DIFFRACTION	99.49

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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