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- PDB-8jt0: Dihydrofolate reductase-like enzyme from Leptospira interrogans w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jt0
タイトルDihydrofolate reductase-like enzyme from Leptospira interrogans with additional NADP+
要素Dihydrofolate reductase family protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dihydrofolate reductase-like enzyme / spirochete
機能・相同性ACETATE ION / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / :
機能・相同性情報
生物種Leptospira interrogans serovar Pomona (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Wangkanont, K.
資金援助 タイ, 1件
組織認可番号国
Other government タイ
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2025
タイトル: Structure and catalytic activity of a dihydrofolate reductase-like enzyme from Leptospira interrogans.
著者: Chandit, C. / Hengphasatporn, K. / Donsuy, P. / Shigeta, Y. / Wangkanont, K.
履歴
登録2023年6月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月29日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年2月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrofolate reductase family protein
B: Dihydrofolate reductase family protein
C: Dihydrofolate reductase family protein
D: Dihydrofolate reductase family protein
E: Dihydrofolate reductase family protein
F: Dihydrofolate reductase family protein
G: Dihydrofolate reductase family protein
H: Dihydrofolate reductase family protein
I: Dihydrofolate reductase family protein
J: Dihydrofolate reductase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,52972
ポリマ－226,07710
非ポリマー14,45162
水13,061725
1
A: Dihydrofolate reductase family protein
B: Dihydrofolate reductase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,70510
ポリマ－45,2152
非ポリマー2,4908
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7990 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area16950 Å2
手法PISA
2
C: Dihydrofolate reductase family protein
D: Dihydrofolate reductase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,10216
ポリマ－45,2152
非ポリマー2,88714
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9230 Å2
ΔGint-147 kcal/mol
Surface area17550 Å2
手法PISA
3
F: Dihydrofolate reductase family protein
ヘテロ分子

E: Dihydrofolate reductase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,09014
ポリマ－45,2152
非ポリマー2,87412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area8180 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area17140 Å2
手法PISA
4
G: Dihydrofolate reductase family protein
H: Dihydrofolate reductase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,05314
ポリマ－45,2152
非ポリマー2,83712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8660 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area17130 Å2
手法PISA
5
I: Dihydrofolate reductase family protein
J: Dihydrofolate reductase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,57918
ポリマ－45,2152
非ポリマー3,36416
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10200 Å2
ΔGint-152 kcal/mol
Surface area18750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.232, 138.280, 236.568
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2

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要素

-
タンパク質 , 1種, 10分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質
Dihydrofolate reductase family protein


分子量: 22607.734 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leptospira interrogans serovar Pomona (バクテリア)
遺伝子: IQB77_11460 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner (DE3) / 参照: UniProt: A0A8I0PU34

-
非ポリマー , 5種, 787分子

#2: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 725 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.34 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 100 mM sodium acetate, 200 mM ammonium sulfate, 25-27% PEG 550 MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年8月2日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→29.96 Å / Num. obs: 142065 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 47.46 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.09 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / Rmerge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 6985 / CC1/2: 0.776 / Rpim(I) all: 0.341 / Rrim(I) all: 0.944 / Χ2: 1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSVERSION Mar 15, 2019 BUILT=20191211データ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
PHENIX1.14_3260位相決定
PHENIX1.14_3260モデル構築
PHENIX1.20.1_4487精密化
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.2→29.96 Å / SU ML: 0.2859 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.5732
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 7113 5.01 %
Rwork0.2058 134859 -
obs0.2079 141972 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15448 0 848 725 17021
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009316694
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.115622625
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06532413
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00872728
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.55035924
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.280.31936790.277413399X-RAY DIFFRACTION99.99
2.28-2.370.3227630.267213323X-RAY DIFFRACTION99.99
2.37-2.480.33227040.259413355X-RAY DIFFRACTION99.99
2.48-2.610.29257480.24513389X-RAY DIFFRACTION99.99
2.61-2.770.31627050.246813409X-RAY DIFFRACTION99.99
2.77-2.990.30756860.249913454X-RAY DIFFRACTION99.99
2.99-3.290.27627030.23113513X-RAY DIFFRACTION99.99
3.29-3.760.25167230.209913529X-RAY DIFFRACTION99.99
3.76-4.730.20257060.164713673X-RAY DIFFRACTION100
4.73-29.960.19936960.178213815X-RAY DIFFRACTION98.14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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