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- PDB-8js7: Dimeric PAS domains of oxygen sensor FixL in complex with imidazo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8js7
タイトルDimeric PAS domains of oxygen sensor FixL in complex with imidazole-bound heme
要素Sensor protein FixL
キーワードTRANSFERASE / heme-binding / PAS / coiled-coil
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine phosphotransfer kinase activity / nitrogen fixation / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily ...: / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / IMIDAZOLE / Sensor protein FixL
類似検索 - 構成要素
生物種Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 110 (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Kamaya, M. / Koteishi, H. / Sawai, H. / Sugimoto, H. / Shiro, Y.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: To be published
タイトル: Dimeric PAS domains of oxygen sensor FixL in complex with imidazole-bound heme.
著者: Koteishi, H. / Sugimoto, H.
#1: ジャーナル: Sci Signal / 年: 2018
タイトル: Architecture of the complete oxygen-sensing FixL-FixJ two-component signal transduction system.
著者: Wright, G.S.A. / Saeki, A. / Hikima, T. / Nishizono, Y. / Hisano, T. / Kamaya, M. / Nukina, K. / Nishitani, H. / Nakamura, H. / Yamamoto, M. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S. / Shiro, Y. / Sawai, H.
履歴
登録2023年6月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor protein FixL
B: Sensor protein FixL
C: Sensor protein FixL
D: Sensor protein FixL
E: Sensor protein FixL
F: Sensor protein FixL
G: Sensor protein FixL
H: Sensor protein FixL
I: Sensor protein FixL
J: Sensor protein FixL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)314,78945
ポリマ－306,55210
非ポリマー8,23735
水1,27971
1
A: Sensor protein FixL
B: Sensor protein FixL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,9589
ポリマ－61,3102
非ポリマー1,6477
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8340 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area26690 Å2
手法PISA
2
C: Sensor protein FixL
D: Sensor protein FixL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,9589
ポリマ－61,3102
非ポリマー1,6477
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8330 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area26460 Å2
手法PISA
3
E: Sensor protein FixL
F: Sensor protein FixL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,9589
ポリマ－61,3102
非ポリマー1,6477
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7780 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area26890 Å2
手法PISA
4
G: Sensor protein FixL
H: Sensor protein FixL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,9589
ポリマ－61,3102
非ポリマー1,6477
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8040 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area26890 Å2
手法PISA
5
I: Sensor protein FixL
J: Sensor protein FixL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,9589
ポリマ－61,3102
非ポリマー1,6477
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7700 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area26930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)188.854, 199.313, 270.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質
Sensor protein FixL


分子量: 30655.225 Da / 分子数: 10 / 断片: oxygen sensor domain / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oxygen sensor domain
由来: (組換発現) Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 110 (根粒菌)
遺伝子: fixL, bll2760 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P23222, histidine kinase
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1.5 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium Acetate, 10 mM Imidazole

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月12日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 117838 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.21 % / Biso Wilson estimate: 73.49 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.16 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.85→3.02 Å / 冗長度: 7.25 % / Mean I/σ(I) obs: 1.04 / Num. unique obs: 36309 / CC1/2: 0.493 / Rrim(I) all: 1.69 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDS20180808データスケーリング
Coot0.9.6モデル構築
PHENIX1.20.1_4487位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.85→49.83 Å / SU ML: 0.3746 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.7624
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 + omega-cdl
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2482 5941 5.04 %
Rwork0.2158 111897 -
obs0.2174 117838 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 115.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→49.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19789 0 570 71 20430
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005620867
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.153428315
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0932981
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00826203
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d28.43847619
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.85-2.880.35671590.31853393X-RAY DIFFRACTION91.64
2.88-2.920.32791980.31813755X-RAY DIFFRACTION99.95
2.92-2.950.31331900.30933652X-RAY DIFFRACTION100
2.95-2.990.32991930.30813745X-RAY DIFFRACTION100
2.99-3.030.2921750.28493717X-RAY DIFFRACTION99.97
3.03-3.070.28992230.27593681X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.120.33322100.28783732X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.160.34531920.31253682X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.210.38982140.34153719X-RAY DIFFRACTION100
3.21-3.260.28142080.2943753X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.320.2971990.26453663X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.380.30241940.25073716X-RAY DIFFRACTION99.97
3.38-3.450.32382100.24443730X-RAY DIFFRACTION99.97
3.45-3.520.27891750.24413727X-RAY DIFFRACTION100
3.52-3.590.29462110.24433708X-RAY DIFFRACTION100
3.59-3.680.26952060.23443705X-RAY DIFFRACTION100
3.68-3.770.25842070.22823724X-RAY DIFFRACTION100
3.77-3.870.27181850.24653747X-RAY DIFFRACTION100
3.87-3.980.25772000.20243728X-RAY DIFFRACTION99.97
3.98-4.110.21282130.19953718X-RAY DIFFRACTION100
4.11-4.260.19471830.18673747X-RAY DIFFRACTION99.97
4.26-4.430.2112030.17553777X-RAY DIFFRACTION99.97
4.43-4.630.20321770.16873726X-RAY DIFFRACTION100
4.63-4.870.19921970.16933783X-RAY DIFFRACTION100
4.87-5.180.19452020.17013742X-RAY DIFFRACTION100
5.18-5.580.22441990.20353783X-RAY DIFFRACTION100
5.58-6.140.25872020.23473771X-RAY DIFFRACTION100
6.14-7.030.24812080.21053799X-RAY DIFFRACTION100
7.03-8.840.23032000.18943832X-RAY DIFFRACTION100
8.84-49.830.21822080.18053942X-RAY DIFFRACTION99.31

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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