PDB-8js5: Dimeric PAS domains of oxygen sensor FixL with ferric unliganded heme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8js5

タイトル

Dimeric PAS domains of oxygen sensor FixL with ferric unliganded heme

要素

Sensor protein FixL

キーワード

TRANSFERASE / heme-binding / PAS / coiled-coil

機能・相同性

機能・相同性情報

histidine phosphotransfer kinase activity / nitrogen fixation / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 110 (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Kamaya, M. / Koteishi, H. / Sawai, H. / Sugimoto, H. / Shiro, Y.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Dimeric PAS domains of oxygen sensor FixL in complex with imidazole-bound heme.
著者: Koteishi, H. / Sugimoto, H.

履歴

登録	2023年6月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8js5.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8js5.ent.gz	872.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8js5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/8js5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/8js5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8js6C 8js7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (15) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (10) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (6) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (4) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (4) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (15)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (10)
#207 - 2017年3月
光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein)
類似性 (6)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (4)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (4)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Sensor protein FixL

B: Sensor protein FixL

C: Sensor protein FixL

D: Sensor protein FixL

E: Sensor protein FixL

F: Sensor protein FixL

G: Sensor protein FixL

H: Sensor protein FixL

I: Sensor protein FixL

J: Sensor protein FixL

ヘテロ分子

314 kDa, 10 ポリマー
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1

A: Sensor protein FixL

B: Sensor protein FixL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
62.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Sensor protein FixL

D: Sensor protein FixL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
62.8 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Sensor protein FixL

F: Sensor protein FixL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
62.8 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Sensor protein FixL

H: Sensor protein FixL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
62.8 kDa, 2 ポリマー
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5

I: Sensor protein FixL

J: Sensor protein FixL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
62.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	190.443, 194.147, 269.857
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Sensor protein FixL 分子量: 30655.225 Da / 分子数: 10 / 断片: oxygen sensor domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 110 (根粒菌) 遺伝子: fixL, bll2760 / プラスミド: pE-SUMO Amp / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P23222, histidine kinase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.77 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.5 M ammonium sulfate, 0.1 M TrisHCl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月31日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.95→47.88 Å / Num. obs: 104696 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.106 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 15.8 / Num. measured all: 843998 / Scaling rejects: 33

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.95-3	8.2	1.92	41138	5000	0.466	0.707	2.048	1.1	97.7
16.16-47.88	5.8	0.024	3856	668	1	0.01	0.026	47.5	93.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1	精密化
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS	20180409	データ削減
SHELX	2018/2	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.95→28.65 Å / SU ML: 0.3636 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.5771
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2463	5298	5.07 %
R_work	0.2068	99179	-
obs	0.2088	104477	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 149.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→28.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19756	0	520	37	20313

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0055	20767
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0104	28202
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0509	2976
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0073	3670
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.6561	7607

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.95-2.98	0.3861	176	0.3621	3152	X-RAY DIFFRACTION	97.25
2.98-3.02	0.3573	170	0.3234	3348	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.06	0.3155	170	0.2979	3219	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.06-3.09	0.3141	187	0.2931	3306	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.09-3.14	0.3676	186	0.2829	3255	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.14-3.18	0.301	189	0.2804	3292	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.18-3.22	0.3162	170	0.2698	3270	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.22-3.27	0.2953	163	0.2718	3277	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.27-3.32	0.2999	198	0.2399	3284	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.32-3.38	0.2637	159	0.2531	3293	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.38-3.44	0.2788	174	0.2415	3305	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.44-3.5	0.3057	171	0.2492	3287	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.5-3.56	0.3078	180	0.23	3289	X-RAY DIFFRACTION	100
3.57-3.64	0.2514	177	0.2081	3293	X-RAY DIFFRACTION	100
3.64-3.72	0.2407	189	0.1959	3277	X-RAY DIFFRACTION	100
3.72-3.8	0.2275	172	0.1951	3305	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.8-3.9	0.2479	176	0.1928	3296	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.9-4	0.1961	194	0.1728	3311	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4-4.12	0.1961	164	0.1794	3321	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.12-4.25	0.182	184	0.1631	3308	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.25-4.4	0.2284	161	0.1666	3309	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4-4.58	0.1757	155	0.1567	3327	X-RAY DIFFRACTION	100
4.58-4.79	0.2034	166	0.1594	3323	X-RAY DIFFRACTION	100
4.79-5.04	0.2132	183	0.1659	3354	X-RAY DIFFRACTION	100
5.04-5.35	0.2368	189	0.2125	3264	X-RAY DIFFRACTION	100
5.35-5.76	0.2998	170	0.2221	3359	X-RAY DIFFRACTION	100
5.76-6.34	0.3039	179	0.2509	3340	X-RAY DIFFRACTION	100
6.34-7.24	0.2638	191	0.2116	3366	X-RAY DIFFRACTION	99.97
7.24-9.07	0.2048	175	0.1983	3414	X-RAY DIFFRACTION	100
9.07-28.65	0.2486	180	0.2045	3435	X-RAY DIFFRACTION	98.31

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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