PDB-8jrc: Crystal structure of the GAF domain of the transcriptional activa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jrc

タイトル

Crystal structure of the GAF domain of the transcriptional activator NifA

要素

Nif-specific regulatory protein

キーワード

TRANSCRIPTION / transcriptional activator / bacterial enhancer-binding proteins

機能・相同性

機能・相同性情報

nitrogen fixation / phosphorelay signal transduction system / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Zeng, Y. / Guo, L. / Li, D.F.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the GAF domain of the transcriptional activator NifA
著者: Zeng, Y. / Guo, L. / Li, D.F.

履歴

登録	2023年6月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jrc.cif.gz	146.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jrc.ent.gz	116.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jrc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8jrc_validation.pdf.gz	438.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jrc_full_validation.pdf.gz	442.3 KB	表示
XML形式データ	8jrc_validation.xml.gz	14.7 KB	表示
CIF形式データ	8jrc_validation.cif.gz	19.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/8jrc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/8jrc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Nif-specific regulatory protein

B: Nif-specific regulatory protein

46 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.631, 70.093, 55.039
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.06, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Nif-specific regulatory protein 分子量: 23015.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌) 遺伝子: nifA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2P0ZWG8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.52 %
結晶化	温度: 310.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 22% PEG 3350, 50mM HEPES pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→45.308 Å / Num. obs: 16693 / % possible obs: 92.66 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.22
反射シェル	解像度: 2.3→2.382 Å / Num. unique obs: 1679 / CC_1/2: 0.925

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→45.308 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2585	770	4.95 %	RANDOM
R_work	0.2062	-	-	-
obs	0.2087	15558	92.68 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→45.308 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2619	0	0	68	2687

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2655
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.578	3608
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.312	1620
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	445
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	466

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3001-2.4777	0.3234	164	0.2909	2665	X-RAY DIFFRACTION	85
2.4777-2.727	0.3138	133	0.2527	2824	X-RAY DIFFRACTION	88
2.727-3.1215	0.2688	129	0.2204	2992	X-RAY DIFFRACTION	94
3.1215-3.9325	0.25	180	0.1947	3113	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9325-45.308	0.2287	164	0.1802	3194	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1259	-0.0383	0.0961	0.125	-0.1704	0.1631	0.0429	-0.7211	-0.0354	0.0505	-0.0261	-0.1335	-0.31	-0.1793	-0.0011	0.4362	0.0232	-0.0383	0.4785	-0.05	0.4567	-2.1285	31.5661	6.6217
2	0.5506	0.7541	0.4185	1.1369	0.1826	1.6967	-0.1708	-0.3568	0.4357	0.4121	0.0615	0.0675	-0.2682	0.2188	-0.0014	0.3829	0.0523	-0.0245	0.2935	0.0222	0.4434	9.3286	34.4001	10.5093
3	0.3252	0.3197	0.2655	0.4531	0.0514	0.4136	0.3237	-0.2788	0.3789	-0.3212	-0.0146	-0.2254	-0.0982	0.136	0.0005	0.4944	-0.0143	-0.0842	0.401	0.0321	0.5083	22.0595	34.0245	8.7477
4	0.0311	0.1463	0.0762	0.5235	0.0297	0.1722	-1.0333	-0.5609	0.7558	-0.0436	0.6902	-0.5262	-0.9638	0.4269	0.005	0.6851	-0.0146	-0.219	0.5758	-0.0119	0.6087	21.4473	31.2908	16.8984
5	0.2013	0.3125	0.2364	0.7409	0.503	0.3794	0.7383	-0.4513	-0.2721	0.3916	-0.5524	-1.0598	0.7107	0.1055	0.0059	0.3195	0.0626	0.018	0.472	0.0313	0.4744	22.0364	17.4908	10.9024
6	0.5608	0.1922	-0.0394	0.7299	0.1633	0.2459	0.4965	-0.3273	-0.3364	0.2559	-0.0186	-0.1174	1.0506	-0.0796	0.0022	0.7003	-0.0721	-0.2076	0.3643	-0.0102	0.4272	15.9627	15.0949	19.2235
7	0.4492	-0.1349	0.0989	0.0162	0.1	0.1885	0.0234	-0.3113	-0.1776	0.5223	0.3621	0.0828	0.4794	0.0818	-0.0006	0.7385	-0.03	-0.0434	0.5067	-0.0278	0.5236	15.861	21.9075	28.72
8	0.9657	0.934	0.2396	0.5388	0.2696	0.0819	0.4559	0.2203	-0.6273	-0.1713	-0.1039	0.3117	0.1862	-0.1088	0.0546	0.5034	0.0685	-0.1257	0.3645	-0.0214	0.318	14.7992	21.1838	6.1901
9	0.6248	0.0646	0.0735	0.0013	0.0424	1.3853	-0.271	-0.1257	-0.2328	0.2678	-0.0699	-0.3871	0.2245	0.0309	-0.2998	0.3548	0.045	0.0604	0.2662	-0.0518	0.3462	12.7329	24.2932	13.0536
10	0.0525	-0.0882	0.0037	0.5161	-0.0659	0.0164	0.1416	-0.4554	-0.6699	-0.0151	-1.2346	0.3248	0.4316	0.5222	-0.1367	0.7026	-0.0502	0.0052	1.0167	0.0501	0.8024	-0.0334	20.7192	22.8314
11	0.6655	0.407	0.5328	1.0502	-0.0862	0.4187	0.0258	0.373	-0.105	-0.0391	-0.1173	0.0109	0.1337	0.1681	0.0001	0.4567	0.0453	-0.0913	0.3932	0.0229	0.4347	11.0971	27.5486	1.2375
12	1.0415	-0.1589	0.4416	1.2851	-1.182	1.021	0.4512	0.0575	-0.6502	-0.0916	-0.0744	-0.0957	0.3899	-0.0863	0.0222	0.6376	0.0575	-0.1739	0.4525	-0.0103	0.4754	-0.9088	22.0182	-6.6768
13	1.6969	-0.2635	0.5725	1.4874	0.3645	1.6012	0.1061	0.3137	-0.0601	-0.4138	0.0406	-0.2385	0.1406	0.069	0.0111	0.6003	0.0455	-0.1484	0.5115	-0.042	0.4936	-2.9364	29.8841	-18.8982
14	0.3863	-0.3706	0.1595	0.3906	0.6602	0.543	0.0096	0.2172	0.0185	-0.6466	0.1336	0.0801	-0.4675	0.3758	0.0015	0.6098	0.0132	-0.0758	0.4247	0.0426	0.3996	-8.6011	36.819	-20.023
15	0.2239	-0.1854	0.2327	0.5174	-0.126	0.1278	-0.1824	0.0635	0.3656	-0.5692	0.0207	0.591	-0.4741	-0.0927	0.0623	0.4928	0.0262	-0.0761	0.3621	-0.0463	0.4281	-18.6225	39.6234	-13.2663
16	0.0379	0.1581	0.0366	0.2759	-0.019	0.0721	0.1506	-0.5386	0.1883	-0.7001	-0.3952	0.5934	0.449	0.0061	0.0016	0.5186	-0.0388	-0.0811	0.4776	-0.0802	0.5663	-24.257	31.4543	-20.6118
17	0.3435	-0.0804	0.0326	1.7232	0.2364	0.0901	-0.3063	-0.3598	0.5843	0.7171	-0.1475	0.2071	0.0071	0.0996	-0.7168	0.6436	0.0167	-0.4378	0.4696	0.0379	0.4404	-4.9491	38.3581	-9.9275
18	0.4754	0.3055	0.6505	0.3391	0.6148	1.189	-0.6047	0.3271	-0.4065	-0.2752	0.2663	-0.3234	0.383	-0.3408	-0.0198	0.4836	-0.0611	-0.1545	0.383	0.0282	0.3645	-14.7145	31.3427	-9.5913
19	0.7077	-0.2142	0.2481	0.4052	-0.6533	1.2521	0.3637	0.0293	0.3264	0.2595	-0.0489	0.0654	-0.1785	0.1585	0.0055	0.4906	0.0465	-0.1131	0.3321	0.0422	0.4799	-3.2734	32.7194	-4.7372

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 25 through 40 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 41 through 70 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 71 through 89 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 90 through 98 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 99 through 108 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 109 through 124 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 125 through 138 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 139 through 151 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 152 through 161 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 162 through 169 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 170 through 197 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 25 through 61 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 62 through 89 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 90 through 108 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 109 through 124 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 125 through 138 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 139 through 151 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 152 through 166 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 167 through 193 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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