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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jqy | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of nucleotide-free mIRGB10 | ||||||
要素 | Immunity-related GTPase family member b10 | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / GTP hydrolase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 defense response to other organism / cellular response to interferon-beta / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus molossinus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.68 Å | ||||||
データ登録者 | Ha, H.J. / Park, H.H. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: Front Immunol / 年: 2023 タイトル: Structural basis of IRGB10 oligomerization by GTP hydrolysis. 著者: Ha, H.J. / Kim, J.H. / Lee, G.H. / Kim, S. / Park, H.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8jqy.cif.gz | 197.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8jqy.ent.gz | 136 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8jqy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8jqy_validation.pdf.gz | 428.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8jqy_full_validation.pdf.gz | 435.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8jqy_validation.xml.gz | 15.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8jqy_validation.cif.gz | 19.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/8jqy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/8jqy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8jqzC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47119.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mus musculus molossinus (ハツカネズミ) 遺伝子: Irgb10 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: U5NFV2 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.46 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate, and 0.1 M Tris-HCl (pH 7.0) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97957 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97957 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.68→29.61 Å / Num. obs: 8893 / % possible obs: 99.66 % / 冗長度: 20.7 % / Biso Wilson estimate: 138.93 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 18.54 |
反射 シェル | 解像度: 3.681→3.812 Å / Num. unique obs: 891 / CC1/2: 0.671 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.68→29.61 Å / SU ML: 0.5468 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.3371 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 155.45 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.68→29.61 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 66.3207665273 Å / Origin y: -60.7203405647 Å / Origin z: -16.2434791357 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |