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- PDB-8jqz: Crystal Structure of GppNHp-bound mIRGB10 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jqz
タイトルCrystal Structure of GppNHp-bound mIRGB10
要素Immunity-related GTPase family member b10
キーワードIMMUNE SYSTEM / GTP hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


autophagosome assembly / cellular response to interferon-beta / innate immune response / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding
類似検索 - 分子機能
Immunity-related GTPases-like / : / Interferon-inducible GTPase (IIGP) / IRG-type guanine nucleotide-binding (G) domain / IRG-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Immunity-related GTPase family member b10
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus molossinus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Ha, H.J. / Park, H.H.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea) 韓国
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2023
タイトル: Structural basis of IRGB10 oligomerization by GTP hydrolysis.
著者: Ha, H.J. / Kim, J.H. / Lee, G.H. / Kim, S. / Park, H.H.
履歴
登録2023年6月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年9月17日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunity-related GTPase family member b10
B: Immunity-related GTPase family member b10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,2844
ポリマ－94,2392
非ポリマー1,0442
水00
1
A: Immunity-related GTPase family member b10
ヘテロ分子

B: Immunity-related GTPase family member b10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,2844
ポリマ－94,2392
非ポリマー1,0442
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y+1/2,-z1
Buried area2960 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area38250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.640, 62.440, 119.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.562, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Immunity-related GTPase family member b10


分子量: 47119.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mus musculus molossinus (ハツカネズミ)
遺伝子: Irgb10 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: U5NFV2
#2: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER


分子量: 522.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% (w/v) PEG 2,000 monomethyl ether (MME), 0.2 M trimethylamine n-oxide, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→29.43 Å / Num. obs: 17524 / % possible obs: 99.44 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 84.19 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.86
反射 シェル解像度: 3.05→3.159 Å / 冗長度: 6.8 % / Num. unique obs: 1743 / CC1/2: 0.866 / % possible all: 99.43

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.05→29.43 Å / SU ML: 0.5123 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.6238
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 876 5.01 %
Rwork0.2319 16618 -
obs0.2337 17494 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 93.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→29.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6073 0 64 0 6137
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00296261
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91538428
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0388933
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00421048
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.2324796
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.05-3.240.38431440.34112726X-RAY DIFFRACTION99.58
3.24-3.490.35571450.28752752X-RAY DIFFRACTION99.55
3.49-3.840.31161460.25622754X-RAY DIFFRACTION99.66
3.84-4.40.22851440.21842766X-RAY DIFFRACTION99.59
4.4-5.530.25471460.21522770X-RAY DIFFRACTION99.66
5.53-29.430.23191510.20612850X-RAY DIFFRACTION99.37
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 36.8027082296 Å / Origin y: -21.5252278279 Å / Origin z: 28.8807013495 Å
111213212223313233
T0.738993731942 Å2-0.0923586877182 Å2-0.0298418082722 Å2-0.545417469924 Å20.0202652762172 Å2--0.543744565663 Å2
L0.919260166642 °2-0.558199099495 °20.18896662166 °2-0.881653141287 °2-0.0280150726807 °2--1.13850112336 °2
S0.0984238656611 Å °0.204703476041 Å °0.0439619821559 Å °-0.293188377049 Å °-0.114391310704 Å °0.0420296209117 Å °-0.19555674186 Å °-0.0290402733249 Å °0.0212500971716 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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