PDB-8jqw: Crystal structure of V30I mutated human transthyretin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jqw

タイトル

Crystal structure of V30I mutated human transthyretin

要素

Transthyretin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Thyroid hormone-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Mizuguchi, M. / Yamada, S. / Obita, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2024
タイトル: Trypsin-induced aggregation of transthyretin Valine 30 variants associated with hereditary amyloidosis.
著者: Mizuguchi, M. / Obita, T. / Yamada, S. / Nabeshima, Y.

履歴

登録	2023年6月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jqw.cif.gz	129.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jqw.ent.gz	82.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jqw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8jqw_validation.pdf.gz	437.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jqw_full_validation.pdf.gz	438 KB	表示
XML形式データ	8jqw_validation.xml.gz	12.1 KB	表示
CIF形式データ	8jqw_validation.cif.gz	16.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/8jqw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/8jqw	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8jnuC 8jokC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (14) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (9) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (14)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (9)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)
#237 - 2019年9月
ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

30 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
59.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.170, 85.640, 64.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-335- HOH
2	1	B-355- HOH

#1: タンパク質	Transthyretin / ATTR / Prealbumin / TBPA 分子量: 14953.739 Da / 分子数: 2 / 変異: V30I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PALB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.83 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: PEG400, MgCl2, glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→51.28 Å / Num. obs: 22870 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 18.2 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 15.6
反射シェル	解像度: 1.8→1.89 Å / R_merge(I) obs: 0.312 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique obs: 3273 / CC_1/2: 0.946

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→38.55 Å / SU ML: 0.1841 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.2964
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2216	1108	4.85 %
R_work	0.1765	21727	-
obs	0.1786	22835	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→38.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1771	0	2	156	1929

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0069	1833
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8944	2503
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	288
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0076	315
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.6009	249

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.88	0.2523	146	0.2093	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-1.98	0.2243	143	0.1709	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.1	0.2628	151	0.1712	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.26	0.1992	140	0.1647	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.49	0.2408	120	0.1792	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.85	0.2289	140	0.1848	2718	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.85-3.59	0.1952	137	0.179	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
3.59-38.55	0.2193	131	0.1714	2866	X-RAY DIFFRACTION	98.98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.07656738866	1.14371137599	-3.95726169845	7.75972327065	-3.05422715293	6.87786933972	-0.362732070351	0.671896307424	-0.386396813537	-0.600767297031	0.200869567279	-0.0335579833089	0.608515555876	-0.401183396917	0.125441651552	0.160002921481	-0.0203317282936	-0.017883289542	0.139256608358	-0.00361717155387	0.103867850847	-26.773963043	9.4302330861	-34.4630459288
2	7.81953564511	3.90248508251	-0.43525888023	3.58940435859	-1.99824685747	2.10143402634	0.0461333225612	0.0388366321595	0.238371942178	-0.0793121083417	-0.0529011266657	-0.107579465881	-0.0511253739782	0.302470288365	0.039103865785	0.106054230609	0.0128134749603	-0.00434972450728	0.0487877284106	0.026890520506	0.148385232959	-15.4543027904	18.772589583	-29.7527493744
3	3.54614003521	0.579939561615	2.30996698393	4.25151128289	1.99885425363	7.70525775357	0.130616631688	-0.110596305128	0.0297131977737	0.115954659039	-0.234776570471	0.217303805541	0.00566060198428	-0.48752883131	0.119102301022	0.0950627757158	0.00865286536129	0.0213999161583	0.126816089038	-0.00873722010073	0.122351528042	-34.6392997764	11.8081702198	-17.3133824604
4	4.0166937298	5.63089569484	-4.22216025205	9.0385949316	-4.81061284151	8.0552812688	0.0525825247161	-0.276889486034	0.809223751884	0.313427603317	0.166080864376	0.328736096237	-0.0546598476476	-0.368502869847	-0.166272125085	0.107226046564	-0.0104525330017	-0.00284561842492	0.137637104492	-0.00205369697776	0.127359484659	-15.7679016767	15.4033127002	-21.6269223758
5	5.72509700384	3.86732798007	-5.42463778456	4.75130281063	-2.93118629762	5.70434739797	-0.156582795311	0.255380598133	-0.0118951175601	-0.351529283699	0.132954476205	-0.448729309345	0.204319870941	0.0989454354527	0.0995378690405	0.144501273069	0.0190147480318	0.00601668165243	0.127100780445	0.0267750919806	0.158030434583	-13.8309117207	9.78958837367	-28.0326840677
6	4.60136192547	-0.911777414018	-5.34831720277	1.97551378344	1.30625843095	6.4521636654	-0.0374057236633	0.177561806505	-0.0431263074127	-0.188925832156	-0.0248734848107	-0.189356515143	-0.0865391843601	-0.070687552825	-0.0201245002302	0.172045866958	-0.00276568112196	-0.00962405762815	0.14387538029	0.0173573557605	0.110937697626	-19.0414775829	6.09664927343	-22.4180041601
7	5.36737163987	-6.03093013925	-6.40297611166	8.64146637376	6.86584249848	7.55189305614	-0.395118851607	-0.959849950903	-0.136594372884	0.693161890245	0.346331436133	0.419730271824	0.489112938777	0.356646757978	0.0489672681405	0.219953207644	-0.0215538418182	0.00414934466856	0.218603955098	-0.0240191169266	0.151446510082	-19.8203645123	7.91693121447	-1.75322165071
8	0.105175219173	-0.155773295313	-0.544021369356	8.86833168748	6.77465377405	7.20676405637	0.00583484948527	-0.162019215989	0.0358548997636	0.157312101955	0.120152692939	-0.658051228184	-0.0910311196771	0.353090448598	-0.149685654257	0.163957085306	-0.0143832841559	-0.0508325870568	0.188743750271	0.015334788304	0.168859760518	-9.15967987041	2.53772314712	-5.58746462783
9	8.57409494344	-5.11346293297	-0.0740235721828	4.55732504191	-0.813312226651	3.85991415903	0.263889497382	0.468276624412	0.637095759828	-0.0240925454098	-0.259043084769	-0.092868443232	-0.555592483055	-0.0857136537347	0.00461086252492	0.210651277551	-0.0255053682679	0.0190717166555	0.148334568494	-0.0133754349221	0.24818504061	-22.1125843505	24.151203748	-7.84746293115
10	6.55613891229	-3.75827665137	5.84848289995	7.49878215275	-5.27419894211	9.05201150103	-0.196538817266	0.0488654465288	0.759860263409	0.0725735729471	-0.129383028095	-0.48802054379	-0.295475068838	0.0477571767123	0.311736237499	0.156016353554	-0.035206481257	0.0180543027048	0.166089033374	-0.030773733616	0.191826163228	-18.6279692328	22.439160606	-3.9167896385
11	6.76849007712	-5.00842913596	-2.27079196106	4.61724150052	0.976650668328	6.05565479901	-0.51090315581	-0.532257378656	-0.218067383248	0.934331315414	0.328362494698	0.138845070997	0.648469522831	0.0610442687317	0.204462630735	0.238419979222	-0.0155080118613	-0.0183942668375	0.195944825367	-0.0255350868077	0.138167193415	-15.3095828663	8.7247312511	2.39973810555
12	7.42921923117	-3.55538002216	0.423795219508	4.28039273015	1.1811484601	0.865722113784	0.153456244595	-0.0997171504379	0.507028472518	0.115631346905	-0.0942282089742	0.107380042431	-0.121808807554	-0.24003710297	-0.00979280551652	0.187886186418	-0.0504390186131	-0.0013663618308	0.108442363989	-0.0286028495744	0.171470122498	-25.4888916804	19.3591947592	-2.20601256554
13	2.0918271011	-1.05811968068	0.735051158299	5.6315880132	-3.54070670386	7.26267111535	0.0393146747953	-0.0250288683598	0.117913386291	-0.0369955673361	-0.254085265832	-0.369534252041	0.0369341981986	0.377508941567	0.209093182094	0.11141851578	-0.0357362731485	0.00575888987826	0.160291976025	0.00066186045661	0.158513293321	-7.31513184772	9.83622038833	-14.5795891373
14	6.84243238219	-2.86630587469	-0.215532244613	3.52916021347	2.05859974442	7.30497455005	-0.294691685796	-0.0759351529308	0.264713584807	0.527955783545	-0.0675950887971	0.427360280731	0.103232113696	-0.35456557391	0.353888476669	0.275864574598	-0.00337529173078	0.0520291454295	0.153518339366	-0.0685445759812	0.224877461004	-30.1035873825	15.262196022	-6.29973175728
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16	6.19855339787	6.6244545189	-7.0697666658	7.42603822879	-7.71332059143	7.96456573259	-0.307746457874	0.621296732144	-0.301365551404	-0.542073691218	0.0530739117715	-0.43125123108	0.439321348283	-0.269954567954	0.237892562342	0.163456753761	-0.000874392712085	0.00949429177515	0.154335415122	0.0106604036677	0.149036699874	-23.2716899599	7.57132271759	-29.2957801367
17	1.15981144112	1.65169259295	-1.28910551455	4.14480198246	-4.53184995864	5.38866092871	-0.120557510416	0.15830905198	0.186459302865	-0.287407475065	0.245000866562	0.768095912656	-0.0305453136165	-0.32415622611	-0.216017218392	0.134591069351	0.0069886807429	-0.0537781751986	0.126492142834	-0.00104862764385	0.164581765346	-33.6515319557	4.28541239585	-26.2018900566
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19	2.79430413127	1.60404846994	1.77275245398	7.05956970372	2.2106096423	7.11818740996	-0.469109388502	-0.0487299498895	0.52447188677	-0.361793677468	0.116566567994	0.305986179497	-0.649661757411	0.126004967333	0.324189361906	0.102395825881	0.0225437793052	0.0238067578828	0.0860189297839	0.0202188413473	0.119770085492	-21.4272684818	22.6129756115	-28.3105416348

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'B' and (resid 49 through 58 )	B	B	49 - 58	39 - 48
2	2	chain 'B' and (resid 59 through 74 )	B	B	59 - 74	49 - 64
3	3	chain 'B' and (resid 75 through 90 )	B	B	75 - 90	65 - 80
4	4	chain 'B' and (resid 91 through 97 )	B	B	91 - 97	81 - 87
5	5	chain 'B' and (resid 98 through 112 )	B	B	98 - 112	88 - 102
6	6	chain 'B' and (resid 113 through 125 )	B	B	113 - 125	103 - 115
7	7	chain 'A' and (resid 10 through 18 )	A	A	10 - 18	1 - 9
8	8	chain 'A' and (resid 19 through 28 )	A	A	19 - 28	10 - 19
9	9	chain 'A' and (resid 29 through 40 )	A	A	29 - 40	20 - 31
10	10	chain 'A' and (resid 41 through 48 )	A	A	41 - 48	32 - 39
11	11	chain 'A' and (resid 49 through 58 )	A	A	49 - 58	40 - 49
12	12	chain 'A' and (resid 59 through 74 )	A	A	59 - 74	50 - 65
13	13	chain 'A' and (resid 75 through 90 )	A	A	75 - 90	66 - 81
14	14	chain 'A' and (resid 91 through 103 )	A	A	91 - 103	82 - 92
15	15	chain 'A' and (resid 104 through 124 )	A	A	104 - 124	93 - 113
16	16	chain 'B' and (resid 11 through 18 )	B	B	11 - 18	1 - 8
17	17	chain 'B' and (resid 19 through 28 )	B	B	19 - 28	9 - 18
18	18	chain 'B' and (resid 29 through 40 )	B	B	29 - 40	19 - 30
19	19	chain 'B' and (resid 41 through 48 )	B	B	41 - 48	31 - 38

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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