PDB-8jqu: Crystal structure of GppNHp bound GTPase domain of Rab5a from Lei...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jqu

タイトル

Crystal structure of GppNHp bound GTPase domain of Rab5a from Leishmania donovani

要素

Rab5a

キーワード

ENDOCYTOSIS / Early Endocytosis / GTPase / Active conformation

機能・相同性

機能・相同性情報

vesicle-mediated transport / endosome / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.798 Å

データ登録者

Pandey, D. / Zohib, M. / Pal, R.K. / Biswal, B.K. / Arora, A.

資金援助

インド,

英国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of GppNHp bound GTPase domain of Rab5a from Leishmania donovani
著者: Pandey, D. / Zohib, M. / Pal, R.K. / Biswal, B.K. / Arora, A.

履歴

登録	2023年6月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jqu.cif.gz	78.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jqu.ent.gz	53.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jqu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8jqu_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jqu_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	8jqu_validation.xml.gz	11.4 KB	表示
CIF形式データ	8jqu_validation.cif.gz	16.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/8jqu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/8jqu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6l6o
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (2) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Rab5a

ヘテロ分子

19.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Size Exclusion Chromatography experiment was done

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.552, 42.266, 37.777
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.387, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-438- HOH
2	1	A-441- HOH
3	1	A-462- HOH
4	1	A-486- HOH

#1: タンパク質	Rab5a 分子量: 19237.873 Da / 分子数: 1 変異: P58D, P59G, 60-79 residue deletion, Q93L, C107S, 196-235 residue deletion 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GppNHp 由来: (組換発現) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア) 遺伝子: Rab5a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A109NYM0
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p 分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.88 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M Magnesium Acetate, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 19% PEG 8K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2023年5月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54178 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.798→35 Å / Num. obs: 15882 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.6 % / R_rim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 25

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.8-1.86	5.6	0.22	1532	0.975	0.994	0.1	0.242	1.148	97.7
1.86-1.94	6.5	0.177	1562	0.985	0.996	0.075	0.193	1.226	99.6
1.94-2.03	6.5	0.135	1597	0.989	0.997	0.057	0.147	1.402	99.9
2.03-2.13	6.6	0.106	1567	0.994	0.998	0.044	0.115	1.58	100
2.13-2.27	6.7	0.087	1595	0.995	0.999	0.036	0.094	1.767	100
2.27-2.44	6.7	0.072	1580	0.996	0.999	0.03	0.079	1.948	100
2.44-2.69	6.7	0.062	1606	0.997	0.999	0.026	0.068	2.096	100
2.69-3.08	6.8	0.05	1587	0.998	0.999	0.021	0.055	2.131	100
3.08-3.88	6.8	0.04	1610	0.999	1	0.017	0.043	2.2	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.798→27.354 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / WR_factor R_free: 0.208 / WR_factor R_work: 0.163 / SU B: 4.253 / SU ML: 0.075 / Average fsc free: 0.9411 / Average fsc work: 0.9525 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.117 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2029	793	4.993 %
R_work	0.1616	15089	-
all	0.164	-	-
obs	-	15882	99.449 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.533 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.04 Å²	0 Å²	0.248 Å²
2-	-	0.152 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.278 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.798→27.354 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1235	0	37	190	1462

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.012	1313
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.13	1.638	1786
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.267	5	171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.582	22.759	58
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.703	15	219
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.837	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.153	0.2	181
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	977
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.239	0.2	639
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.317	0.2	889
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	152
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.012	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.18	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.553	2.345	666
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.901	3.499	834
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.385	2.469	647
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.104	3.573	948
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.142	31.933	2117

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.798-1.845	0.278	61	0.235	1038	X-RAY DIFFRACTION	93.9316
1.845-1.895	0.223	58	0.206	1093	X-RAY DIFFRACTION	100
1.895-1.95	0.221	43	0.18	1040	X-RAY DIFFRACTION	99.449
1.95-2.01	0.195	66	0.152	1023	X-RAY DIFFRACTION	99.9083
2.01-2.076	0.185	56	0.147	981	X-RAY DIFFRACTION	100
2.076-2.149	0.17	41	0.152	952	X-RAY DIFFRACTION	100
2.149-2.23	0.207	39	0.161	964	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.32	0.259	39	0.157	899	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.423	0.216	37	0.169	861	X-RAY DIFFRACTION	100
2.423-2.542	0.203	42	0.16	829	X-RAY DIFFRACTION	100
2.542-2.679	0.2	41	0.163	773	X-RAY DIFFRACTION	100
2.679-2.841	0.229	43	0.168	759	X-RAY DIFFRACTION	100
2.841-3.036	0.198	29	0.17	689	X-RAY DIFFRACTION	100
3.036-3.279	0.257	36	0.164	657	X-RAY DIFFRACTION	100
3.279-3.59	0.178	29	0.15	594	X-RAY DIFFRACTION	100
3.59-4.012	0.168	58	0.134	526	X-RAY DIFFRACTION	100
4.012-4.628	0.145	32	0.133	479	X-RAY DIFFRACTION	100
4.628-5.658	0.214	23	0.149	407	X-RAY DIFFRACTION	100
5.658-7.957	0.302	15	0.216	333	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 12.2979 Å / Origin y: 14.6012 Å / Origin z: 11.8288 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.004 Å²	-0.0004 Å²	-0.0021 Å²	-	0.0051 Å²	0.001 Å²	-	-	0.0022 Å²
L	0.3406 °²	0.1126 °²	-0.0024 °²	-	0.2664 °²	-0.0189 °²	-	-	0.302 °²
S	-0.0173 Å °	0.0213 Å °	0.0251 Å °	-0.0152 Å °	0.0143 Å °	0.0142 Å °	0.0094 Å °	-0.0268 Å °	0.003 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	12 - 175
2	X-RAY DIFFRACTION	1		A	201

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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