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- PDB-8jqo: Protocatecuate hydroxylase from Xylophilus ampelinus complexed wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jqo
タイトルProtocatecuate hydroxylase from Xylophilus ampelinus complexed with imidazole
要素4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase (NAD(P)H)
キーワードOXIDOREDUCTASE / p-hydroxybenzoate hydroxylase / FAD / NADPH
機能・相同性FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / IMIDAZOLE / :
機能・相同性情報
生物種Xylophilus ampelinus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Fukushima, R. / Katsuki, N. / Fushinobu, S. / Takaya, N.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP19H05679 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP19H05687 日本
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Protocatechuate hydroxylase is a novel group A flavoprotein monooxygenase with a unique substrate recognition mechanism.
著者: Katsuki, N. / Fukushima, R. / Doi, Y. / Masuo, S. / Arakawa, T. / Yamada, C. / Fushinobu, S. / Takaya, N.
履歴
登録2023年6月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase (NAD(P)H)
B: 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase (NAD(P)H)
C: 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase (NAD(P)H)
D: 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase (NAD(P)H)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,91319
ポリマ－182,1274
非ポリマー3,78615
水12,340685
1
A: 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase (NAD(P)H)
D: 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase (NAD(P)H)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,9229
ポリマ－91,0632
非ポリマー1,8597
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5940 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area28760 Å2
手法PISA
2
B: 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase (NAD(P)H)
ヘテロ分子

C: 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase (NAD(P)H)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,99110
ポリマ－91,0632
非ポリマー1,9288
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_557-x,y+1/2,-z+21
Buried area6450 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area30570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.260, 67.389, 128.234
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.67, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase (NAD(P)H)


分子量: 45531.746 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xylophilus ampelinus (バクテリア)
遺伝子: praI / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: A0A978C2P2
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 685 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.38 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 4% PEG 8000, 0.24 M Calcium acetate, 0.1 M Imidazole

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→46.45 Å / Num. obs: 194834 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 18.91 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 9626 / CC1/2: 0.795 / Rpim(I) all: 0.311 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.0.32精密化
PHENIX1.20.1-4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1K0I

1k0i


解像度: 1.6→46.45 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 23.67 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2465 9830 5.05 %
Rwork0.2228 --
obs0.2239 194812 98.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→46.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11467 0 251 685 12403
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00511983
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77316210
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.994364
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051688
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0092131
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.620.28993260.26486072X-RAY DIFFRACTION99
1.62-1.640.28993160.26346248X-RAY DIFFRACTION99
1.64-1.660.29113470.25576077X-RAY DIFFRACTION99
1.66-1.680.27983470.25316131X-RAY DIFFRACTION99
1.68-1.70.28163430.24616144X-RAY DIFFRACTION99
1.7-1.730.27963020.25996205X-RAY DIFFRACTION99
1.73-1.750.29833270.26686142X-RAY DIFFRACTION99
1.75-1.780.31593390.27436206X-RAY DIFFRACTION99
1.78-1.810.28143060.2596143X-RAY DIFFRACTION99
1.81-1.830.29513600.26326174X-RAY DIFFRACTION99
1.83-1.870.27733540.25116134X-RAY DIFFRACTION99
1.87-1.90.272910.23936201X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.940.25313500.23336157X-RAY DIFFRACTION99
1.94-1.980.26283350.23516177X-RAY DIFFRACTION99
1.98-2.020.29053140.24346163X-RAY DIFFRACTION99
2.02-2.070.25393820.23526160X-RAY DIFFRACTION99
2.07-2.120.25093090.24156193X-RAY DIFFRACTION99
2.12-2.180.26633530.24356215X-RAY DIFFRACTION99
2.18-2.240.22213350.22026166X-RAY DIFFRACTION99
2.24-2.310.23483050.21586206X-RAY DIFFRACTION99
2.31-2.390.23183290.22486173X-RAY DIFFRACTION99
2.39-2.490.23933320.22216164X-RAY DIFFRACTION99
2.49-2.60.24823630.21556138X-RAY DIFFRACTION99
2.6-2.740.25842910.22266201X-RAY DIFFRACTION99
2.74-2.910.24733390.21956184X-RAY DIFFRACTION99
2.91-3.140.24433220.22286162X-RAY DIFFRACTION98
3.14-3.450.2442850.21016207X-RAY DIFFRACTION98
3.45-3.950.22883270.19986161X-RAY DIFFRACTION97
3.95-4.980.21433270.18986097X-RAY DIFFRACTION97
4.98-46.450.21422740.21466181X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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