PDB-8jqe: Structure of CmCBDA in complex with Mn2+ and glycerol

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jqe

タイトル

Structure of CmCBDA in complex with Mn2+ and glycerol

要素

YdjC family protein

キーワード

HYDROLASE / CmCBDA / N-acetylglucosamine deacetylase / mentalloenzyme / enzyme engineering

機能・相同性

機能・相同性情報

deacetylase activity / carbohydrate metabolic process / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Cyclobacterium marinum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.31 Å

データ登録者

Li, X.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2024
タイトル: Structural Insights into the Catalytic Activity of Cyclobacterium marinum N -Acetylglucosamine Deacetylase.
著者: Hu, S. / Xu, L. / Xie, C. / Hong, J.

履歴

登録	2023年6月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年1月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jqe.cif.gz	251.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jqe.ent.gz	202.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jqe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8jqe_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jqe_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	8jqe_validation.xml.gz	23.1 KB	表示
CIF形式データ	8jqe_validation.cif.gz	32.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/8jqe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/8jqe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8jqfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1)

登録構造単位

A: YdjC family protein

B: YdjC family protein

ヘテロ分子

71.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.617, 60.270, 87.444
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.11, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	YdjC family protein 分子量: 35334.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cyclobacterium marinum (バクテリア) 遺伝子: Cycma_4778 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0J5L4
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.04M potassium dihydrogen phosphate, 16% PEG 8000, 20% Glycerol, 10mM MnCl2, 10 mM GlcNAc

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9778 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 28934 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 32.62 Å² / R_merge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 13.49
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / R_merge(I) obs: 0.522 / Num. unique obs: 1414

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.31→34.99 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2137	1401	4.85 %
R_work	0.1595	-	-
obs	0.1621	28912	99.18 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.31→34.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4739	0	24	124	4887

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	4867
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.901	6572
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.939	625
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	701
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	852

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.31-2.39	0.2417	129	0.184	2602	X-RAY DIFFRACTION	95
2.39-2.49	0.2326	142	0.175	2726	X-RAY DIFFRACTION	99
2.49-2.6	0.2448	133	0.1606	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.73	0.2269	145	0.1606	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.91	0.2473	160	0.1583	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.13	0.1831	151	0.1546	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.45	0.2189	151	0.1454	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.94	0.2186	135	0.1474	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
3.94-4.97	0.183	121	0.1488	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
4.97-34.99	0.21	134	0.1815	2860	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5723	0.215	0.7112	1.7818	0.7056	2.4475	0.1028	-0.726	-0.0765	0.2115	0.0194	-0.365	0.074	0.0968	-0.0919	0.2443	-0.0289	-0.0701	0.4653	0.0123	0.3664	17.9521	6.882	72.1091
2	1.8028	0.1114	0.1144	2.0342	0.1158	1.2617	-0.0296	0.1203	-0.04	-0.1958	-0.0003	-0.108	-0.0133	0.1019	0.0344	0.1816	-0.0172	0.0209	0.1418	0.02	0.2071	-2.911	0.2687	38.9267

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 1 through 296)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 1 through 289)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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