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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8jqf | ||||||
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Title | Structure of CmCBDA in complex with Ni2+ and Glycerol | ||||||
![]() | YdjC family protein | ||||||
![]() | HYDROLASE / CmCBDA / N-acetylglucosamine deacetylase / mentalloenzyme / enzyme engineering | ||||||
Function / homology | Carbohydrate deacetylase YdjC-like / YdjC-like protein / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / NICKEL (II) ION / YdjC family protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, X. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Structural Insights into the Catalytic Activity of Cyclobacterium marinum N -Acetylglucosamine Deacetylase. Authors: Hu, S. / Xu, L. / Xie, C. / Hong, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 250 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 199.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.4 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.4 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 25.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 36.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8jqeC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 35334.184 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.76 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M Sodium sulfate, 20% PEG 8000, 10mM NiSO4, 10 mM GlcNAc |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 20, 2022 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9798 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.85→40 Å / Num. obs: 54006 / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 20.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.186 / Rpim(I) all: 0.086 / Rrim(I) all: 0.206 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 4.8 / Num. measured all: 289091 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1 Å / VDW probe radii: 1.3 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→30.67 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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