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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jpn | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of succinate receptor bound to cis-epoxysuccinic acid coupling to Gi | ||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / Complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase / Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase activity / regulation of angiotensin metabolic process / renin secretion into blood stream / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / positive regulation of chemotaxis / macrophage activation involved in immune response / Adenylate cyclase inhibitory pathway / positive regulation of protein localization to cell cortex / regulation of cAMP-mediated signaling ...Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase / Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase activity / regulation of angiotensin metabolic process / renin secretion into blood stream / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / positive regulation of chemotaxis / macrophage activation involved in immune response / Adenylate cyclase inhibitory pathway / positive regulation of protein localization to cell cortex / regulation of cAMP-mediated signaling / D2 dopamine receptor binding / G protein-coupled serotonin receptor binding / regulation of mitotic spindle organization / cellular response to forskolin / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / bioluminescence / Regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor binding / G protein-coupled receptor activity / electron transport chain / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein activation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / response to peptide hormone / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / response to calcium ion / G alpha (z) signalling events / positive regulation of inflammatory response / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / GDP binding / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / glucose homeostasis / retina development in camera-type eye / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Ca2+ pathway / signaling receptor activity / cell cortex / midbody / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / cell population proliferation / Ras protein signal transduction / Extra-nuclear estrogen signaling / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / cell cycle / cell division / lysosomal membrane / GTPase activity / centrosome / synapse / heme binding / protein-containing complex binding / nucleolus / GTP binding / magnesium ion binding / signal transduction / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
![]() | Wang, T.X. / Tang, W.Q. / Li, F.H. / Wang, J.Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular activation and G protein coupling selectivity of human succinate receptor SUCR1. 著者: Tianxin Wang / Wenqin Tang / Xiaolei Zhu / Zhenyu Lv / Jiayan Chen / Yongze Li / Xiaoyu Sun / Haoyu Lv / Quanchang Gu / Fahui Li / Jiangyun Wang / ![]() | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 244.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 180.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 49.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 73.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 36484MC ![]() 8jppC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 40415.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P63096 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 41055.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P62873 |
#3: タンパク質 | 分子量: 7861.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P59768 |
-タンパク質 / 抗体 / 非ポリマー , 3種, 3分子 RS![](data/chem/img/U9S.gif)
![](data/chem/img/U9S.gif)
#4: タンパク質 | 分子量: 75122.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 遺伝子: cybC, SUCNR1, GPR91 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0ABE7, UniProt: Q9BXA5, UniProt: Q9GV45, Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase |
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#5: 抗体 | 分子量: 30668.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
#6: 化合物 | ChemComp-U9S / ( |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: GPCR complex of succinate receptor / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 278158 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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