PDB-8jor: Structure of an acyltransferase involved in mannosylerythritol li...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jor

タイトル

Structure of an acyltransferase involved in mannosylerythritol lipid formation from Pseudozyma tsukubaensis in type A crystal

要素

Acyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / acyltransferase

機能・相同性

acyltransferase activity / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Acyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Pseudozyma tsukubaensis (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Nakamichi, Y. / Saika, A. / Watanabe, M. / Fujii, T. / Morita, T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Front Bioeng Biotechnol / 年: 2023
タイトル: Structural identification of catalytic His158 of PtMAC2p from Pseudozyma tsukubaensis , an acyltransferase involved in mannosylerythritol lipids formation.
著者: Nakamichi, Y. / Saika, A. / Watanabe, M. / Fujii, T. / Morita, T.

履歴

登録	2023年6月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jor.cif.gz	250 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jor.ent.gz	197.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jor.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/8jor ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/8jor	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8josC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Acyltransferase

ヘテロ分子

63 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.043, 83.073, 131.035
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Acyltransferase 分子量: 62716.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudozyma tsukubaensis (菌類) / 遺伝子: PtMAC2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2Z6ERP5
#2: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 702 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 21% PEG 3350, 300mM lithium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.45→44.73 Å / Num. obs: 103745 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 17.53 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.075 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 15.68

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.45-1.53	1.177	2.29	16481	0.729	1.262	99.2
1.53-1.64	0.73		15610	0.868	0.785
1.64-1.77	0.418		14586	0.954	0.448
1.77-1.94	0.233		13437	0.983	0.249
1.94-2.17	0.126		12189	0.993	0.135
2.17-2.5	0.077		10829	0.996	0.083
2.5-3.06	0.053		9216	0.998	0.056
3.06-4.32	0.037		7214	0.999	0.04
4.32-44.73	0.033		4183	0.999	0.035	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS	Jan 10, 2022	データスケーリング
XDS	Jan 10, 2022	データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.45→35.08 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1943	5187	5 %	0
R_work	0.1708	-	-	-
obs	0.172	103733	99.79 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→35.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4242	0	16	702	4960

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4633
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.897	6328
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.541	673
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	696
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	849

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.46	0.351	168	0.2981	3179	X-RAY DIFFRACTION	98
1.46-1.48	0.3226	169	0.2718	3225	X-RAY DIFFRACTION	99
1.48-1.5	0.2732	169	0.2523	3207	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5-1.52	0.2673	173	0.2306	3292	X-RAY DIFFRACTION	99
1.52-1.54	0.2359	170	0.2136	3224	X-RAY DIFFRACTION	100
1.54-1.56	0.2185	172	0.2049	3260	X-RAY DIFFRACTION	100
1.56-1.58	0.2081	169	0.2033	3225	X-RAY DIFFRACTION	100
1.58-1.6	0.2385	174	0.1912	3293	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.63	0.2138	170	0.193	3224	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.66	0.2347	172	0.1805	3287	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.68	0.2146	171	0.1785	3230	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.72	0.2128	171	0.1732	3255	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.75	0.1817	172	0.175	3265	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.78	0.1877	172	0.1736	3274	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.82	0.1865	173	0.1779	3287	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.87	0.2089	171	0.1835	3259	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.91	0.1908	172	0.177	3264	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.96	0.2205	174	0.1716	3306	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.02	0.1665	173	0.1634	3282	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.09	0.1897	171	0.1631	3247	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.16	0.2015	173	0.1664	3294	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.25	0.1919	175	0.1653	3325	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.35	0.199	173	0.1636	3281	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.47	0.1738	174	0.174	3299	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.63	0.1901	174	0.1759	3315	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.83	0.1992	175	0.1816	3321	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-3.12	0.2137	177	0.1765	3356	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.57	0.1829	175	0.1606	3342	X-RAY DIFFRACTION	100
3.57-4.49	0.166	179	0.1423	3391	X-RAY DIFFRACTION	100
4.49-35.08	0.1762	186	0.1579	3537	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7346	0.2807	0.2581	0.9015	0.18	0.8485	0.0094	0.0325	-0.0949	-0.0657	-0.007	-0.0253	0.0989	0.0379	-0.011	0.1367	0.0278	0.0062	0.1038	-0.0118	0.0923	38.7897	33.2298	35.3346
2	0.8703	0.189	-0.5351	0.168	-0.0728	0.9609	-0.0037	0.0313	-0.0733	-0.008	-0.0092	-0.0133	0.1187	-0.0108	0.0163	0.1345	0.0019	-0.02	0.0871	-0.0155	0.1163	30.0391	30.4084	35.5144
3	0.4938	-0.8254	-0.5418	2.0739	1.4572	1.2241	0.0435	0.042	0.02	-0.1179	-0.0312	0.015	-0.1247	0.0468	-0.0026	0.0952	-0.0021	-0.0122	0.1141	0.0058	0.1081	39.1782	47.3079	42.9433
4	0.6435	0.259	0.1025	1.0534	0.4629	0.8057	0.006	-0.0357	-0.0101	0.0903	-0.0117	0.0535	0.0334	-0.0578	0.01	0.1123	0.0096	-0.0009	0.1033	0.0159	0.0992	24.7195	43.8082	59.263

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 227 through 340 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 341 through 447 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 448 through 539 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid -7 through 226 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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