PDB-8jos: Structure of an acyltransferase involved in mannosylerythritol li...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jos

タイトル

Structure of an acyltransferase involved in mannosylerythritol lipid formation from Pseudozyma tsukubaensis in type B crystal

要素

Acyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / acyltransferase

機能・相同性

acyltransferase activity / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / TRIETHYLENE GLYCOL / Acyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Pseudozyma tsukubaensis (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.59 Å

データ登録者

Nakamichi, Y. / Saika, A. / Watanabe, M. / Fujii, T. / Morita, T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Front Bioeng Biotechnol / 年: 2023
タイトル: Structural identification of catalytic His158 of PtMAC2p from Pseudozyma tsukubaensis , an acyltransferase involved in mannosylerythritol lipids formation.
著者: Nakamichi, Y. / Saika, A. / Watanabe, M. / Fujii, T. / Morita, T.

履歴

登録	2023年6月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jos.cif.gz	233.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jos.ent.gz	184.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jos.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/8jos ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/8jos	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8jorC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Acyltransferase

ヘテロ分子

63.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.911, 71.911, 128.648
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Acyltransferase 分子量: 62716.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudozyma tsukubaensis (菌類) / 遺伝子: PtMAC2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2Z6ERP5
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 21% PEG 3350, 300mM lithium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.59→47.96 Å / Num. obs: 68145 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 27.15 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.05 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 18.75

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.59-1.68		1.334	10795	0.648	1.431
1.68-1.8		0.744	10266	0.844	0.797
1.8-1.94		0.379	9543	0.953	0.408
1.94-2.13		0.177	8824	0.99	0.19
2.13-2.38		0.104	8012	0.996	0.111
2.38-2.75		0.064	7101	0.998	0.069
2.75-3.36		0.039	6062	0.999	0.042
3.36-4.74		0.027	4765	0.999	0.029
4.74-47.94	5.9	0.023	2777	1	0.025	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS	Feb 5, 2021	データスケーリング
XDS	Feb 5, 2021	データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.59→47.94 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2135	3407	5 %	0
R_work	0.1876	-	-	-
obs	0.1889	68133	99.82 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.59→47.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4258	0	21	223	4502

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4461
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.969	6071
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.476	635
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	679
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	804

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.59-1.61	0.3405	133	0.2912	2525	X-RAY DIFFRACTION	96
1.61-1.63	0.3118	144	0.2911	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.66	0.336	138	0.2643	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.69	0.3251	141	0.2632	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.72	0.2521	139	0.2364	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.75	0.2743	141	0.2272	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.78	0.2603	140	0.2305	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.82	0.2496	141	0.2303	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.86	0.3037	142	0.2272	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.9	0.3044	140	0.2304	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.95	0.274	142	0.213	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2	0.1867	141	0.1987	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.06	0.2283	141	0.1797	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.13	0.2045	141	0.1761	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.2	0.1882	142	0.182	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.29	0.2136	141	0.1881	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.39	0.2408	142	0.1982	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.52	0.2063	143	0.1969	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.68	0.2371	144	0.1902	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.89	0.2193	142	0.2075	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.89-3.18	0.218	145	0.2022	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
3.18-3.64	0.2072	144	0.1833	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
3.64-4.58	0.1846	147	0.1508	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
4.58-47.94	0.1775	153	0.1668	2922	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.813	-0.2013	-0.1324	1.9276	0.9487	1.3653	-0.0004	-0.1133	0.0256	0.1358	-0.0101	0.0224	0.0779	-0.0079	-0.0006	0.1978	-0.0136	0.0077	0.1951	0.0098	0.1689	0.1921	0.1035	-5.9589
2	0.2129	0.4034	1.0115	0.7542	2.3049	8.4421	-0.0524	-0.1022	0.1159	-0.0296	-0.2753	0.2029	-0.1074	-0.8678	0.4437	0.2145	0.0032	0.0224	0.2682	-0.0332	0.2996	-15.7496	-1.4078	-16.8194
3	1.3795	-0.0541	0.2265	0.8795	-0.0768	0.8577	-0.0185	0.0585	-0.1077	0.0169	0.0189	-0.0737	0.0743	0.0359	-0.0082	0.1983	0.0134	0.0137	0.206	-0.0141	0.1874	13.5534	-7.9798	-31.831
4	0.8255	-0.0065	-0.024	0.1951	0.1299	0.6707	0.0649	0.0735	0.0481	-0.0192	-0.0306	-0.0459	-0.0821	0.0946	-0.0289	0.219	-0.0004	0.0063	0.2256	-0.0009	0.2242	9.458	-2.7264	-27.937

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 198 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 199 through 226 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 227 through 340 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 341 through 549 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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