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万見
- PDB-8jna: CRAF ras-binding domain chimera, apo form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jna
タイトルCRAF ras-binding domain chimera, apo form
要素RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase, CRaf
キーワードSIGNALING PROTEIN / raf / braf / craf / chimera / beta-grasp
機能・相同性
機能・相同性情報


death-inducing signaling complex assembly / intermediate filament cytoskeleton organization / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / trehalose metabolism in response to stress / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / type B pancreatic cell proliferation / Signalling to p38 via RIT and RIN / head morphogenesis / myeloid progenitor cell differentiation ...death-inducing signaling complex assembly / intermediate filament cytoskeleton organization / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / trehalose metabolism in response to stress / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / type B pancreatic cell proliferation / Signalling to p38 via RIT and RIN / head morphogenesis / myeloid progenitor cell differentiation / regulation of Rho protein signal transduction / ARMS-mediated activation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / endothelial cell apoptotic process / Rap1 signalling / negative regulation of fibroblast migration / regulation of cell motility / positive regulation of glucose transmembrane transport / establishment of protein localization to membrane / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / mitogen-activated protein kinase kinase binding / regulation of T cell differentiation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / positive regulation of axonogenesis / IFNG signaling activates MAPKs / Frs2-mediated activation / GP1b-IX-V activation signalling / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / stress fiber assembly / positive regulation of axon regeneration / regulation of cell differentiation / face development / synaptic vesicle exocytosis / pseudopodium / somatic stem cell population maintenance / MAP kinase kinase activity / thyroid gland development / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / MAP kinase kinase kinase activity / negative regulation of protein-containing complex assembly / Schwann cell development / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of stress fiber assembly / response to cAMP / activation of adenylate cyclase activity / cellular response to calcium ion / response to muscle stretch / ERK1 and ERK2 cascade / myelination / CD209 (DC-SIGN) signaling / substrate adhesion-dependent cell spreading / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / cellular response to nerve growth factor stimulus / thymus development / long-term synaptic potentiation / animal organ morphogenesis / Spry regulation of FGF signaling / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / wound healing / visual learning / MAP2K and MAPK activation / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Stimuli-sensing channels / response to peptide hormone / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / MAPK cascade / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / cellular response to xenobiotic stimulus / presynapse / insulin receptor signaling pathway / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / T cell receptor signaling pathway / regulation of cell population proliferation / cell body / T cell differentiation in thymus / scaffold protein binding / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / Ras protein signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / neuron projection / negative regulation of cell population proliferation / protein phosphorylation / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine kinase activity
類似検索 - 分子機能
Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain ...Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase / Serine/threonine-protein kinase B-raf
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Kawamura, T. / Kumasaka, T.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)17nk0101309h0003 日本
Japan Science and Technology22-20103170 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Small-molecule RAS/RAF-binding Inhibitors Allosterically Disrupt RAF Conformation and Exert Efficacy Against Broad-spectrum RAS-driven Cancers
著者: Yoshikawa, Y. / Makino, Y. / Kubota, H. / Kawamura, T. / Matsumoto, S. / Yuki, H. / Shibaike, A. / Okamura, M. / Okada, T. / Kataoka, T. / Honma, T. / Kumasaka, T. / Koyama, H. / Shima, F.
履歴
登録2023年6月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase, CRaf


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5171
ポリマ－10,5171
非ポリマー00
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.696, 58.744, 69.055
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-228-

HOH

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要素

#1: タンパク質 RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase, CRaf / Proto-oncogene c-RAF / cRaf / Raf-1 / Proto-oncogene B-Raf / p94 / v-Raf murine sarcoma viral ...Proto-oncogene c-RAF / cRaf / Raf-1 / Proto-oncogene B-Raf / p94 / v-Raf murine sarcoma viral oncogene homolog B1


分子量: 10517.026 Da / 分子数: 1 / 変異: K65S, F99Y, S120W, D129E / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 102-LHEHKGKKARLD-113 replaced with QDGEKKPIG (201-209) from P15056
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAF1, RAF, BRAF, BRAF1, RAFB1 / プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P04049, UniProt: P15056, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.0M tri-sodium citrate, 0.1M imidazole, pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月2日
放射モノクロメーター: Si(111) silicon crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→34.53 Å / Num. obs: 9147 / % possible obs: 98.77 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 29.89 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.04141 / Rrim(I) all: 0.04492 / Net I/σ(I): 21.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.761 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.7058 / Mean I/σ(I) obs: 1.59 / Num. unique obs: 866 / CC1/2: 0.849 / Rrim(I) all: 0.8045 / % possible all: 95.65

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17_3644精密化
XDSFeb 3, 2021データ削減
XDSFeb 3, 2021データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.8.8モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→34.53 Å / SU ML: 0.2483 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 44.5016
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2717 456 5.02 %
Rwork0.2515 8624 -
obs0.2527 9080 98.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 41.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→34.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数603 0 0 30 633
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0019614
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4908836
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0434101
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0046105
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9394218
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.950.38311460.35212783X-RAY DIFFRACTION97.24
1.95-2.450.28291520.30122851X-RAY DIFFRACTION99.34
2.45-34.530.25561580.22672990X-RAY DIFFRACTION99.68

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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