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- PDB-8jmz: FGFR1 kinase domain with sulfatinib -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jmz
タイトルFGFR1 kinase domain with sulfatinib
要素Fibroblast growth factor receptor 1
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / Fibroblast growth factor receptor 1 / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by FGFR1 amplification mutants / negative regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of mitotic cell cycle DNA replication / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Signaling by plasma membrane FGFR1 fusions / diphosphate metabolic process / regulation of phosphate transport / regulation of lateral mesodermal cell fate specification / FGFR1c and Klotho ligand binding and activation / vitamin D3 metabolic process ...Signaling by FGFR1 amplification mutants / negative regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of mitotic cell cycle DNA replication / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Signaling by plasma membrane FGFR1 fusions / diphosphate metabolic process / regulation of phosphate transport / regulation of lateral mesodermal cell fate specification / FGFR1c and Klotho ligand binding and activation / vitamin D3 metabolic process / cementum mineralization / positive regulation of MAPKKK cascade by fibroblast growth factor receptor signaling pathway / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / response to sodium phosphate / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in orbitofrontal cortex development / ventricular zone neuroblast division / receptor-receptor interaction / Epithelial-Mesenchymal Transition (EMT) during gastrulation / positive regulation of phospholipase activity / chordate embryonic development / auditory receptor cell development / positive regulation of parathyroid hormone secretion / mesenchymal cell proliferation / paraxial mesoderm development / regulation of postsynaptic density assembly / FGFR1b ligand binding and activation / fibroblast growth factor receptor activity / Signaling by activated point mutants of FGFR1 / FGFR1c ligand binding and activation / organ induction / Downstream signaling of activated FGFR1 / branching involved in salivary gland morphogenesis / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / lung-associated mesenchyme development / cell projection assembly / outer ear morphogenesis / embryonic limb morphogenesis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / ureteric bud development / skeletal system morphogenesis / middle ear morphogenesis / inner ear morphogenesis / phosphatidylinositol-mediated signaling / PI-3K cascade:FGFR1 / positive regulation of stem cell proliferation / Formation of paraxial mesoderm / midbrain development / fibroblast growth factor binding / positive regulation of MAP kinase activity / regulation of cell differentiation / PI3K Cascade / epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / cardiac muscle cell proliferation / chondrocyte differentiation / calcium ion homeostasis / cell maturation / SHC-mediated cascade:FGFR1 / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / FRS-mediated FGFR1 signaling / Signaling by FGFR1 in disease / positive regulation of neuron differentiation / NCAM signaling for neurite out-growth / SH2 domain binding / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Negative regulation of FGFR1 signaling / Signal transduction by L1 / stem cell proliferation / skeletal system development / stem cell differentiation / positive regulation of cell differentiation / sensory perception of sound / receptor protein-tyrosine kinase / positive regulation of neuron projection development / neuron migration / neuron projection development / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / cell migration / PIP3 activates AKT signaling / MAPK cascade / heparin binding / protein autophosphorylation / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / cytoplasmic vesicle / protein tyrosine kinase activity / angiogenesis / gene expression / in utero embryonic development / protein phosphorylation / receptor complex / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / postsynapse / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell population proliferation / glutamatergic synapse
類似検索 - 分子機能
Fibroblast growth factor receptor 1, catalytic domain / Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...Fibroblast growth factor receptor 1, catalytic domain / Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Fibroblast growth factor receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.988 Å
データ登録者Chen, X.J. / Lin, Q.M. / Chen, Y.H.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82172654 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82202920 中国
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2024
タイトル: Structural basis and selectivity of sulfatinib binding to FGFR and CSF-1R.
著者: Lin, Q. / Dai, S. / Qu, L. / Lin, H. / Guo, M. / Wei, H. / Chen, Y. / Chen, X.
履歴
登録2023年6月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibroblast growth factor receptor 1
B: Fibroblast growth factor receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,53915
ポリマ－70,5292
非ポリマー2,01013
水8,017445
1
A: Fibroblast growth factor receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4149
ポリマ－35,2651
非ポリマー1,1498
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Fibroblast growth factor receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1256
ポリマ－35,2651
非ポリマー8615
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)211.458, 49.873, 66.691
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.57, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Fibroblast growth factor receptor 1 / FGFR-1 / Basic fibroblast growth factor receptor 1 / BFGFR / bFGF-R-1 / Fms-like tyrosine kinase 2 ...FGFR-1 / Basic fibroblast growth factor receptor 1 / BFGFR / bFGF-R-1 / Fms-like tyrosine kinase 2 / FLT-2 / N-sam / Proto-oncogene c-Fgr


分子量: 35264.520 Da / 分子数: 2 / 変異: C129S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGFR1, BFGFR, CEK, FGFBR, FLG, FLT2, HBGFR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11362, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-UKI / Sulfatinib / N-(2-(dimethylamino)ethyl)-1-(3-((4-((2-methyl-1H-indol-5-yl)oxy)pyrimidin-2-yl)amino)phenyl)methanesulfonamide


分子量: 480.583 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H28N6O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.98 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M MES pH 6.6,34% PEG 8000,0.2 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.587 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2021年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.988→50 Å / Num. obs: 45822 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06755 / Rrim(I) all: 0.07307 / Net I/σ(I): 19.43
反射 シェル解像度: 1.988→2.059 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.3188 / Mean I/σ(I) obs: 4.08 / Num. unique obs: 4353 / CC1/2: 0.94 / Rrim(I) all: 0.3527 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7WCL

7wcl


解像度: 1.988→40.048 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2048 2356 5.14 %
Rwork0.1634 --
obs0.1656 45820 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.988→40.048 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4701 0 125 445 5271
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0134933
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3396689
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9761859
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059719
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007849
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.988-2.02850.22681310.17782374X-RAY DIFFRACTION94
2.0285-2.07260.22911350.17022551X-RAY DIFFRACTION99
2.0726-2.12090.22561130.1672533X-RAY DIFFRACTION100
2.1209-2.17390.21441370.15762564X-RAY DIFFRACTION100
2.1739-2.23270.21461380.1542538X-RAY DIFFRACTION100
2.2327-2.29840.21931390.16822557X-RAY DIFFRACTION100
2.2984-2.37250.24051200.16042596X-RAY DIFFRACTION100
2.3725-2.45730.2021450.16352526X-RAY DIFFRACTION100
2.4573-2.55570.24931330.1692564X-RAY DIFFRACTION100
2.5557-2.6720.22561420.17212546X-RAY DIFFRACTION100
2.672-2.81280.23211090.17492581X-RAY DIFFRACTION100
2.8128-2.9890.21511520.18122552X-RAY DIFFRACTION100
2.989-3.21970.21131520.17292570X-RAY DIFFRACTION100
3.2197-3.54350.18021190.162612X-RAY DIFFRACTION100
3.5435-4.05590.1941520.14572556X-RAY DIFFRACTION100
4.0559-5.10830.16941640.14662591X-RAY DIFFRACTION100
5.1083-40.0480.20741750.17542653X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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