PDB-8jml: Structure of Helicobacter pylori Soj protein mutant, D41A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jml

タイトル

Structure of Helicobacter pylori Soj protein mutant, D41A

要素

SpoOJ regulator (Soj)

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Helicobacter pylori / chromosome partition

機能・相同性

: / AAA domain / AAA domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ATP binding / metal ion binding / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / SpoOJ regulator (Soj)

機能・相同性情報

生物種

Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Wu, C.T. / Chu, C.H. / Sun, Y.J.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: Insights into the molecular mechanism of ParABS system in chromosome partition by HpParA and HpParB.
著者: Chu, C.H. / Wu, C.T. / Lin, M.G. / Yen, C.Y. / Wu, Y.Z. / Hsiao, C.D. / Sun, Y.J.

履歴

登録	2023年6月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年5月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年7月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jml.cif.gz	124.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jml.ent.gz	93.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jml.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8jml_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jml_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8jml_validation.xml.gz	23.6 KB	表示
CIF形式データ	8jml_validation.cif.gz	34.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/8jml ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/8jml	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8jmjC 8jmkC 6iubS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SpoOJ regulator (Soj)

B: SpoOJ regulator (Soj)

ヘテロ分子

59.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.137, 94.133, 111.415
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	SpoOJ regulator (Soj) 分子量: 29158.982 Da / 分子数: 2 / 変異: D41A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌) 遺伝子: HP_1139 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O25759
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris, 0.1 M MgCl2, 14% PEG550MME, 16% PEG8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→30 Å / Num. obs: 35035 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / CC_1/2: 0.863 / R_merge(I) obs: 0.156 / Net I/σ(I): 4.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2-2.03	8.7	0.848	1715	0.863	0.962	0.298	0.901	0.448	99.9
2.03-2.07	9.8	0.767	1737	0.883	0.968	0.253	0.808	0.47	100
2.07-2.11	10.9	0.726	1700	0.915	0.978	0.228	0.762	0.477	100
2.11-2.15	12	0.72	1715	0.94	0.984	0.215	0.752	0.488	100
2.15-2.2	12.7	0.695	1747	0.944	0.986	0.2	0.723	0.492	100
2.2-2.25	13.3	0.618	1706	0.939	0.984	0.174	0.642	0.521	100
2.25-2.31	13.7	0.58	1743	0.965	0.991	0.161	0.602	0.526	100
2.31-2.37	14	0.474	1723	0.974	0.993	0.131	0.492	0.533	100
2.37-2.44	14.1	0.399	1715	0.981	0.995	0.109	0.414	0.535	100
2.44-2.52	14.2	0.345	1754	0.985	0.996	0.094	0.357	0.539	100
2.52-2.61	14.2	0.295	1728	0.99	0.997	0.081	0.306	0.56	100
2.61-2.71	14.2	0.232	1743	0.992	0.998	0.063	0.24	0.582	100
2.71-2.84	14.3	0.185	1750	0.994	0.999	0.05	0.192	0.627	100
2.84-2.99	14.4	0.168	1740	0.995	0.999	0.046	0.174	0.688	100
2.99-3.17	14.4	0.136	1757	0.994	0.999	0.037	0.141	0.784	100
3.17-3.42	14.5	0.102	1765	0.998	0.999	0.028	0.106	0.902	100
3.42-3.76	14.3	0.085	1771	0.998	0.999	0.023	0.088	0.954	100
3.76-4.31	14.3	0.065	1789	0.999	1	0.018	0.067	1.055	100
4.31-5.42	14	0.055	1821	0.999	1	0.015	0.057	0.992	100
5.42-30	13	0.05	1916	0.999	1	0.014	0.052	1.08	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6IUB

6iub

解像度: 2→29.404 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.64 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2212	1999	5.72 %
R_work	0.1711	-	-
obs	0.174	34972	99.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→29.404 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4092	0	64	357	4513

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	4234
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.549	5738
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.57	1592
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.105	669
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	713

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0481	0.2657	134	0.2127	2205	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0481-2.1035	0.2689	142	0.1926	2351	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1035-2.1653	0.2732	141	0.1877	2303	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1653-2.2352	0.2193	140	0.1818	2322	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2352-2.3151	0.2311	141	0.1811	2323	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3151-2.4077	0.2154	143	0.1755	2368	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4077-2.5172	0.2357	142	0.1789	2333	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5172-2.6499	0.2475	142	0.1751	2347	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6499-2.8158	0.2332	143	0.1752	2345	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8158-3.033	0.231	143	0.1862	2365	X-RAY DIFFRACTION	100
3.033-3.3378	0.226	143	0.1872	2356	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3378-3.8199	0.2139	144	0.1595	2392	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8199-4.8093	0.2003	148	0.1405	2431	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8093-29.404	0.1816	153	0.1636	2532	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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