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- PDB-8jmk: Structure of Helicobacter pylori Soj mutant, D41A bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jmk
タイトルStructure of Helicobacter pylori Soj mutant, D41A bound to DNA
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*TP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*T)-3')
  • SpoOJ regulator (Soj)
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Helicobacter pylori / chromosome partition
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / AAA domain / AAA domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / SpoOJ regulator (Soj)
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Wu, C.T. / Chu, C.H. / Sun, Y.J.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: Insights into the molecular mechanism of ParABS system in chromosome partition by HpParA and HpParB.
著者: Chu, C.H. / Wu, C.T. / Lin, M.G. / Yen, C.Y. / Wu, Y.Z. / Hsiao, C.D. / Sun, Y.J.
履歴
登録2023年6月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年7月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SpoOJ regulator (Soj)
B: SpoOJ regulator (Soj)
C: SpoOJ regulator (Soj)
D: SpoOJ regulator (Soj)
E: DNA (5'-D(P*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*T)-3')
F: DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*TP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,50214
ポリマ－131,3766
非ポリマー2,1268
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14690 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area46870 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)75.200, 75.198, 81.124
Angle α, β, γ (deg.)71.25, 71.38, 67.70
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
SpoOJ regulator (Soj)


分子量: 29158.982 Da / 分子数: 4 / 変異: D41A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
遺伝子: HP_1139 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O25759
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*T)-3')


分子量: 7256.679 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*TP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*A)-3')


分子量: 7483.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 25% Ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.99984 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2022年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 44627 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.756 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.6-2.691.90.33744660.7560.9280.3370.4770.85596.6
2.69-2.81.90.23744440.8660.9640.2370.3360.88196.8
2.8-2.931.90.244740.8810.9680.20.2820.86496.8
2.93-3.081.90.14844820.9350.9830.1480.2090.91496.8
3.08-3.281.90.10144990.9650.9910.1010.1420.9897
3.28-3.5320.06244630.9860.9960.0620.0871.05296
3.53-3.8820.04244600.9910.9980.0420.060.98296.4
3.88-4.4420.03144380.9940.9990.0310.0440.90195
4.44-5.5920.02543960.9960.9990.0250.0360.83795.3
5.59-301.90.02145050.99810.0210.030.86797.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6IUC

6iuc


解像度: 2.7→27.879 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 35.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3034 1882 4.76 %
Rwork0.2238 --
obs0.2276 39518 47.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→27.879 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8200 984 128 0 9312
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.019586
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.61913192
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.3913666
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.111532
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071476
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.77290.3871270.29292508X-RAY DIFFRACTION41
2.7729-2.85450.37941410.26932817X-RAY DIFFRACTION47
2.8545-2.94650.33351500.26262941X-RAY DIFFRACTION48
2.9465-3.05170.35341440.25122990X-RAY DIFFRACTION48
3.0517-3.17370.35761480.25672949X-RAY DIFFRACTION49
3.1737-3.31790.29591440.23962942X-RAY DIFFRACTION48
3.3179-3.49250.33891470.24522920X-RAY DIFFRACTION48
3.4925-3.71090.32481420.22972931X-RAY DIFFRACTION48
3.7109-3.99670.33291450.22652956X-RAY DIFFRACTION48
3.9967-4.39740.29341490.20472898X-RAY DIFFRACTION48
4.3974-5.03050.24361460.18762874X-RAY DIFFRACTION47
5.0305-6.32570.28911500.21492944X-RAY DIFFRACTION48
6.3257-27.8790.22991490.18932966X-RAY DIFFRACTION49
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 35.0209 Å / Origin y: -31.7739 Å / Origin z: 70.5936 Å
111213212223313233
T0.2189 Å20.0695 Å2-0.0505 Å2-0.1537 Å2-0.0414 Å2--0.2411 Å2
L1.1877 °20.5559 °2-0.7333 °2-0.7169 °2-0.497 °2--1.3255 °2
S-0.0424 Å °-0.0063 Å °0.0108 Å °-0.0076 Å °-0.024 Å °0.0014 Å °0.0215 Å °-0.0169 Å °0.0536 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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