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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jm0 | ||||||
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タイトル | Endo-deglycosylated hydroxynitrile lyase isozyme 5 mutant L331A from Prunus communis complexed with 2,2-dimethyl-4H-benzo[d][1,3]dioxine-6-carbaldehyde (Form A) | ||||||
要素 | (R)-mandelonitrile lyase | ||||||
キーワード | LYASE / Hydroxynitrile lyase / FAD / hydrocynanation | ||||||
機能・相同性 | FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Prunus dulcis (アーモンド) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å | ||||||
データ登録者 | Zheng, Y.-C. / Li, F.-L. / Yu, H.-L. / Xu, J.-H. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Endo-deglycosylated hydroxynitrile lyase isozyme 5 mutant from Prunus communis mutant L331A complexed with 2,2-dimethyl-4H-benzo[d][1,3]dioxine-6-carbaldehyde (Form A) 著者: Zheng, Y.-C. / Li, F.-L. / Yu, H.-L. / Xu, J.-H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8jm0.cif.gz | 133.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8jm0.ent.gz | 98.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8jm0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8jm0_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8jm0_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8jm0_validation.xml.gz | 26.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8jm0_validation.cif.gz | 39.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/8jm0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/8jm0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8jm7C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | ( 分子量: 58972.355 Da / 分子数: 1 / 変異: L331A / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Author stated the sequence reference is Genbank AAP84580.1, and the initial signal peptide (Met1 to Ser27) was exchanged into yeast alpha-factor subjected to cleavage during extracellular expression. 由来: (組換発現) Prunus dulcis (アーモンド) / 遺伝子: ALMOND_2B028509 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: (R)-mandelonitrile lyase |
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-糖 , 2種, 8分子
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#3: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 6種, 416分子
#4: 化合物 | ChemComp-FQ3 / 分子量: 192.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION |
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#5: 化合物 | ChemComp-FAD / |
#6: 化合物 | ChemComp-PGE / |
#7: 化合物 | ChemComp-PEG / |
#8: 化合物 | ChemComp-BCN / |
#9: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.85 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: tris-bicine, 100 mM, pH 8.25; CaCl2, 60 mM; MgCl2, 60 mM; PEG 500MME, 24%, v/v; PEG 20000, 12%, w/v |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.79→50 Å / Num. obs: 56025 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.1 % / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Χ2: 0.938 / Net I/σ(I): 13.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.79→1.83 Å / 冗長度: 11.6 % / Num. unique obs: 2744 / CC1/2: 0.727 / CC star: 0.918 / Χ2: 0.43 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.79→33.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 2.85 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.906 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.79→33.54 Å
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拘束条件 |
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