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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jks | ||||||
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タイトル | T95R mutant IRF4 DNA-binding domain bound to an DNA containing GAGA motif | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / IRF4 / transcription factor (転写因子) / protein-DNA complex (デオキシリボ核酸) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, G. / Feng, X. / Ding, J. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2023 タイトル: Molecular basis for the functional roles of the multimorphic T95R mutation of IRF4 causing human autosomal dominant combined immunodeficiency. 著者: Wang, G. / Feng, X. / Ding, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8jks.cif.gz | 276.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8jks.ent.gz | 221.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8jks.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/8jks ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/8jks | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 5816.804 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) #2: DNA鎖 | 分子量: 5833.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) #3: タンパク質 | 分子量: 13646.490 Da / 分子数: 4 / Fragment: DNA-binding domain / Mutation: T95R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IRF4, hCG_20902 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2Z3D5 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.57 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M sodium citrate (pH 5.0) and 10% (w/v) PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9752 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9752 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→41.03 Å / Num. obs: 13978 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.9 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.251 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.262 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 180176 |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.39 Å / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 1.382 / Num. measured all: 13384 / Num. unique obs: 981 / CC1/2: 0.993 / Rpim(I) all: 0.388 / Rrim(I) all: 1.437 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I) obs: 2.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 8JKL 解像度: 3.3→40.02 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.19 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.3→40.02 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 25.3457 Å / Origin y: 14.8786 Å / Origin z: -29.0331 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |