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- PDB-8jj6: Structure of the NELF-BCE complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jj6
タイトルStructure of the NELF-BCE complex
要素
  • NELF-E
  • Negative elongation factor B
  • Negative elongation factor complex member C/D
キーワードTRANSCRIPTION / transcription elongation factor / negative transcription elongation factor(NELF)
機能・相同性
機能・相同性情報


NELF complex / NTRK3 as a dependence receptor / negative regulation of stem cell differentiation / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery ...NELF complex / NTRK3 as a dependence receptor / negative regulation of stem cell differentiation / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / stem cell differentiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cofactor of BRCA1 / Cofactor of BRCA1 (COBRA1) / TH1 protein / TH1 protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Negative elongation factor complex member C/D / Negative elongation factor B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Wang, Z. / Cao, Y. / Qin, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870725 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of the human NELF-B, NELF-C, and NELF-E trimeric complex
著者: Wang, Z. / Cao, Y. / Qin, Y.
履歴
登録2023年5月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Negative elongation factor B
D: Negative elongation factor complex member C/D
B: Negative elongation factor B
C: Negative elongation factor complex member C/D
E: NELF-E
F: NELF-E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,8866
ポリマ－172,8866
非ポリマー00
水1,928107
1
A: Negative elongation factor B
D: Negative elongation factor complex member C/D
E: NELF-E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,4433
ポリマ－86,4433
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7490 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area36290 Å2
手法PISA
2
B: Negative elongation factor B
C: Negative elongation factor complex member C/D
F: NELF-E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,4433
ポリマ－86,4433
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7500 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area36460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.614, 166.709, 75.025
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 Negative elongation factor B / NELF-B


分子量: 63842.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NELFB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WX92
#2: タンパク質 Negative elongation factor complex member C/D / TH1-like (Drosophila) / isoform CRA_b


分子量: 16886.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NELFCD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H0UI80
#3: タンパク質 NELF-E


分子量: 5712.895 Da / 分子数: 2 / Mutation: L8M, N20M, L30M / 由来タイプ: 組換発現
詳細: In order to gain the selenomethionine-labeled crystals, amino acid mutated: L8M, N20M, L30M
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M BICINE pH 8.5 and 20% v/v Polyethylene glycol 300

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 53240 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 29.2 % / Biso Wilson estimate: 41.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.287 / Net I/σ(I): 14.75
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / Rmerge(I) obs: 1.647 / Num. unique obs: 2629

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.72→37.51 Å / SU ML: 0.3335 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.7981 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2622 2565 4.87 %
Rwork0.2059 50057 -
obs0.2087 52622 98.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.72→37.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11726 0 0 107 11833
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008911956
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.998316154
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05221844
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00622072
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.63144546
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.72-2.770.38891250.30272397X-RAY DIFFRACTION85
2.77-2.830.30621470.27152744X-RAY DIFFRACTION99.79
2.83-2.890.33151250.27252832X-RAY DIFFRACTION99.73
2.89-2.960.31441400.25772750X-RAY DIFFRACTION99.69
2.96-3.030.36221330.26092816X-RAY DIFFRACTION99.83
3.03-3.110.31781330.25382830X-RAY DIFFRACTION99.76
3.11-3.20.27181490.24042773X-RAY DIFFRACTION99.8
3.2-3.310.30341490.22222788X-RAY DIFFRACTION99.83
3.31-3.430.24751610.21772790X-RAY DIFFRACTION99.73
3.43-3.560.26451510.20862825X-RAY DIFFRACTION99.87
3.56-3.730.22831590.18722778X-RAY DIFFRACTION99.73
3.73-3.920.2661480.18892818X-RAY DIFFRACTION99.76
3.92-4.170.25071330.18662845X-RAY DIFFRACTION99.6
4.17-4.490.21481360.17232821X-RAY DIFFRACTION99.39
4.49-4.940.22971430.16662836X-RAY DIFFRACTION99.1
4.94-5.650.24391470.18782827X-RAY DIFFRACTION99
5.65-7.110.27761500.21562847X-RAY DIFFRACTION97.85
7.11-37.510.21881360.17232740X-RAY DIFFRACTION89.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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