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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jj6 | ||||||
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タイトル | Structure of the NELF-BCE complex | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / transcription elongation factor / negative transcription elongation factor(NELF) | ||||||
機能・相同性 | ![]() NELF complex / NTRK3 as a dependence receptor / negative regulation of stem cell differentiation / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery ...NELF complex / NTRK3 as a dependence receptor / negative regulation of stem cell differentiation / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / stem cell differentiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, Z. / Cao, Y. / Qin, Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of the human NELF-B, NELF-C, and NELF-E trimeric complex 著者: Wang, Z. / Cao, Y. / Qin, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 299.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 240 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 63842.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 16886.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 5712.895 Da / 分子数: 2 / Mutation: L8M, N20M, L30M / 由来タイプ: 組換発現 詳細: In order to gain the selenomethionine-labeled crystals, amino acid mutated: L8M, N20M, L30M 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.58 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1M BICINE pH 8.5 and 20% v/v Polyethylene glycol 300 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9789 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 53240 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 29.2 % / Biso Wilson estimate: 41.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.287 / Net I/σ(I): 14.75 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.75 Å / Rmerge(I) obs: 1.647 / Num. unique obs: 2629 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.72→37.51 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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