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- PDB-8jiv: Atomic structure of wheat ribosome reveals unique features of the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jiv
タイトルAtomic structure of wheat ribosome reveals unique features of the plant ribosomes
要素
  • (60S ribosomal protein ...) x 19
  • (Genome assembly, chromosome: ...) x 3
  • (Ribosomal protein ...) x 15
  • 25S rRNA
  • 5.8S rRNA
  • 5S rRNA
  • KOW domain-containing protein
  • Ribosomal L28e/Mak16 domain-containing protein
  • TRASH domain-containing protein
  • Ubiquitin-like domain-containing protein
キーワードRIBOSOME / Protein Synthesis Machinery / Eukaryotic Ribosome / Plant / TRANSLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-RNA complex assembly / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation ...protein-RNA complex assembly / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L19e, C-terminal domain / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L23 / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family ...Ribosomal protein L19e, C-terminal domain / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L23 / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / : / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / : / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L30e signature 1. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / : / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / : / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L7A/L8 / 60S ribosomal protein L6E / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L18e / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L19e, N-terminal domain / Ribosomal protein L14e domain / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal / Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 / Ribosomal protein L6, conserved site-2 / Ribosomal protein L6 signature 2. / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L15e, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL6 alpha-beta domain-containing protein / 60S ribosomal protein L29 ...: / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL6 alpha-beta domain-containing protein / 60S ribosomal protein L29 / 60S ribosomal protein L36 / Large ribosomal subunit protein uL23 N-terminal domain-containing protein / 60S ribosomal protein L38 / Ubiquitin-like domain-containing protein / Ribosomal protein L37 / 60S ribosomal protein L27 / 60S ribosomal protein L11 / 60S ribosomal protein L18a / Large ribosomal subunit protein uL15/eL18 domain-containing protein / Ribosomal eL28/Mak16 domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein uL15/eL18 domain-containing protein / Ribosomal protein L19 / Large ribosomal subunit protein uL18 C-terminal eukaryotes domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein eL14 domain-containing protein / Uncharacterized protein / TRASH domain-containing protein / KOW domain-containing protein / Uncharacterized protein / 60S ribosomal protein L13 / 60S ribosomal protein L6 / 60S ribosomal protein L7a / 60S ribosomal protein L34 / 60S ribosomal protein L32 / 60S ribosomal protein L37a, expressed / 60S ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L39 / Ribosomal protein L13a / Ribosomal protein L3 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Ribosomal protein eL8/eL30/eS12/Gadd45 domain-containing protein / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein uL2 C-terminal domain-containing protein / Ribosomal protein L15 / Uncharacterized protein / 60S ribosomal protein L31 / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Triticum aestivum (コムギ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Mishra, R.K. / Sharma, P. / Hussain, T.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structure of wheat ribosome reveals unique features of the plant ribosomes.
著者: Rishi Kumar Mishra / Prafful Sharma / Faisal Tarique Khaja / Adwaith B Uday / Tanweer Hussain /
要旨: Plants being sessile organisms exhibit unique features in ribosomes, which might aid in rapid gene expression and regulation in response to varying environmental conditions. Here, we present high- ...Plants being sessile organisms exhibit unique features in ribosomes, which might aid in rapid gene expression and regulation in response to varying environmental conditions. Here, we present high-resolution structures of the 60S and 80S ribosomes from wheat, a monocot staple crop plant (Triticum aestivum). While plant ribosomes have unique plant-specific rRNA modification (Cm1847) in the peptide exit tunnel (PET), the zinc-finger motif in eL34 is absent, and uL4 is extended, making an exclusive interaction network. We note differences in the eL15-helix 11 (25S) interaction, eL6-ES7 assembly, and certain rRNA chemical modifications between monocot and dicot ribosomes. In eukaryotes, we observe highly conserved rRNA modification (Gm75) in 5.8S rRNA and a flipped base (G1506) in PET. These features are likely involved in sensing or stabilizing nascent chain. Finally, we discuss the importance of the universal conservation of three consecutive rRNA modifications in all ribosomes for their interaction with A-site aminoacyl-tRNA.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.
年: 2018
タイトル: Real-space refinement in PHENIX for cryo-EM and crystallography
著者: Uday, A.B. / Khaja, F.T.
履歴
登録2023年5月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Aa: 25S rRNA
Ab: 5S rRNA
Ac: 5.8S rRNA
CA: Ribosomal protein L2 C-terminal domain-containing protein
CB: Ribosomal protein L3
CC: 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain-containing protein
CD: Ribosomal protein L5 eukaryotic C-terminal domain-containing protein
CE: 60S ribosomal protein L6
CF: 60S ribosomal protein uL30
CG: 60S ribosomal protein L7a
CH: Ribosomal protein L6 alpha-beta domain-containing protein
CI: Ribosomal protein L10e/L16 domain-containing protein
CJ: 60S ribosomal protein L11
CL: 60S ribosomal protein L13
CM: Ribosomal protein L14e domain-containing protein
CN: Ribosomal protein L15
CO: Ribosomal protein L13a
CP: 60S ribosomal protein uL22
CQ: Ribosomal protein L18e/L15P domain-containing protein
CR: Ribosomal protein L19
CS: 60S ribosomal protein L18a
CT: 60S ribosomal protein L21
CU: Genome assembly, chromosome: II
CV: Ribosomal protein L17
CW: TRASH domain-containing protein
CX: Genome assembly, chromosome: II
CY: KOW domain-containing protein
CZ: 60S ribosomal protein L27
Ca: Ribosomal protein L18e/L15P domain-containing protein
Cb: 60S ribosomal protein L29
Cc: Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 domain-containing protein
Cd: 60S ribosomal protein L31
Ce: 60S ribosomal protein eL32
Cf: 60S ribosomal protein eL33
Cg: 60S ribosomal protein L34
Ch: 60S ribosomal protein L35
Ci: 60S ribosomal protein L36
Cj: Ribosomal protein L37
Ck: 60S ribosomal protein L38
Cl: Ribosomal protein L39
Cm: Ubiquitin-like domain-containing protein
Co: Genome assembly, chromosome: II
Cp: 60S ribosomal protein L37a, expressed
Cr: Ribosomal L28e/Mak16 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,984,466361
ポリマ－1,975,57344
非ポリマー8,893317
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 AaAbAc

#1: RNA鎖 25S rRNA


分子量: 1098269.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: GenBank: 2123606587
#2: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38411.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: GenBank: X06094.1
#3: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 50953.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: GenBank: AF438188.1

-
Ribosomal protein ... , 15種, 15分子 CACBCDCHCICMCNCOCQCRCVCaCcCjCl

#4: タンパク質 Ribosomal protein L2 C-terminal domain-containing protein


分子量: 28251.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5ECL2
#5: タンパク質 Ribosomal protein L3 / Ribosomal protein L3-A1 / Ribosomal protein L3A-1


分子量: 44262.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q7X744
#7: タンパク質 Ribosomal protein L5 eukaryotic C-terminal domain-containing protein


分子量: 35341.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6DD91
#11: タンパク質 Ribosomal protein L6 alpha-beta domain-containing protein


分子量: 21301.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A077RTE5
#12: タンパク質 Ribosomal protein L10e/L16 domain-containing protein


分子量: 24516.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6HUM3
#15: タンパク質 Ribosomal protein L14e domain-containing protein


分子量: 15490.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6DGT8
#16: タンパク質 Ribosomal protein L15


分子量: 24488.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5FEX7
#17: タンパク質 Ribosomal protein L13a


分子量: 23581.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q5I7L1
#19: タンパク質 Ribosomal protein L18e/L15P domain-containing protein


分子量: 21351.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B5ZQE8
#20: タンパク質 Ribosomal protein L19


分子量: 24059.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6C2W3
#24: タンパク質 Ribosomal protein L17


分子量: 14536.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q5I7K4
#29: タンパク質 Ribosomal protein L18e/L15P domain-containing protein


分子量: 16068.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6AUW8
#31: タンパク質 Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 domain-containing protein


分子量: 12372.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W4ZRU3
#38: タンパク質 Ribosomal protein L37


分子量: 10765.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A1D6BC85
#40: タンパク質 Ribosomal protein L39


分子量: 6528.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q5I7K7

-
60S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 CCCECFCGCJCLCPCSCTCZCbCdCeCfCgChCiCkCp

#6: タンパク質 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain-containing protein


分子量: 44822.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L6


分子量: 25924.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6QGW3
#9: タンパク質 60S ribosomal protein uL30


分子量: 28161.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6DM38
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L7a


分子量: 29407.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6RED0
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L11


分子量: 20725.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B5XX39
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L13


分子量: 24170.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6QBU0
#18: タンパク質 60S ribosomal protein uL22


分子量: 19525.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5FSM8
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L18a


分子量: 21296.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B5Z5M6
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L21


分子量: 18719.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: F4YWL9
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 15615.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A341XZK6
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L29


分子量: 6994.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A1D5RRD3
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L31


分子量: 14152.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5G990
#33: タンパク質 60S ribosomal protein eL32


分子量: 15737.636 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6SDD9
#34: タンパク質 60S ribosomal protein eL33


分子量: 12684.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L34


分子量: 13798.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6RFY8
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L35


分子量: 14401.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q8L805
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L36


分子量: 12594.097 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A1D5S805
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L38


分子量: 8115.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A1D5W6Q2
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L37a, expressed


分子量: 10266.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: D8L9P6

-
Genome assembly, chromosome: ... , 3種, 3分子 CUCXCo

#23: タンパク質 Genome assembly, chromosome: II


分子量: 14372.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5C5N9
#26: タンパク質 Genome assembly, chromosome: II


分子量: 16920.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A1D5UQZ5
#42: タンパク質 Genome assembly, chromosome: II


分子量: 12152.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5HX73

-
タンパク質 , 4種, 4分子 CWCYCmCr

#25: タンパク質 TRASH domain-containing protein


分子量: 18293.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6ELC9
#27: タンパク質 KOW domain-containing protein


分子量: 14735.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6GQI2
#41: タンパク質 Ubiquitin-like domain-containing protein


分子量: 14828.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A1D5XNC2
#44: タンパク質 Ribosomal L28e/Mak16 domain-containing protein


分子量: 16607.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B5ZZN9

-
非ポリマー , 3種, 317分子

#45: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#46: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#47: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The large subunit of wheat Ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#44 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: The sample is the large subunit of wheat ribosome
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 289 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 倍率（補正後）: 75000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / C2レンズ絞り径: 2.7 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 44.6 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 105563 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 19.63 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0053125269
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6912184300
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.041522858
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.005611657
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.811143514

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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