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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jik | ||||||
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タイトル | Alanine decarboxylase | ||||||
![]() | Serine decarboxylase | ||||||
![]() | LYASE / PLP / BIOSYNTHETIC PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() carbon-carbon lyase activity / : / carboxylic acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gong, W. / Wang, H. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of alanine decarboxylase 著者: Gong, W. / Wang, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 97.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 73.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 458.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 464.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8jijC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 47725.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 64分子 ![](data/chem/img/PLP.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/NEH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/NEH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-PLP / |
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#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
#4: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#5: 化合物 | ChemComp-NEH / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.61 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.8 M Sodium acetate trihydrate, pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 24010 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.156 / Net I/σ(I): 3.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.562 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.97 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→17.62 Å
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拘束条件 |
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