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万見
- PDB-8jh1: Crystal Structure of the Csm6 Y161A mutant from Thermus thermophi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jh1
タイトルCrystal Structure of the Csm6 Y161A mutant from Thermus thermophilus HB8 in complex with cyclic-tetraadenylate (cA4)
要素
  • CRISPR system endoribonuclease Csm6
  • RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*A)-3')
キーワードHYDROLASE / Thermus thermophilus HB8 / Csm6 / Endoribonuclease / cyclic-tetraadenylate (cA4)
機能・相同性: / Csm6 HEPN domain / Csm6 6H domain / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA / CRISPR system endoribonuclease Csm6
機能・相同性情報
生物種Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Lin, Z. / Du, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971222 中国
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2024
タイトル: Molecular mechanism of allosteric activation of the CRISPR ribonuclease Csm6 by cyclic tetra-adenylate.
著者: Du, L. / Zhu, Q. / Lin, Z.
履歴
登録2023年5月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR system endoribonuclease Csm6
B: CRISPR system endoribonuclease Csm6
C: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,1993
ポリマ－103,1993
非ポリマー00
水61334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9970 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area37200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.240, 116.240, 156.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 CRISPR system endoribonuclease Csm6 / CRISPR type III-A associated protein Csm6 / TtCsm6


分子量: 50963.664 Da / 分子数: 2 / 変異: Y161A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
遺伝子: csm6, TTHB152 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: Q53W17, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 1271.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M Phosphate-citrate pH 4.2, 20% Polyethylene glycol 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→38.85 Å / Num. obs: 24694 / % possible obs: 99.88 % / 冗長度: 25.4 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.89→2.97 Å / Num. unique obs: 2412 / CC1/2: 0.792

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.89→29.81 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2534 1999 8.1 %
Rwork0.1965 --
obs0.2011 24672 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.89→29.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7165 88 0 34 7287
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.241
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.3471075
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611120
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0121305
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.89-2.960.4221390.30531575X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.040.33291410.27381597X-RAY DIFFRACTION100
3.04-3.130.33481400.26131595X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.230.30341400.23511587X-RAY DIFFRACTION100
3.23-3.350.32171380.23481575X-RAY DIFFRACTION100
3.35-3.480.32511420.24451609X-RAY DIFFRACTION100
3.48-3.640.31711420.21681609X-RAY DIFFRACTION100
3.64-3.830.29241410.21181591X-RAY DIFFRACTION100
3.83-4.070.22731410.18771614X-RAY DIFFRACTION100
4.07-4.380.22071440.17681620X-RAY DIFFRACTION100
4.38-4.820.23791440.17231623X-RAY DIFFRACTION100
4.82-5.520.27041450.18121654X-RAY DIFFRACTION100
5.52-6.940.25231460.19761658X-RAY DIFFRACTION100
6.94-29.810.15791560.15181766X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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