PDB-8jgw: Crystal structure of Klebsiella pneumoniae exopolyphosphatase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jgw

タイトル

Crystal structure of Klebsiella pneumoniae exopolyphosphatase

要素

Exopolyphosphatase

キーワード

HYDROLASE / Polyphosphate / exopolyphosphatase

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorus metabolic process / exopolyphosphatase / exopolyphosphatase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae 1158 (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Zhao, Y. / Dai, S.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Adv Sci / 年: 2024
タイトル: Structural Evolution of Bacterial Polyphosphate Degradation Enzyme for Phosphorus Cycling.
著者: Dai, S. / Wang, B. / Ye, R. / Zhang, D. / Xie, Z. / Yu, N. / Cai, C. / Huang, C. / Zhao, J. / Zhang, F. / Hua, Y. / Zhao, Y. / Zhou, R. / Tian, B.

履歴

登録	2023年5月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jgw.cif.gz	417.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jgw.ent.gz	338.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jgw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8jgw_validation.pdf.gz	4.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jgw_full_validation.pdf.gz	4.5 MB	表示
XML形式データ	8jgw_validation.xml.gz	39.3 KB	表示
CIF形式データ	8jgw_validation.cif.gz	57.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jg/8jgw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jg/8jgw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8jgoC 8jgpC 8jgqC 8jgrC 8jgtC 8jguC 8jgxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Exopolyphosphatase

B: Exopolyphosphatase

ヘテロ分子

120 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.800, 97.080, 144.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Exopolyphosphatase 分子量: 59908.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae 1158 (肺炎桿菌) 遺伝子: RJA_06760 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Y0PUF6
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 482 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.46 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: KCl, HEPES, Pentaerythritol propoxylate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 113613 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.64 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.055 / R_rim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 16.48

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.8-1.84	0.541	7878	0.953	0.585	1
1.84-1.89	0.397	8139	0.974	0.43	1
1.89-1.95	0.304	7936	0.984	0.33	1
1.95-2.01	0.241	7693	0.989	0.262	1
2.01-2.07	0.19	7466	0.992	0.206	1
2.07-2.15	0.152	7208	0.995	0.164	1
2.15-2.23	0.124	7002	0.996	0.135	1
2.23-2.32	0.104	6742	0.996	0.113	1
2.32-2.42	0.088	6460	0.997	0.096	1
2.42-2.54	0.075	6165	0.998	0.081	1
2.54-2.68	0.069	5897	0.997	0.075	1
2.68-2.84	0.061	5590	0.998	0.066	1
2.84-3.03	0.055	5273	0.998	0.06	1
3.03-3.28	0.052	4889	0.998	0.056	1
3.28-3.59	0.047	4546	0.998	0.051	1
3.59-4.01	0.044	4120	0.998	0.047	1
4.01-4.63	0.042	3649	0.998	0.046	1
4.63-5.68	0.041	3112	0.998	0.045	1
5.68-8.03	0.042	2462	0.998	0.046	1
8.03-30	0.035	1386	0.997	0.039	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→29.67 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.67 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2073	5734	5.05 %
R_work	0.1831	-	-
obs	0.1843	113503	99.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7943	0	27	482	8452

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.803
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.055	3044
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1219
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1432

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.3573	162	0.348	3130	X-RAY DIFFRACTION	88
1.82-1.84	0.3547	206	0.2905	3542	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.86	0.3175	210	0.2681	3531	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.88	0.2685	169	0.2413	3585	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-1.91	0.255	190	0.236	3555	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.93	0.2364	231	0.2273	3586	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-1.96	0.2465	183	0.225	3530	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-1.99	0.2308	205	0.2137	3543	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.02	0.2365	168	0.2037	3631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.05	0.2646	181	0.2031	3567	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.09	0.2466	215	0.2024	3539	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.13	0.2328	188	0.1976	3608	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.17	0.2794	198	0.1988	3566	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.21	0.2245	180	0.1932	3609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.26	0.2296	187	0.1852	3570	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.31	0.2113	202	0.1819	3575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.37	0.2296	200	0.1796	3601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.44	0.2121	201	0.1887	3553	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.51	0.2143	194	0.1853	3600	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.59	0.2502	178	0.185	3630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.68	0.255	172	0.2022	3602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.79	0.2281	164	0.2017	3646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-2.91	0.2329	186	0.1924	3622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.07	0.2021	187	0.1895	3644	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.26	0.2017	192	0.2011	3630	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-3.51	0.2045	181	0.1757	3662	X-RAY DIFFRACTION	100
3.51-3.86	0.1913	193	0.1673	3666	X-RAY DIFFRACTION	100
3.86-4.42	0.1483	199	0.1485	3673	X-RAY DIFFRACTION	100
4.42-5.57	0.1727	206	0.1581	3711	X-RAY DIFFRACTION	100
5.57-29.67	0.1863	206	0.1682	3862	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -16.1723 Å / Origin y: -24.4391 Å / Origin z: -7.5575 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2756 Å²	-0.0093 Å²	0.0243 Å²	-	0.2638 Å²	-0.0172 Å²	-	-	0.2786 Å²
L	0.0412 °²	-0.0479 °²	0.0126 °²	-	0.2158 °²	0.0147 °²	-	-	0.5233 °²
S	0.0162 Å °	0.0066 Å °	-0.0001 Å °	-0.0116 Å °	0.0031 Å °	-0.037 Å °	-0.0384 Å °	0.0899 Å °	-0.0216 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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