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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8jgx | ||||||
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Title | Crystal structure of Acinetobacter baumannii exopolyphosphatase | ||||||
![]() | Exopolyphosphatase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Polyphosphate / exopolyphosphatase | ||||||
Function / homology | : ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhao, Y. / Dai, S. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Structural Evolution of Bacterial Polyphosphate Degradation Enzyme for Phosphorus Cycling. Authors: Dai, S. / Wang, B. / Ye, R. / Zhang, D. / Xie, Z. / Yu, N. / Cai, C. / Huang, C. / Zhao, J. / Zhang, F. / Hua, Y. / Zhao, Y. / Zhou, R. / Tian, B. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 392.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 320.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 445.3 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 461.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 34.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 46.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8jgoC ![]() 8jgpC ![]() 8jgqC ![]() 8jgrC ![]() 8jgtC ![]() 8jguC ![]() 8jgwC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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-
Components
#1: Protein | Mass: 58872.910 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: ppx, AB237_2873 / Production host: ![]() ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.58 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 / Details: NH4Ac, BIS-TRIS, PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Apr 11, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.6→30 Å / Num. obs: 34012 / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 3.69 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 15.97 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→29.36 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 7.4641 Å / Origin y: -11.0941 Å / Origin z: -10.451 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |