PDB-8jgm: Cryo-EM sturcutre of DANGEROUS MIX 3 (DM3) from Hohenlieth (Hh-0)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jgm

タイトル

Cryo-EM sturcutre of DANGEROUS MIX 3 (DM3) from Hohenlieth (Hh-0)

要素

DM3Hh0

キーワード

HYDROLASE / Complex / Polymorphism / Hybrid necrosis

機能・相同性

: / Peptidase S33 / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / peptidase activity / Alpha/Beta hydrolase fold / proteolysis / DM3Hh0

機能・相同性情報

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.89 Å

データ登録者

Kim, G. / Song, J.J.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM sturcutre of DANGEROUS MIX 3 (DM3) from Hohenlieth (Hh-0)
著者: Kim, G. / Song, J.J.

履歴

登録	2023年5月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jgm.cif.gz	450.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jgm.ent.gz	377.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jgm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jg/8jgm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jg/8jgm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	36239MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: DM3Hh0

B: DM3Hh0

C: DM3Hh0

D: DM3Hh0

E: DM3Hh0

F: DM3Hh0

302 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

#1: タンパク質	DM3Hh0 / DANGGEROUS MIX 3 / DM3 分子量: 50414.750 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) Variant: Hohenlieth accession (Hh-0) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A068LMZ4
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: DANGGEROUS MIX 3 (DM3) from Hohenlieth accession (Hh-0)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT

分子量

実験値: NO

由来(天然)

生物種:

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

由来(組換発現)

生物種:

Escherichia coli (大腸菌)

緩衝液

pH: 8

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	100 mM	sodium choloride	NaCl	1
2	50 mM	Trisamine	Tris	1

試料

濃度: 0.17 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

試料支持

詳細: The grid treated by graphene oxide prior to use / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2300 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 900 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN
撮影	電子線照射量: 49.8 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1

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解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性	点対称性: C₁ (非対称)
3次元再構成	解像度: 2.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 413056 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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