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- EMDB-36239: Cryo-EM sturcutre of DANGEROUS MIX 3 (DM3) from Hohenlieth (Hh-0) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36239
タイトルCryo-EM sturcutre of DANGEROUS MIX 3 (DM3) from Hohenlieth (Hh-0)
マップデータ
試料
  • 複合体: DANGGEROUS MIX 3 (DM3) from Hohenlieth accession (Hh-0)
    • タンパク質・ペプチド: DM3Hh0
キーワードHydrolase / Complex / Polymorphism / Hybrid necrosis
機能・相同性: / Peptidase S33 / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / peptidase activity / Alpha/Beta hydrolase fold / proteolysis / DM3Hh0
機能・相同性情報
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Kim G / Song JJ
資金援助 韓国, 1件
OrganizationGrant number国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2020R1A2B5B03001517 韓国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2025
タイトル: Structure determinants of DANGEROUS MIX 3, an alpha/beta hydrolase, for triggering NLR-mediated genetic incompatibility in plants
著者: Kim G / Song JJ
履歴
登録2023年5月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月25日-
マップ公開2024年12月25日-
更新2025年7月23日-
現状2025年7月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36239.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36239.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 271.68 Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 271.68 Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 271.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.849 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00965
最小 - 最大-0.012370641 - 0.04412158
平均 (標準偏差)-0.00017284714 (±0.0018378752)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 271.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36239_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_36239_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : DANGGEROUS MIX 3 (DM3) from Hohenlieth accession (Hh-0)

全体名称: DANGGEROUS MIX 3 (DM3) from Hohenlieth accession (Hh-0)
要素
  • 複合体: DANGGEROUS MIX 3 (DM3) from Hohenlieth accession (Hh-0)
    • タンパク質・ペプチド: DM3Hh0

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超分子 #1: DANGGEROUS MIX 3 (DM3) from Hohenlieth accession (Hh-0)

超分子名称: DANGGEROUS MIX 3 (DM3) from Hohenlieth accession (Hh-0)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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分子 #1: DM3Hh0

分子名称: DM3Hh0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 50.41475 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: EHVTGKWFSV PELRLRDHRF IVPLDYSKSS PKITVFAREI VAVGKEEQAM PYLLYLQGGP GFEGPRPSEA SGWIQRACEE FRVVLLDQR GTGLSTPLIC SSMLQFKSAK ELADYLVHFR ADNIVKDAEF IRVRLVPKAD PWTILGQSFG GFCALTYLSF A PEGLKQVL ...文字列:
EHVTGKWFSV PELRLRDHRF IVPLDYSKSS PKITVFAREI VAVGKEEQAM PYLLYLQGGP GFEGPRPSEA SGWIQRACEE FRVVLLDQR GTGLSTPLIC SSMLQFKSAK ELADYLVHFR ADNIVKDAEF IRVRLVPKAD PWTILGQSFG GFCALTYLSF A PEGLKQVL ITGGIPPIGK ACTADDVYEA GFEQVARQNE KYYKRFPQDI EIVRELVNYL AESEGGGVPL PSGGILTPKG LQ TLGLSGL GSSTGFERLH YMLERVWDPI LVTGAPKCIS QFFLNAFESW HSFDANPLYA LLHEAIYCEG ASSGWSAHRL RDK YEYKFD AMKAVKESQP VLFTGEMIFP WMFDEIHALK PFKAAADLLA KKEDWPPLYD VPRLQNNKVP VAAAVYYEDM YVNF KLVTE TASHISGIRL WVTNEFMHSG LRDAGRQIID HLLGMINGKK PLF

UniProtKB: DM3Hh0

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.17 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMNaClsodium choloride
50.0 mMTrisTrisamine
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: The grid treated by graphene oxide prior to use
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 49.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 413056
初期 角度割当タイプ: OTHER / 詳細: Relion initial model
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / 詳細: Relion 3D refinement
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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