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万見
- PDB-8jf1: Human sodium-dependent vitamin C transporter 1 in an apo occluded... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jf1
タイトルHuman sodium-dependent vitamin C transporter 1 in an apo occluded state
要素Solute carrier family 23 member 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Transporter / Membrane protein / Ascorbic acid / Vitamin C / Sodium
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleobase transport / L-ascorbate:sodium symporter activity / L-ascorbic acid transmembrane transporter activity / L-ascorbic acid transmembrane transport / nucleobase transmembrane transporter activity / dehydroascorbic acid transmembrane transporter activity / dehydroascorbic acid transport / sodium ion transmembrane transporter activity / Vitamin C (ascorbate) metabolism / L-ascorbic acid metabolic process ...nucleobase transport / L-ascorbate:sodium symporter activity / L-ascorbic acid transmembrane transporter activity / L-ascorbic acid transmembrane transport / nucleobase transmembrane transporter activity / dehydroascorbic acid transmembrane transporter activity / dehydroascorbic acid transport / sodium ion transmembrane transporter activity / Vitamin C (ascorbate) metabolism / L-ascorbic acid metabolic process / urate transmembrane transporter activity / intracellular organelle / sodium ion transport / basal plasma membrane / lung development / brain development / response to toxic substance / apical plasma membrane / extracellular exosome / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleobase cation symporter 2 family / Permease family
類似検索 - ドメイン・相同性
Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / CHOLESTEROL / PALMITIC ACID / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Solute carrier family 23 member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Kobayashi, T.A. / Kusakizako, T. / Nureki, O.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structures of human sodium-dependent vitamin C transporter 1
著者: Kobayashi, T.A. / Kusakizako, T. / Nureki, O.
履歴
登録2023年5月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Solute carrier family 23 member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,7149
ポリマ－64,8611
非ポリマー4,8538
水362
1
A: Solute carrier family 23 member 1
ヘテロ分子

A: Solute carrier family 23 member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,42818
ポリマ－129,7212
非ポリマー9,70716
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(-1), (-1), (1)298.79999, 298.79999

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Solute carrier family 23 member 1 / Na(+)/L-ascorbic acid transporter 1 / Sodium-dependent vitamin C transporter 1 / hSVCT1 / Yolk sac ...Na(+)/L-ascorbic acid transporter 1 / Sodium-dependent vitamin C transporter 1 / hSVCT1 / Yolk sac permease-like molecule 3


分子量: 64860.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC23A1, SVCT1, YSPL3 / プラスミド: pEG BacMam / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UHI7
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 9分子

#2: 化合物 ChemComp-AV0 / Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / 2,2-didecylpropane-1,3-bis-b-D-maltopyranoside / 2-decyl-2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}dodecyl4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranoside / ラウリルマルト-スネオペンチルグリコ-ル


分子量: 1005.188 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H88O22 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト


分子量: 486.726 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human SVCT1 dimer in an apo occluded state / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 50.9 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5907
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 25 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1.1粒子像選択
2EPU3.9.0画像取得
4RELION3.1.1CTF補正
7Coot0.9.6モデルフィッティング
9RELION3.1.1初期オイラー角割当
10RELION3.1.1最終オイラー角割当
11RELION3.1.1分類
12RELION3.1.1３次元再構成
13Servalcat0.2.115モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 3699304
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 116307 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 8JEW

8jew


Accession code: 8JEW / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化解像度: 2.85→2.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.841 / SU B: 9.153 / SU ML: 0.175 / ESU R: 0.226
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.32912 --
obs0.32912 87113 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 70.119 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 4221
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.010.0134336
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0020.0174330
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.4891.6385919
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg1.3571.55310025
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg3.8665509
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg32.82921.192151
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg14.28715631
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg16.8351516
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.080.2637
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0160.024454
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.010.02894
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it8.1786.4222048
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other8.1596.4172047
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it11.5869.6842553
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other11.5949.6892554
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it10.4378.1592288
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other10.4358.1632289
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other15.93711.8073367
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined23.65818641
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other23.65818642
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork1.267 6496 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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