PDB-8je9: Crystal structure of CGL1 from Crassostrea gigas, mannobiose-boun...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8je9

タイトル

Crystal structure of CGL1 from Crassostrea gigas, mannobiose-bound form (CGL1/Man(alpha)1-2Man)

要素

Natterin-3

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / complex structure

機能・相同性

DM9 repeat / DM9 repeat / Repeats found in Drosophila proteins. / metal ion binding / ACETIC ACID / CACODYLATE ION / alpha-D-mannopyranose / Natterin-3

機能・相同性情報

生物種

Crassostrea gigas (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1 Å

データ登録者

Unno, H. / Hatakeyama, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2023
タイトル: Mannose oligosaccharide recognition of CGL1, a mannose-specific lectin containing DM9 motifs from Crassostrea gigas, revealed by X-ray crystallographic analysis.
著者: Hatakeyama, T. / Masuda, K. / Kudo, M. / Tanaka, K. / Takeuchi, A. / Unno, H.

履歴

登録	2023年5月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年10月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8je9.cif.gz	283.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8je9.ent.gz	215.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8je9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8je9_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8je9_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	8je9_validation.xml.gz	32.1 KB	表示
CIF形式データ	8je9_validation.cif.gz	48.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/8je9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/8je9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8jeaC 8jebC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#4 - 2000年4月
コラーゲン (Collagen)
類似性 (1)
#133 - 2011年1月
一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (1)
#203 - 2016年11月
アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy)
類似性 (1)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (1)
#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (1)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (1)
#74 - 2006年2月
α-アミラーゼ (alpha-Amylase)
類似性 (1)
#83 - 2006年11月
フィブリン (Fibrin)
類似性 (1)
#116 - 2009年8月
硫酸転移酵素 (Sulfotransferases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Natterin-3

B: Natterin-3

C: Natterin-3

D: Natterin-3

ヘテロ分子

63.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Natterin-3

D: Natterin-3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
31.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Natterin-3

C: Natterin-3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.749, 58.701, 108.405
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.701, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Natterin-3 分子量: 15578.734 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Crassostrea gigas (無脊椎動物) / 参照: UniProt: K1QRB6

-
糖 , 2種, 3分子

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

#4: 糖

ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 3種, 806分子

#3: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#5: 化合物	ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆AsO₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 802 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.2 M magnesium acetate, 0.1 M sodium cacodylate (pH 6.5), 20% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1→39.8 Å / Num. obs: 229413 / % possible obs: 85.9 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 18.6
反射シェル	解像度: 1→1.02 Å / Num. unique obs: 4020 / CC_1/2: 0.872

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1→39.778 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.971 / WR_factor R_free: 0.206 / WR_factor R_work: 0.192 / Average fsc free: 0.9723 / Average fsc work: 0.976 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.031 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1869	11557	5.038 %
R_work	0.1744	217829	-
all	0.175	-	-
obs	-	229386	85.767 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.872 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.001 Å²	-0 Å²	0.013 Å²
2-	-	0.007 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.008 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1→39.778 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4360	0	75	802	5237

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	4602
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	4183
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.768	1.651	6255
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.017	1.567	9758
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.312	5	582
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.519	5	16
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.517	10	721
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	18.984	10	192
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	695
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	5181
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.016	0.02	903
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	649
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.209	0.2	3764
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	2280
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.106	0.2	2362
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	416
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.363	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.284	0.2	168
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.118	0.2	168
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.095	1.053	2293
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.095	1.053	2293
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.466	1.59	2849
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.466	1.59	2850
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.231	1.269	2309
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.233	1.269	2310
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.615	1.823	3395
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.615	1.823	3396
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.767	35.857	5299
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.767	35.856	5299
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	14.956	3	8785

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1-1.026	0.277	368	0.279	6310	0.279	19766	0.943	0.946	33.7853	0.25
1.026-1.054	0.275	490	0.256	9552	0.257	19137	0.945	0.957	52.4743	0.228
1.054-1.085	0.235	688	0.235	13774	0.235	18682	0.964	0.965	77.4114	0.211
1.085-1.118	0.226	741	0.215	15636	0.216	18124	0.966	0.97	90.3608	0.194
1.118-1.155	0.208	823	0.204	15263	0.204	17607	0.973	0.973	91.3614	0.188
1.155-1.196	0.218	780	0.199	14889	0.2	17022	0.97	0.975	92.0515	0.186
1.196-1.241	0.217	756	0.197	14496	0.198	16480	0.97	0.975	92.5485	0.184
1.241-1.291	0.211	748	0.198	13954	0.199	15770	0.973	0.975	93.2276	0.188
1.291-1.349	0.214	681	0.194	13530	0.195	15143	0.971	0.976	93.8453	0.187
1.349-1.414	0.205	702	0.184	13059	0.185	14567	0.973	0.978	94.4669	0.181
1.414-1.491	0.2	706	0.174	12345	0.175	13753	0.975	0.981	94.8957	0.174
1.491-1.581	0.181	611	0.167	11944	0.168	13122	0.981	0.983	95.679	0.174
1.581-1.69	0.176	636	0.163	11148	0.164	12262	0.981	0.984	96.1018	0.175
1.69-1.825	0.176	589	0.157	10507	0.158	11469	0.981	0.985	96.7478	0.177
1.825-1.999	0.174	557	0.162	9696	0.163	10551	0.982	0.984	97.1756	0.189
1.999-2.234	0.196	481	0.161	8853	0.163	9552	0.978	0.984	97.7178	0.197
2.234-2.578	0.174	403	0.165	7896	0.165	8446	0.982	0.984	98.2595	0.208
2.578-3.155	0.177	346	0.167	6728	0.168	7162	0.982	0.983	98.7713	0.22
3.155-4.447	0.152	302	0.15	5253	0.151	5606	0.987	0.987	99.0903	0.205
4.447-39.778	0.173	149	0.177	2996	0.177	3164	0.976	0.984	99.3995	0.254

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