[日本語] English
万見
- PDB-8jdh: Crystal structure of anti-CRISPR AcrIF25 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jdh
タイトルCrystal structure of anti-CRISPR AcrIF25
要素AcrIF25
キーワードDNA BINDING PROTEIN / inhibitor
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Alcanivorax sp. KX64203 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Yang, J. / Wang, J. / Wang, Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91940302 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31725008 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: An anti-CRISPR that pulls apart a CRISPR-Cas complex.
著者: Trost, C.N. / Yang, J. / Garcia, B. / Hidalgo-Reyes, Y. / Fung, B.C.M. / Wang, J. / Lu, W.T. / Maxwell, K.L. / Wang, Y. / Davidson, A.R.
履歴
登録2023年5月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年8月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年9月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42024年9月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: AcrIF25
B: AcrIF25


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7842
ポリマ－36,7842
非ポリマー00
水5,008278
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3630 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area14380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.953, 52.289, 85.121
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.910, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(CHAIN A AND ((RESID 9 THROUGH 11 AND (NAME N...
21(CHAIN B AND (RESID 9 THROUGH 14 OR RESID 16...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPASPASP(CHAIN A AND ((RESID 9 THROUGH 11 AND (NAME N...AA99
12ASPASPGLYGLY(CHAIN A AND ((RESID 9 THROUGH 11 AND (NAME N...AA9 - 1589 - 158
13ASPASPGLYGLY(CHAIN A AND ((RESID 9 THROUGH 11 AND (NAME N...AA9 - 1589 - 158
14ASPASPGLYGLY(CHAIN A AND ((RESID 9 THROUGH 11 AND (NAME N...AA9 - 1589 - 158
15ASPASPGLYGLY(CHAIN A AND ((RESID 9 THROUGH 11 AND (NAME N...AA9 - 1589 - 158
21ASPASPASPASP(CHAIN B AND (RESID 9 THROUGH 14 OR RESID 16...BB99
22VALVALVALVAL(CHAIN B AND (RESID 9 THROUGH 14 OR RESID 16...BB1616
23VALVALVALVAL(CHAIN B AND (RESID 9 THROUGH 14 OR RESID 16...BB2020
24ASPASPALAALA(CHAIN B AND (RESID 9 THROUGH 14 OR RESID 16...BB9 - 1609 - 160
25LEULEULEULEU(CHAIN B AND (RESID 9 THROUGH 14 OR RESID 16...BB1111
26VALVALVALVAL(CHAIN B AND (RESID 9 THROUGH 14 OR RESID 16...BB134134
27ALAALAALAALA(CHAIN B AND (RESID 9 THROUGH 14 OR RESID 16...BB136136
28MSEMSEMSEMSE(CHAIN B AND (RESID 9 THROUGH 14 OR RESID 16...BB139139
29GLNGLNGLNGLN(CHAIN B AND (RESID 9 THROUGH 14 OR RESID 16...BB155155
210ASPASPALAALA(CHAIN B AND (RESID 9 THROUGH 14 OR RESID 16...BB9 - 1609 - 160
211ASPASPALAALA(CHAIN B AND (RESID 9 THROUGH 14 OR RESID 16...BB9 - 1609 - 160
212ASPASPALAALA(CHAIN B AND (RESID 9 THROUGH 14 OR RESID 16...BB9 - 1609 - 160

-
要素

#1: タンパク質 AcrIF25


分子量: 18392.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alcanivorax sp. KX64203 (バクテリア)
遺伝子: A3Q32_18550 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A154C2D0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.31 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M SODIUM ACETATE, PH 5.0, 11 % MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→50 Å / Num. obs: 35124 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 27.3
反射 シェル解像度: 1.77→1.8 Å / Num. unique obs: 1605 / CC1/2: 0.937

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DENZOデータ削減
HKL-3000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.77→44.19 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.192 1713 5.08 %
Rwork0.168 31989 -
obs0.169 33702 94.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 74.79 Å2 / Biso mean: 26.23 Å2 / Biso min: 7.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.77→44.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2225 0 0 278 2503
Biso mean---35.69 -
残基数----295
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A746X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
12B746X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.77-1.82190.2361130.22051933204669
1.8219-1.88070.23031020.19352259236180
1.8807-1.94790.24431240.19442571269591
1.9479-2.02590.21181370.19022772290998
2.0259-2.11810.18331470.17272768291599
2.1181-2.22970.2491580.173927712929100
2.2297-2.36940.20371430.167728242967100
2.3694-2.55230.19641690.16782772294199
2.5523-2.80920.19821600.166328232983100
2.8092-3.21560.18771680.17272767293599
3.2156-4.05080.1621430.148128422985100
4.0508-44.190.17091490.16282887303699
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 33.0499 Å / Origin y: 29.5417 Å / Origin z: 14.7799 Å
111213212223313233
T0.1051 Å2-0.0008 Å2-0.0051 Å2-0.1067 Å2-0.0093 Å2--0.0748 Å2
L1.1371 °20.1281 °2-0.1759 °2-0.2249 °2-0.1247 °2--0.2114 °2
S0.0111 Å °-0.1881 Å °0.0195 Å °0.0355 Å °0.0025 Å °-0.0103 Å °-0.0103 Å °-0.0019 Å °0.0019 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLA9 - 158
2X-RAY DIFFRACTION1ALLA201 - 345
3X-RAY DIFFRACTION1ALLB9 - 160
4X-RAY DIFFRACTION1ALLB201 - 334

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る