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- PDB-8jdi: Crystal structure of Cas7-AcrIF25 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jdi
タイトルCrystal structure of Cas7-AcrIF25 complex
要素
  • AcrIF25
  • CRISPR-associated protein Csy3
キーワードDNA BINDING PROTEIN/INHIBITOR / DNA BINDING PROTEIN-inhibitor complex
機能・相同性CRISPR-associated protein Csy3 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy3) / defense response to virus / : / CRISPR-associated protein Csy3
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌)
Alcanivorax sp. KX64203 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.372 Å
データ登録者Yang, J. / Wang, J. / Wang, Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91940302 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31725008 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: An anti-CRISPR that pulls apart a CRISPR-Cas complex.
著者: Trost, C.N. / Yang, J. / Garcia, B. / Hidalgo-Reyes, Y. / Fung, B.C.M. / Wang, J. / Lu, W.T. / Maxwell, K.L. / Wang, Y. / Davidson, A.R.
履歴
登録2023年5月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年8月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年9月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42024年9月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated protein Csy3
E: AcrIF25
C: CRISPR-associated protein Csy3
G: AcrIF25
B: CRISPR-associated protein Csy3
F: AcrIF25
D: CRISPR-associated protein Csy3
H: AcrIF25


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,1358
ポリマ－223,1358
非ポリマー00
水00
1
A: CRISPR-associated protein Csy3
E: AcrIF25
B: CRISPR-associated protein Csy3
F: AcrIF25


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,5674
ポリマ－111,5674
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9090 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area39510 Å2
手法PISA
2
C: CRISPR-associated protein Csy3
G: AcrIF25
D: CRISPR-associated protein Csy3
H: AcrIF25


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,5674
ポリマ－111,5674
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9680 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area40260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.666, 119.008, 215.991
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 13 through 14 and (name N...
21(chain B and (resid 13 through 31 or (resid 32...
31(chain C and ((resid 13 through 14 and (name N...
41(chain D and ((resid 13 through 14 and (name N...
12(chain E and (resid 10 through 14 or (resid 15...
22(chain F and (resid 10 through 14 or (resid 15...
32(chain G and (resid 10 through 14 or (resid 15...
42(chain H and (resid 10 through 20 or (resid 21...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ALAALAPHEPHE(chain A and ((resid 13 through 14 and (name N...AA13 - 1413 - 14
121ILEILELYSLYS(chain A and ((resid 13 through 14 and (name N...AA5 - 3425 - 342
131ILEILELYSLYS(chain A and ((resid 13 through 14 and (name N...AA5 - 3425 - 342
141ILEILELYSLYS(chain A and ((resid 13 through 14 and (name N...AA5 - 3425 - 342
151ILEILELYSLYS(chain A and ((resid 13 through 14 and (name N...AA5 - 3425 - 342
211ALAALAALAALA(chain B and (resid 13 through 31 or (resid 32...BE13 - 3113 - 31
221GLNGLNGLNGLN(chain B and (resid 13 through 31 or (resid 32...BE3232
231ALAALAGLYGLY(chain B and (resid 13 through 31 or (resid 32...BE13 - 33313 - 333
241ALAALAGLYGLY(chain B and (resid 13 through 31 or (resid 32...BE13 - 33313 - 333
251ALAALAGLYGLY(chain B and (resid 13 through 31 or (resid 32...BE13 - 33313 - 333
261ALAALAGLYGLY(chain B and (resid 13 through 31 or (resid 32...BE13 - 33313 - 333
311ALAALAPHEPHE(chain C and ((resid 13 through 14 and (name N...CC13 - 1413 - 14
321ILEILELYSLYS(chain C and ((resid 13 through 14 and (name N...CC5 - 3425 - 342
331ILEILELYSLYS(chain C and ((resid 13 through 14 and (name N...CC5 - 3425 - 342
341ILEILELYSLYS(chain C and ((resid 13 through 14 and (name N...CC5 - 3425 - 342
411ALAALAPHEPHE(chain D and ((resid 13 through 14 and (name N...DG13 - 1413 - 14
421SERSERPHEPHE(chain D and ((resid 13 through 14 and (name N...DG10 - 33610 - 336
431SERSERPHEPHE(chain D and ((resid 13 through 14 and (name N...DG10 - 33610 - 336
441SERSERPHEPHE(chain D and ((resid 13 through 14 and (name N...DG10 - 33610 - 336
451SERSERPHEPHE(chain D and ((resid 13 through 14 and (name N...DG10 - 33610 - 336
112ALAALALEULEU(chain E and (resid 10 through 14 or (resid 15...EB10 - 1410 - 14
122ARGARGARGARG(chain E and (resid 10 through 14 or (resid 15...EB1515
132ASPASPGLYGLY(chain E and (resid 10 through 14 or (resid 15...EB9 - 1589 - 158
142ASPASPGLYGLY(chain E and (resid 10 through 14 or (resid 15...EB9 - 1589 - 158
152ASPASPGLYGLY(chain E and (resid 10 through 14 or (resid 15...EB9 - 1589 - 158
162ASPASPGLYGLY(chain E and (resid 10 through 14 or (resid 15...EB9 - 1589 - 158
212ALAALALEULEU(chain F and (resid 10 through 14 or (resid 15...FF10 - 1410 - 14
222ARGARGARGARG(chain F and (resid 10 through 14 or (resid 15...FF1515
232LYSLYSGLYGLY(chain F and (resid 10 through 14 or (resid 15...FF7 - 1587 - 158
242LYSLYSGLYGLY(chain F and (resid 10 through 14 or (resid 15...FF7 - 1587 - 158
252LYSLYSGLYGLY(chain F and (resid 10 through 14 or (resid 15...FF7 - 1587 - 158
262LYSLYSGLYGLY(chain F and (resid 10 through 14 or (resid 15...FF7 - 1587 - 158
312ALAALALEULEU(chain G and (resid 10 through 14 or (resid 15...GD10 - 1410 - 14
322ARGARGARGARG(chain G and (resid 10 through 14 or (resid 15...GD1515
332PROPROGLYGLY(chain G and (resid 10 through 14 or (resid 15...GD8 - 1598 - 159
342PROPROGLYGLY(chain G and (resid 10 through 14 or (resid 15...GD8 - 1598 - 159
352PROPROGLYGLY(chain G and (resid 10 through 14 or (resid 15...GD8 - 1598 - 159
362PROPROGLYGLY(chain G and (resid 10 through 14 or (resid 15...GD8 - 1598 - 159
412ALAALAVALVAL(chain H and (resid 10 through 20 or (resid 21...HH10 - 2010 - 20
422LYSLYSLYSLYS(chain H and (resid 10 through 20 or (resid 21...HH2121
432PROPROGLYGLY(chain H and (resid 10 through 20 or (resid 21...HH8 - 1588 - 158
442PROPROGLYGLY(chain H and (resid 10 through 20 or (resid 21...HH8 - 1588 - 158
452PROPROGLYGLY(chain H and (resid 10 through 20 or (resid 21...HH8 - 1588 - 158
462PROPROGLYGLY(chain H and (resid 10 through 20 or (resid 21...HH8 - 1588 - 158

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
CRISPR-associated protein Csy3


分子量: 37579.273 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌)
株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: csy3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q02MM1
#2: タンパク質
AcrIF25


分子量: 18204.455 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alcanivorax sp. KX64203 (バクテリア)
遺伝子: A3Q32_18550 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A154C2D0

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.7 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-tris propane, pH 6.5, 21 % PEG3350, 0.2 M Lithium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.37→50 Å / Num. obs: 40193 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.981 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 3.4→3.48 Å / Num. unique obs: 2587 / CC1/2: 0.372

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6B45, 7WXV

6b45

7wxv
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.372→49.426 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 22.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2469 1752 4.88 %
Rwork0.2179 34174 -
obs0.2193 35926 89.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 129.44 Å2 / Biso mean: 53.924 Å2 / Biso min: 13.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.372→49.426 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13481 0 0 0 13481
残基数----1808
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4732X-RAY DIFFRACTION18.411TORSIONAL
12B4732X-RAY DIFFRACTION18.411TORSIONAL
13C4732X-RAY DIFFRACTION18.411TORSIONAL
14D4732X-RAY DIFFRACTION18.411TORSIONAL
21E2530X-RAY DIFFRACTION18.411TORSIONAL
22F2530X-RAY DIFFRACTION18.411TORSIONAL
23G2530X-RAY DIFFRACTION18.411TORSIONAL
24H2530X-RAY DIFFRACTION18.411TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.372-3.46290.3042530.386730
3.4629-3.56470.3169860.279166957
3.5647-3.67970.2661090.26238482
3.6797-3.81120.30121470.262274595
3.8112-3.96370.26421470.2422287398
3.9637-4.14410.27321460.22892907100
4.1441-4.36240.25831280.21442929100
4.3624-4.63560.21271710.18992896100
4.6356-4.99320.23471530.19142925100
4.9932-5.4950.20471490.22957100
5.495-6.28880.27871450.21652963100
6.2888-7.9180.23851520.20723003100
7.918-49.40.20991660.1828305698

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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