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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jdf | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of H405A mLDHD in complex with D-lactate | |||||||||
![]() | Probable D-lactate dehydrogenase, mitochondrial | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / D-lactate dehydrogenase / LDHD / 2-hydroxyacid | |||||||||
機能・相同性 | ![]() D-lactate dehydrogenase (cytochrome) / D-lactate dehydrogenase (cytochrome) activity / lactate catabolic process / Mitochondrial protein import / D-lactate dehydrogenase activity / ATP biosynthetic process / Mitochondrial protein degradation / FAD binding / flavin adenine dinucleotide binding / mitochondrial inner membrane / mitochondrion 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Jin, S. / Chen, X. / Yang, J. / Ding, J. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Lactate dehydrogenase D is a general dehydrogenase for D-2-hydroxyacids and is associated with D-lactic acidosis. 著者: Jin, S. / Chen, X. / Yang, J. / Ding, J. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 110.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 80.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1020.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8jdbC ![]() 8jdcC ![]() 8jddC ![]() 8jdeC ![]() 8jdgC ![]() 8jdnC ![]() 8jdoC ![]() 8jdpC ![]() 8jdqC ![]() 8jdrC ![]() 8jdsC ![]() 8jdtC ![]() 8jduC ![]() 8jdvC ![]() 8jdxC ![]() 8jdyC ![]() 8jdzC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50385.789 Da / 分子数: 1 / 変異: H405A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q7TNG8, D-lactate dehydrogenase (cytochrome) |
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#2: 化合物 | ChemComp-FAD / |
#3: 化合物 | ChemComp-LAC / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.7 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 4.0 M sodium formate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.69→63.83 Å / Num. obs: 56971 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 12.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.102 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 22.5 / Num. measured all: 716901 |
反射 シェル | 解像度: 1.69→1.73 Å / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.918 / Num. measured all: 38882 / Num. unique obs: 4065 / CC1/2: 0.84 / Rpim(I) all: 0.307 / Rrim(I) all: 0.97 / Χ2: 0.84 / Net I/σ(I) obs: 5.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.69→37.94 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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