PDB-8jcq: Crystal structure of Procerain from Calotropis gigantea

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jcq

タイトル

Crystal structure of Procerain from Calotropis gigantea

要素

Procerain

キーワード

HYDROLASE / plant protease / cystein peptidase / latex / Calotropis gigantea

機能・相同性

BETA-MERCAPTOETHANOL / Chem-E64

機能・相同性情報

生物種

Calotropis gigantea (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Kumar, A. / Jamdar, S.N. / Srivastava, G. / Makde, R.D.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Procerain from Calotropis gigantea
著者: Kumar, A. / Jamdar, S.N. / Srivastava, G. / Makde, R.D.

履歴

登録	2023年5月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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XML形式データ	8jcq_validation.xml.gz	13.5 KB	表示
CIF形式データ	8jcq_validation.cif.gz	20.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/8jcq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/8jcq	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Procerain

ヘテロ分子

23.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, monomer

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.616, 121.272, 61.006
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Procerain 分子量: 23310.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: isolated from plant latex / 由来: (天然) Calotropis gigantea (植物) / Variant: Local / 株: Mumbai / 組織: leaf latex
#2: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#3: 化合物	ChemComp-E64 / N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE 分子量: 360.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₃₀N₅O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.64 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 9 詳細: 0.1 M TBG (Tartrate, Bis-Tris, Glycylglycin) buffer pH 6.0 25% PEG 1500

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97893 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年7月19日 / 詳細: Mirror
放射	モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97893 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→43.01 Å / Num. obs: 68894 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 12.1 % / B_iso Wilson estimate: 14.26 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.069 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 19.9
反射シェル	解像度: 1.25→1.27 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.464 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2626 / CC_1/2: 0.826 / R_pim(I) all: 0.257 / R_rim(I) all: 0.535 / % possible all: 76.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21_5207	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定
RESOLVE		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.25→43.01 Å / SU ML: 0.1024 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.8939
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1824	3387	4.92 %
R_work	0.1639	65507	-
obs	0.1648	68894	98.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→43.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1637	0	22	275	1934

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0137	1764
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2915	2396
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1069	251
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0115	316
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.0902	661

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.25-1.27	0.2376	100	0.264	2091	X-RAY DIFFRACTION	74.96
1.27-1.29	0.2505	123	0.2256	2423	X-RAY DIFFRACTION	87.94
1.29-1.31	0.2131	127	0.2151	2549	X-RAY DIFFRACTION	93.8
1.31-1.33	0.193	142	0.202	2683	X-RAY DIFFRACTION	97.68
1.33-1.35	0.2246	153	0.1923	2740	X-RAY DIFFRACTION	99.62
1.35-1.38	0.1999	152	0.1812	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
1.38-1.4	0.1962	144	0.1877	2743	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.4-1.43	0.2139	152	0.1875	2765	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.43-1.46	0.208	140	0.1955	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
1.46-1.5	0.1977	115	0.1846	2794	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.5-1.54	0.2081	128	0.1658	2779	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.54-1.58	0.1803	141	0.1611	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
1.58-1.62	0.1858	173	0.1594	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
1.62-1.68	0.1834	123	0.1542	2785	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.74	0.177	171	0.1606	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.81	0.1966	119	0.1663	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.89	0.1751	170	0.1622	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.99	0.1684	153	0.1596	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.11	0.1723	129	0.1493	2805	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.27	0.1704	142	0.1569	2809	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.5	0.181	162	0.1625	2792	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.87	0.1843	157	0.1671	2817	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-3.61	0.1612	146	0.1606	2838	X-RAY DIFFRACTION	100
3.61-43.01	0.1896	125	0.1526	3000	X-RAY DIFFRACTION	99.87

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0106990536	0.918495123999	-0.304064775142	2.08865261234	0.232465215429	1.58833185135	-0.00804474704792	-0.037971877497	-0.377941213656	-0.0721473685027	-0.0297804045842	-0.0996747644244	-0.00479036200915	0.0247247291862	0.0522227406653	0.0982585619632	0.0028258519258	0.00893418824293	0.0707675758513	0.0161805844837	0.114243552117	17.9666583301	18.1405273121	-2.21278812735
2	5.04345892208	2.25008514419	0.503298028264	1.99396503913	0.833607207409	1.74876312947	-0.113282748423	0.143088035177	-0.105226685585	-0.207812558338	0.107386471628	-0.121673654826	-0.23413499195	0.0458600185739	0.0317220532078	0.116746448829	-0.00413093417052	0.000857343185324	0.0850235110664	0.0119622794008	0.0842239966636	25.4027470378	26.6085208736	-5.4400719409
3	2.58422584098	1.17225379534	0.524550554381	0.95498965208	0.0355481329724	2.61592288482	0.40680908167	-0.7124546956	0.319982060742	0.284172170254	-0.332409190462	0.0276937205894	-0.303715799527	0.521122775668	0.0248717909984	0.156160668299	-0.0684492183432	-0.000436377244533	0.28051433723	-0.0203868532382	0.0793530817002	25.1921767314	31.6829101975	6.44972667652
4	5.73796431441	0.351582510803	0.969702990807	3.76967043548	-1.06357447961	2.23550703822	-0.0343538413569	0.0123600964936	-0.392069944607	-0.0915229699538	-0.043013571555	-0.294951490409	-0.00557848264905	0.219895726963	0.0598365349367	0.106765340764	-0.0219586440064	0.0211765040537	0.132496272106	0.00393509937021	0.137581416991	34.3339364001	28.1594601033	-3.41536658085
5	7.74559190056	2.30433413328	-4.83751756182	1.80799787284	-2.17513491533	5.45435389772	0.066248055136	0.0855738193114	0.312434673511	0.0119887486661	0.129392186804	0.127938799855	-0.0429906596585	0.00130921009515	-0.16272689573	0.129060550888	0.0038142214079	-0.0231873946028	0.0996404234388	-0.00702065201665	0.0978104005674	18.2634436716	33.0939990748	-3.39534633922
6	2.51591357151	-0.493440551926	0.666205840219	1.19695016226	-0.249083050242	1.43974753323	0.0434860960007	-0.36864449502	-0.322350321713	0.254014713723	0.0142078831172	0.03903530401	-0.0210904177615	-0.0972375735163	-0.0652567267757	0.135838313888	-0.00715899860415	-0.00223839553357	0.125741914777	0.0503201521584	0.118376579529	11.6187440485	17.1756391335	9.02446619814
7	1.29290867773	0.523522333007	0.970739182288	1.87240728081	1.02816739487	4.3400074225	0.0827561971329	-0.492698307783	-0.522813914733	0.399647320897	-0.0789128154051	-0.100447531195	0.162266556667	0.144809739504	-0.0352998595196	0.207153057694	-0.00861487059549	-0.0588703331936	0.218818988492	0.136728637025	0.328806503613	20.0446923654	7.0620127267	13.175814831
8	1.32218244881	0.757258713308	0.0019007722363	3.0311423972	0.221930063558	0.548434736589	-0.00730730191157	-0.0689551677725	-0.344588813731	0.0211615670025	-0.0604049629893	-0.13252663546	0.0667645297247	0.0299212710718	0.0708367591228	0.112596498647	0.00526554037599	0.00437540849734	0.0893185025848	0.0375765108917	0.191943166955	16.4462971631	9.02524381293	2.77921421106
9	2.33460315182	-0.493085247356	-0.238236092146	2.1473632344	0.738114997966	1.56962219955	-0.0774577338259	-0.3631415101	-0.424361615716	0.282911552188	-0.00304289381099	0.0795800927197	0.155567273174	-0.0591694977982	0.0792067986057	0.1584968265	-0.0057721079143	0.000844237439274	0.149553815094	0.0848305712579	0.205795382298	10.6293800657	9.07181375198	9.91060862333
10	2.87350681965	0.783190595519	-1.2475405238	5.83149410176	-1.6489979514	1.49213534953	0.107085292507	-0.00921835914464	0.0454278030531	-0.0916683256852	0.155727811625	0.281675852528	0.0411266227929	-0.148391239293	-0.271345552379	0.104105011318	-0.00312887916554	-0.00352472764095	0.122115133392	-0.00687127013166	0.0899057104893	12.3991886502	24.1838312576	5.26628279909

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 124 through 165 )	124 - 165	1 - 42
2	2	chain 'A' and (resid 166 through 181 )	166 - 181	43 - 58
3	3	chain 'A' and (resid 182 through 203 )	182 - 203	59 - 80
4	4	chain 'A' and (resid 204 through 223 )	204 - 223	81 - 100
5	5	chain 'A' and (resid 224 through 234 )	224 - 234	101 - 111
6	6	chain 'A' and (resid 235 through 263 )	235 - 263	112 - 140
7	7	chain 'A' and (resid 264 through 279 )	264 - 279	141 - 156
8	8	chain 'A' and (resid 280 through 310 )	280 - 310	157 - 187
9	9	chain 'A' and (resid 311 through 323 )	311 - 323	188 - 200
10	10	chain 'A' and (resid 324 through 337 )	324 - 337	201 - 214

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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