[日本語] English
万見
- PDB-8jcr: Crystal structure of Calotropain FI from Calotropis gigantea (pH 6.0) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jcr
タイトルCrystal structure of Calotropain FI from Calotropis gigantea (pH 6.0)
要素Procerain, Calotropain FI
キーワードHYDROLASE / plant protease / cystein peptidase / latex / Calotropis gigantea / endopeptidase
機能・相同性Chem-E64
機能・相同性情報
生物種Calotropis gigantea (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Kumar, A. / Jamdar, S.N. / Srivastava, G. / Makde, R.D.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Other government インド
引用ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2025
タイトル: Crystal Structure of Papain-Like Cysteine Protease, Calotropain FI, Purified from the Latex of Calotropis gigantea.
著者: Jamdar, S.N. / Kumar, A. / Srivastava, G. / Makde, R.D.
履歴
登録2023年5月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年11月20日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_contact_author / pdbx_database_related / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / struct / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_keywords
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.title / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_database_related.details / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_refine_tls.L[1][1] / _pdbx_refine_tls.L[1][2] / _pdbx_refine_tls.L[1][3] / _pdbx_refine_tls.L[2][2] / _pdbx_refine_tls.L[2][3] / _pdbx_refine_tls.L[3][3] / _pdbx_refine_tls.S[1][1] / _pdbx_refine_tls.S[1][2] / _pdbx_refine_tls.S[1][3] / _pdbx_refine_tls.S[2][1] / _pdbx_refine_tls.S[2][2] / _pdbx_refine_tls.S[2][3] / _pdbx_refine_tls.S[3][1] / _pdbx_refine_tls.S[3][2] / _pdbx_refine_tls.S[3][3] / _pdbx_refine_tls.T[1][1] / _pdbx_refine_tls.T[1][2] / _pdbx_refine_tls.T[1][3] / _pdbx_refine_tls.T[2][2] / _pdbx_refine_tls.T[2][3] / _pdbx_refine_tls.T[3][3] / _pdbx_refine_tls.origin_x / _pdbx_refine_tls.origin_y / _pdbx_refine_tls.origin_z / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _software.version / _struct.title / _struct_keywords.text
解説: Sequence discrepancy
詳細: The polypeptide sequence is updated in the revised coordinates
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12025年3月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Procerain, Calotropain FI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8833
ポリマ－23,4311
非ポリマー4532
水3,477193
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.675, 120.980, 61.024
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Procerain, Calotropain FI


分子量: 23430.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: natural isolated / 由来: (天然) Calotropis gigantea (植物) / Plasmid details: Leaf latex / Variant: local / 株: Mumbai / 組織: Leaf
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-E64 / N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE


分子量: 360.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H30N5O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 6
詳細: 0.1 M MMT (L-Malic acid, MES, Tris) buffer pH 6.0, 25% PEG 1500
Temp details: constant 293

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97893 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年7月20日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97893 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→42.96 Å / Num. obs: 50390 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 15.74 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 1.19 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2472 / CC1/2: 0.764 / Rpim(I) all: 0.385 / Rrim(I) all: 1.251 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→34.77 Å / SU ML: 0.1442 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.0755
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1753 2468 4.9 %
Rwork0.1576 47888 -
obs0.1584 50356 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→34.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1639 0 35 193 1867
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01661767
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.39472396
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.118252
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0113312
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8938655
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.430.28221520.29342611X-RAY DIFFRACTION99.89
1.43-1.460.28291340.2562634X-RAY DIFFRACTION100
1.46-1.490.25961140.21742649X-RAY DIFFRACTION99.96
1.49-1.520.2251130.18312656X-RAY DIFFRACTION100
1.52-1.560.17581370.16322623X-RAY DIFFRACTION99.96
1.56-1.60.16241430.15662617X-RAY DIFFRACTION100
1.6-1.650.16661470.15252643X-RAY DIFFRACTION99.96
1.65-1.70.18541370.15282633X-RAY DIFFRACTION100
1.7-1.760.19011390.16282621X-RAY DIFFRACTION99.96
1.76-1.830.16621330.14932669X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.920.16131680.15132615X-RAY DIFFRACTION100
1.92-2.020.16581330.13782646X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.150.15731190.13552688X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.310.14381300.14642682X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.540.16671630.1492656X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.910.17981530.15632676X-RAY DIFFRACTION100
2.91-3.670.16241340.14892712X-RAY DIFFRACTION100
3.67-34.770.18581190.16472857X-RAY DIFFRACTION99.87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.457432191171.544771453210.4323308612883.78139457415-1.823237385596.144834737-0.1765367484270.1474668949430.0171954130353-0.1723680806440.09420110674770.545249467111-0.114821981642-0.485044781320.08593977251880.1530445931870.00169356672146-0.04188756418890.146860813361-0.0447944990560.2308602423516.0741226274413.6382163805-4.61069283775
24.338788284510.736237876714-0.1210413858424.103096610191.75599768954.609765671610.0275455460141-0.0867449617432-0.3511722835860.03050980221240.0512553890605-0.3371303002740.02208129072610.29320439084-0.0763772686120.0849350435495-0.003950160447160.01185722822240.07312270533170.0349980139330.1250777217727.643380196716.51888174-0.118736642413
33.09798166140.704355397677-0.2818287132431.30128294795-0.3047111199071.200186591990.0445283611695-0.05305906765190.1164334321710.00531583016602-0.0175383248525-0.00486599503262-0.1454220948360.0881207181144-0.0225417221980.123533693873-0.01223805161648.90083831613E-50.0994480129747-0.003006664507870.10234383307125.185281283628.4454629541-0.8759737673
43.15461667685-0.8016691827530.6560486811122.64263152384-0.9004169650172.575804269820.0550118348498-0.166750968788-0.1448885735690.2699045730540.01045542005880.169429660122-0.0327449989951-0.0407256915826-0.06279078051160.124785845568-0.01591601719030.01565950496470.0724747348202-0.002447550135910.10024957484511.284500460816.95468501648.81760381225
51.69412640548-0.400002907264-0.2286459571124.700055801610.8513362414324.451287173260.0445292840713-0.241863940099-0.321258903110.5642526873330.0663804301545-0.1829382817170.2885496017670.180328304628-0.1078239310130.1577375489910.0178358032731-0.03187081660250.1654923175530.0668887728920.17330390071619.59034314946.6469307586813.2140454974
63.057032044121.37733183770.1639803881462.933364050520.228389559750.866126436646-0.0126463079299-0.0139331597426-0.1950725826920.0371422953465-0.0389645962262-0.005459651241060.04686579297020.01074933455180.05312810621080.106729895740.00830570205933-0.0006867240666650.08140521989630.01223639069880.11645562860916.44303274149.077142025482.90007963998
72.39294035064-1.03313831802-1.285040958942.150284782721.873815064492.44127256788-0.0798905167874-0.193187358188-0.2401404175280.268302673091-0.02605364895270.1802343080590.08916547511740.02779767968960.1611288238730.157744699556-0.00353383203190.01253732259790.118033557570.04357704553110.17008552228110.16378707518.6182822081910.0607181494
82.13532540335-0.5809375701550.6817683869976.17586272438-4.198164907274.785848367690.0809891190853-0.00366243703161-0.0211824145888-0.0297856998399-0.00672373334990.1880658073630.0294457586367-0.00279202617011-0.09290483984710.119952794835-0.001129595897910.007798743779840.129339573734-0.01547821999970.14996214388412.32051293122.31426940946.8407234327
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 124 through 135 )124 - 1351 - 12
22chain 'A' and (resid 136 through 149 )136 - 14913 - 26
33chain 'A' and (resid 150 through 234 )150 - 23427 - 111
44chain 'A' and (resid 235 through 263 )235 - 263112 - 140
55chain 'A' and (resid 264 through 279 )264 - 279141 - 156
66chain 'A' and (resid 280 through 310 )280 - 310157 - 187
77chain 'A' and (resid 311 through 323 )311 - 323188 - 200
88chain 'A' and (resid 324 through 337 )324 - 337201 - 214

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る