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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8jcr | ||||||
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Title | Crystal structure of Procerain from Calotropis gigantea (pH 6.0) | ||||||
![]() | Procerain | ||||||
![]() | HYDROLASE / plant protease / cystein peptidase / latex / Calotropis gigantea | ||||||
Function / homology | BETA-MERCAPTOETHANOL / Chem-E64![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kumar, A. / Jamdar, S.N. / Srivastava, G. / Makde, R.D. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal structure of Procerain from Calotropis gigantea Authors: Kumar, A. / Jamdar, S.N. / Srivastava, G. / Makde, R.D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 122.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 77.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 690 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 690.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 12.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 17.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8jcqC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 23310.674 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Details: natural isolated from leaf latex / Source: (natural) ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-BME / |
#3: Chemical | ChemComp-GOL / |
#4: Chemical | ChemComp-E64 / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.77 Å3/Da / Density % sol: 55.58 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: batch mode / pH: 6 Details: 0.1 M MMT (L-Malic acid, MES, Tris) buffer pH 6.0, 25% PEG 1500 Temp details: constant 293 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 20, 2021 / Details: Mirrors |
Radiation | Monochromator: Si111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97893 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.4→42.96 Å / Num. obs: 50390 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 15.74 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 22.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.4→1.42 Å / Redundancy: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 1.19 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2472 / CC1/2: 0.764 / Rpim(I) all: 0.385 / Rrim(I) all: 1.251 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.08 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.4→34.77 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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