PDB-8jca: Cyrstal structure of SKIP RUN domain in complex with GTP-bound Ar...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jca

タイトル

Cyrstal structure of SKIP RUN domain in complex with GTP-bound Arl8b(Q75L)

要素

ADP-ribosylation factor-like protein 8B
Pleckstrin homology domain-containing family M member 2

キーワード

PROTEIN BINDING / SKIP / RUN / Arl8b / GTP-bound / GTPase / Arf

機能・相同性

機能・相同性情報

antigen processing and presentation of polysaccharide antigen via MHC class II / antigen processing and presentation following phagocytosis / viral exocytosis / calcium ion regulated lysosome exocytosis / endosome to lysosome transport of low-density lipoprotein particle / cytolytic granule membrane / phagosome-lysosome fusion / late endosome to lysosome transport / autophagosome-lysosome fusion / lysosome localization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Qiu, X.H. / Pan, L.F.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2023
タイトル: Mechanistic Insights into the Interactions of Arl8b with the RUN Domains of PLEKHM1 and SKIP.
著者: Qiu, X. / Li, Y. / Wang, Y. / Gong, X. / Wang, Y. / Pan, L.

履歴

登録	2023年5月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	8jca_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	8jca_validation.xml.gz	18 KB	表示
CIF形式データ	8jca_validation.cif.gz	26.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/8jca ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/8jca	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8jc5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (2) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ADP-ribosylation factor-like protein 8B

B: Pleckstrin homology domain-containing family M member 2

ヘテロ分子

39.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	178.687, 53.836, 40.512
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.13, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-225- HOH

#1: タンパク質	ADP-ribosylation factor-like protein 8B / ADP-ribosylation factor-like protein 10C / Novel small G protein indispensable for equal chromosome ...ADP-ribosylation factor-like protein 10C / Novel small G protein indispensable for equal chromosome segregation 1 分子量: 19400.438 Da / 分子数: 1 / 変異: Q75L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARL8B, ARL10C, GIE1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NVJ2, small monomeric GTPase
#2: タンパク質	Pleckstrin homology domain-containing family M member 2 / PH domain-containing family M member 2 / Salmonella-induced filaments A and kinesin-interacting ...PH domain-containing family M member 2 / Salmonella-induced filaments A and kinesin-interacting protein / SifA and kinesin-interacting protein 分子量: 19180.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLEKHM2, KIAA0842, SKIP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IWE5
#3: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.8 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 800mM Potassiam phosphate dibasic 1.2 M Sodium phosphate monobasic 0.1M CAPS/Sodium hydroxide 0.2M Lithium sulfate pH10.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.647→51.504 Å / Num. obs: 41074 / % possible obs: 89.1 % / 冗長度: 2.7 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 0.073
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / R_merge(I) obs: 0.775 / Num. unique obs: 41074 / CC_1/2: 0.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.17.1_3660: ???)	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHENIX	(1.17.1_3660: ???)	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→32.05 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.48 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.206	2010	4.89 %
R_work	0.1746	-	-
obs	0.1761	41074	88.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→32.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2665	0	33	296	2994

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2749
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.034	3725
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.329	372
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	420
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	468

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.69	0.2809	158	0.2603	3099	X-RAY DIFFRACTION	98
1.69-1.73	0.2588	169	0.2457	3043	X-RAY DIFFRACTION	99
1.73-1.79	0.2807	160	0.2311	3038	X-RAY DIFFRACTION	98
1.79-1.84	0.251	175	0.2251	3097	X-RAY DIFFRACTION	99
1.84-1.91	0.2322	76	0.223	1732	X-RAY DIFFRACTION	55
1.91-1.99	0.2506	96	0.2139	1903	X-RAY DIFFRACTION	60
1.99-2.08	0.2408	161	0.1916	3028	X-RAY DIFFRACTION	98
2.08-2.18	0.2425	152	0.1766	3119	X-RAY DIFFRACTION	99
2.18-2.32	0.2553	141	0.1831	3107	X-RAY DIFFRACTION	98
2.32-2.5	0.2153	173	0.1756	3120	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5-2.75	0.1693	66	0.172	1553	X-RAY DIFFRACTION	49
2.75-3.15	0.1847	172	0.1712	3100	X-RAY DIFFRACTION	98
3.15-3.97	0.1845	155	0.1451	3073	X-RAY DIFFRACTION	97
3.97-32.05	0.1728	156	0.1566	3052	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.2477	-3.686	-3.0768	7.0904	6.2277	7.4204	-0.14	-0.0496	-0.4271	0.1893	-0.2127	0.5616	0.3598	-0.5072	0.4059	0.1715	-0.0324	0.0405	0.2321	0.0409	0.2502	8.5584	2.2524	15.7746
2	3.5596	1.1999	-2.8671	1.9089	-1.2625	4.1598	0.07	-0.1771	0.2017	0.0439	-0.0532	0.2245	-0.0633	-0.1079	-0.0191	0.109	-0.0051	-0.0266	0.2146	-0.009	0.1878	8.7223	18.5626	17.8717
3	4.7666	2.496	2.383	7.8617	2.4312	8.7037	-0.5606	0.9145	0.7507	-0.6534	0.182	0.3903	-0.6026	-0.1015	0.274	0.2085	-0.0033	-0.0772	0.2811	0.0407	0.2397	9.9369	19.4918	3.4493
4	2.2269	0.4386	0.6864	3.2928	1.6261	5.7452	0.0017	-0.0297	-0.0767	-0.0092	0.0088	-0.0815	0.0053	0.1736	-0.0318	0.1169	-0.0202	0.0201	0.1539	0.042	0.1627	15.4074	12.7877	13.9262
5	3.9862	0.4805	3.9062	6.891	1.3371	3.9514	0.1448	-0.622	0.6243	0.232	-0.1388	-0.1977	-0.1166	-0.0242	0.1003	0.2887	-0.0113	0.0052	0.262	-0.0396	0.203	13.5203	21.9785	25.9067
6	7.3246	-5.7537	-0.2782	8.9492	1.7906	2.655	-0.383	-0.6779	-0.1018	0.6603	0.2578	-0.1654	0.0687	0.083	0.0792	0.2133	-0.0513	-0.0013	0.2951	0.0647	0.1849	15.2679	9.3845	27.0156
7	5.6329	-5.9146	4.6564	6.8746	-5.3291	4.2573	-0.3434	0.305	0.4162	-0.1532	0.0743	-0.2911	-0.004	-0.0074	0.1131	0.2648	-0.0377	-0.0265	0.2366	-0.0071	0.266	17.6628	5.1901	5.6588
8	7.8494	4.6006	-7.6849	8.8723	-3.0203	9.2866	-0.3879	1.3505	-0.1446	-0.2606	0.4233	0.0794	0.2767	-1.1644	-0.057	0.2209	-0.0656	-0.0412	0.3928	-0.0144	0.2471	-1.0658	8.5869	10.228
9	9.1955	-6.4136	-4.6368	5.4904	5.2244	7.1909	0.0943	-0.0313	0.4959	-0.3708	-0.0187	0.2049	-0.7059	-0.3412	0.059	0.2251	0.0128	0.0118	0.1762	0.0354	0.2967	27.3841	30.7315	11.8457
10	5.1832	-0.8464	-0.4976	5.0958	0.7278	4.423	0.0615	-0.4323	0.1476	0.5653	0.0117	-0.1362	0.0891	0.0024	-0.093	0.1417	-0.0142	-0.0103	0.1305	0.0026	0.0941	36.7059	21.433	22.4143
11	5.5415	-0.2243	0.3738	3.5519	4.9909	7.4191	-0.1157	-0.2631	0.4011	0.5069	0.0695	0.1875	-0.5359	0.0023	0.1255	0.2906	-0.0016	0.0393	0.2147	0.0001	0.1959	26.0095	27.0348	18.7654
12	4.1457	-2.2071	0.8297	4.8137	-0.5885	1.1163	-0.0059	0.077	0.0492	-0.0237	0.0525	0.1698	0.0698	0.0015	-0.0432	0.1192	-0.0202	0.0101	0.1148	0.005	0.0903	32.2704	21.7965	10.4967
13	3.6467	-1.9956	5.414	2.5638	-2.254	8.4574	0.0419	0.4951	0.133	-0.2129	-0.0313	-0.5661	0.367	0.5378	-0.0488	0.2374	0.0328	0.0225	0.2494	-0.0247	0.2092	45.0634	17.5823	5.1298
14	9.1211	1.583	5.1524	2.9475	1.4612	3.0612	-0.1675	0.5761	0.2159	-0.3996	0.049	0.0891	-0.0423	0.186	0.0525	0.1901	-0.0263	0.0252	0.1973	0.0276	0.0844	35.6082	25.8652	2.3243
15	4.7453	1.3441	-0.3836	3.3022	-0.7152	2.0981	-0.1638	0.4093	0.095	-0.095	0.024	-0.388	-0.1722	0.5353	0.1039	0.1887	-0.0074	0.0055	0.2428	0.021	0.272	52.3402	26.6517	12.8996
16	6.5442	-5.7888	5.3269	5.1323	-4.7139	4.3196	0.4622	1.1815	-0.4076	-0.2896	-0.529	0.1588	-0.2008	0.9529	-0.0858	0.3451	-0.0125	-0.0322	0.4112	-0.0504	0.2382	43.058	28.4657	-1.6686
17	2.8241	1.5474	0.5623	4.3242	-0.5329	8.3353	0.063	0.1242	-0.0191	0.0855	0.1076	-0.1637	-0.3293	0.2202	-0.0691	0.1361	-0.0072	-0.0017	0.1312	-0.0117	0.1921	44.3869	31.6444	17.0329
18	9.0458	-1.1756	5.5379	6.0531	-0.4024	3.4172	0.1137	0.1174	0.2173	-0.2755	-0.1814	0.4315	-0.1755	-0.0749	0.1242	0.2437	0.0011	-0.0257	0.1588	0.0046	0.2368	35.6618	37.4375	12.3951
19	8.2951	-4.5814	-5.3537	6.4152	4.3543	4.1343	-0.3877	-0.5753	-0.5651	0.6895	0.1195	0.3388	0.8689	0.1758	0.2866	0.2425	-0.0076	0.0234	0.2313	0.0925	0.2702	12.7296	-2.1779	22.454
20	5.9933	-3.4359	0.0836	2.3683	1.6528	7.4024	0.4616	0.5977	-0.5681	-0.6817	-0.3902	-0.0608	0.991	0.2591	-0.083	0.4029	0.0397	0.0691	0.2683	-0.0479	0.388	17.8621	-4.0862	1.6868

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 40 through 54 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 55 through 73 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 74 through 88 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 89 through 114 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 115 through 123 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 124 through 146 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 147 through 157 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 158 through 165 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 18 through 27 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 28 through 54 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 55 through 62 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 63 through 100 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 101 through 115 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 116 through 130 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 131 through 146 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 147 through 156 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 157 through 169 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'A' and (resid 170 through 181 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 1 through 27 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 28 through 39 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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