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Yorodumi- PDB-8jc5: Crystal structure of PLEKHM1 RUN domain in complex with GTP-bound... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8jc5 | ||||||
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Title | Crystal structure of PLEKHM1 RUN domain in complex with GTP-bound Arl8b(Q75L) | ||||||
Components |
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Keywords | PROTEIN BINDING / PLEKHM1 / RUN / Arl8b / GTP-bound / GTPase / Arf | ||||||
Function / homology | Function and homology information antigen processing and presentation of polysaccharide antigen via MHC class II / antigen processing and presentation following phagocytosis / viral exocytosis / calcium ion regulated lysosome exocytosis / endosome to lysosome transport of low-density lipoprotein particle / protein localization to early endosome / cytolytic granule membrane / phagosome-lysosome fusion / early endosome to Golgi transport / late endosome to lysosome transport ...antigen processing and presentation of polysaccharide antigen via MHC class II / antigen processing and presentation following phagocytosis / viral exocytosis / calcium ion regulated lysosome exocytosis / endosome to lysosome transport of low-density lipoprotein particle / protein localization to early endosome / cytolytic granule membrane / phagosome-lysosome fusion / early endosome to Golgi transport / late endosome to lysosome transport / autophagosome-lysosome fusion / autolysosome membrane / plasma membrane repair / lysosome localization / anterograde axonal transport / positive regulation of ruffle assembly / natural killer cell mediated cytotoxicity / autolysosome / beta-tubulin binding / alpha-tubulin binding / positive regulation of bone resorption / spindle midzone / axon cytoplasm / small monomeric GTPase / chromosome segregation / G protein activity / GDP binding / protein transport / late endosome membrane / early endosome membrane / midbody / lysosome / cell division / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / synapse / nucleolus / GTP binding / extracellular exosome / membrane / metal ion binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.01 Å | ||||||
Authors | Qiu, X.H. / Pan, L.F. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2023 Title: Mechanistic Insights into the Interactions of Arl8b with the RUN Domains of PLEKHM1 and SKIP. Authors: Qiu, X. / Li, Y. / Wang, Y. / Gong, X. / Wang, Y. / Pan, L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8jc5.cif.gz | 373.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8jc5.ent.gz | 254.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8jc5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8jc5_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8jc5_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | |
Data in XML | 8jc5_validation.xml.gz | 30.1 KB | Display | |
Data in CIF | 8jc5_validation.cif.gz | 43 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/8jc5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/8jc5 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8jcaC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 19400.438 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: Q75L Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ARL8B, ARL10C, GIE1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9NVJ2, small monomeric GTPase #2: Protein | Mass: 21899.371 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: PLEKHM1, KIAA0356 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9Y4G2 #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.04 Å3/Da / Density % sol: 59.48 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.2 M Lithium chloride, 0.1 M TRIS pH=7.6, 18% (w/v) PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.97873 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 7, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97873 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.01→83.89 Å / Num. obs: 63813 / % possible obs: 96.9 % / Redundancy: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 38.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 15.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.01→2.04 Å / Rmerge(I) obs: 0.573 / Num. unique obs: 63813 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.01→46.75 Å / SU ML: 0.2116 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.0558 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 51.15 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.01→46.75 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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