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- PDB-8jbp: Crystal structure of triosephosphate isomerase from Leishmania or... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jbp
タイトルCrystal structure of triosephosphate isomerase from Leishmania orientalis at 1.45 angstroms resolution with an arsenic atom bound at Cys57
要素Triosephosphate isomerase
キーワードISOMERASE / triosephosphate isomerase / TIM-barrel / dimer / an arsenic atom bound at Cys57
機能・相同性
機能・相同性情報


triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / gluconeogenesis / glycolytic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
ARSENIC / Triosephosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania orientalis (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Kuaprasert, B. / Leartsakulpanich, U. / Riangrungroj, P. / Pornthanakasem, W. / Suginta, W. / Robinson, R.C. / Zhou, Y. / Mungthin, M. / Leelayoova, S. / Saehlee, S. / Choowongkomon, K.
資金援助 タイ, 1件
組織認可番号国
Synchrotron Light Research Institute (SLRI)SLRI 3-62 and Kasetsart University Research and Development Institute, Kasetsart University, Thailand, Grant Number FF(KU) 6.64 タイ
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Leishmania orientalis triosephosphate isomerase crystal structure at 1.45 angstroms resolution and its potential specific inhibitors
著者: Kuaprasert, B. / Leartsakulpanich, U. / Riangrungroj, P. / Pornthanakasem, W. / Suginta, W. / Robinson, C.R. / Zhou, Y. / Mungthin, M. / Leelayoova, S. / Saehlee, S. / Kiriwan, D. / Choowongkomon, K.
履歴
登録2023年5月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Triosephosphate isomerase
B: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6394
ポリマ－58,4892
非ポリマー1502
水8,917495
1
A: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子

A: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6394
ポリマ－58,4892
非ポリマー1502
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area3160 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19390 Å2
手法PISA
2
B: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子

B: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6394
ポリマ－58,4892
非ポリマー1502
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area3140 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.700, 79.353, 83.114
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.24, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-549-

HOH

21A-595-

HOH

31A-612-

HOH

41B-556-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Triosephosphate isomerase


分子量: 29244.482 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Leishmania orientalis (真核生物) / 遺伝子: LSCM4_05371 / プラスミド: pET15b-LsTIM
詳細 (発現宿主): lstim gene was ligated into pET15b at NdeI and BamHI sites
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A836H5J0, triose-phosphate isomerase
#2: 化合物 ChemComp-ARS / ARSENIC / ひ素


分子量: 74.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: As
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 495 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.22 % / 解説: rod shape
結晶化温度: 291.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.7
詳細: 18% PEG 8000 in 0.2M calcium acetate hydrate and 0.1M sodium cacodylate trihydrate pH5.9
PH範囲: 5.7 - 7.0 / Temp details: Incubator

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Oxford Instrument Cryojet / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.99987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月10日 / 詳細: a pair of K-B mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 87903 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 10.69 Å2 / CC1/2: 0.979 / CC star: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.226 / Rpim(I) all: 0.099 / Rrim(I) all: 0.247 / Χ2: 1.63 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.45-1.484.11.3165.343180.5170.8260.651.4720.44196.6
1.48-1.54.51.3342950.5750.8550.6351.4780.44697.1
1.5-1.534.91.35343520.5770.8560.6321.4980.46197.7
1.53-1.565.31.39743300.6140.8720.6321.5360.48497.9
1.56-1.65.71.33643880.7040.9090.5851.4610.49998.1
1.6-1.635.91.54643360.4980.8150.6681.6870.52298.2
1.63-1.675.91.4243820.5910.8620.621.5530.53798.6
1.67-1.725.81.14143940.6310.8790.5121.2540.59598.6
1.72-1.776.50.93143760.8010.9430.3841.0090.63498.7
1.77-1.836.40.7143810.8730.9650.2980.7710.7299
1.83-1.8960.54244510.8930.9710.240.5950.8799
1.89-1.976.60.38844130.9490.9870.1620.4211.12899.1
1.97-2.066.70.28243900.9650.9910.1150.3051.38799.3
2.06-2.176.60.21744270.9760.9940.090.2351.71399.4
2.17-2.36.30.18444280.9810.9950.0780.22.02499.2
2.3-2.486.30.14444500.9850.9960.0620.1572.32899.3
2.48-2.736.10.1244320.9890.9970.0530.1312.7899.5
2.73-3.125.70.09544390.9890.9970.0440.1053.76799.1
3.12-3.945.70.07644030.9920.9980.0350.0845.39497.8
3.94-506.40.06345180.9960.9990.0270.0694.6299

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0405精密化
HKL-2000データスケーリング
DENZOデータ削減
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.45→19.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.07 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.064 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.0637
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19047 4421 5 %RANDOM
Rwork0.16215 ---
obs0.1636 83436 98.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å20 Å20 Å2
2---0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.45→19.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3723 0 2 495 4220
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0123811
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0163714
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7891.6365187
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5761.5668539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5525490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg6.296514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.75610637
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2604
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.024424
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02824
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3531.2791966
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3491.2781966
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9692.2862454
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9692.2872455
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.641.5451845
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6391.5461846
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.9162.7042734
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.85214.74383
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.712134244
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.451→1.489 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 324 -
Rwork0.248 5952 -
obs--95.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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