[English] 日本語
Yorodumi- PDB-8jbp: Crystal structure of triosephosphate isomerase from Leishmania or... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8jbp | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of triosephosphate isomerase from Leishmania orientalis at 1.45 angstroms resolution with an arsenic atom bound at Cys57 | ||||||
Components | Triosephosphate isomerase | ||||||
Keywords | ISOMERASE / triosephosphate isomerase / TIM-barrel / dimer / an arsenic atom bound at Cys57 | ||||||
Function / homology | Function and homology information triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / gluconeogenesis / glycolytic process / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Leishmania orientalis (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.45 Å | ||||||
Authors | Kuaprasert, B. / Leartsakulpanich, U. / Riangrungroj, P. / Pornthanakasem, W. / Suginta, W. / Robinson, R.C. / Zhou, Y. / Mungthin, M. / Leelayoova, S. / Saehlee, S. / Choowongkomon, K. | ||||||
Funding support | Thailand, 1items
| ||||||
Citation | Journal: To be published Title: Leishmania orientalis triosephosphate isomerase crystal structure at 1.45 angstroms resolution and its potential specific inhibitors Authors: Kuaprasert, B. / Leartsakulpanich, U. / Riangrungroj, P. / Pornthanakasem, W. / Suginta, W. / Robinson, C.R. / Zhou, Y. / Mungthin, M. / Leelayoova, S. / Saehlee, S. / Kiriwan, D. / Choowongkomon, K. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8jbp.cif.gz | 118.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb8jbp.ent.gz | 88.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8jbp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/8jbp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/8jbp | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 8j7cC C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||
2 |
| |||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 29244.482 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Leishmania orientalis (eukaryote) / Gene: LSCM4_05371 / Plasmid: pET15b-LsTIM Details (production host): lstim gene was ligated into pET15b at NdeI and BamHI sites Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A836H5J0, triose-phosphate isomerase #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.22 % / Description: rod shape |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: microbatch / pH: 5.7 Details: 18% PEG 8000 in 0.2M calcium acetate hydrate and 0.1M sodium cacodylate trihydrate pH5.9 PH range: 5.7 - 7.0 / Temp details: Incubator |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: Oxford Instrument Cryojet / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSRRC / Beamline: TPS 05A / Wavelength: 0.99987 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 9M / Detector: PIXEL / Date: Dec 10, 2022 / Details: a pair of K-B mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) DCM / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.99987 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.45→50 Å / Num. obs: 87903 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 10.69 Å2 / CC1/2: 0.979 / CC star: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.226 / Rpim(I) all: 0.099 / Rrim(I) all: 0.247 / Χ2: 1.63 / Net I/σ(I): 6.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.45→19.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.07 / SU ML: 0.04 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.064 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.0637 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 13.47 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 1.45→19.74 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|