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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8j7c | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of triosephosphate isomerase from Leishmania orientalis at 1.88A with an arsenic ion bound at Cys57 | |||||||||
要素 | Triosephosphate isomeraseトリオースリン酸イソメラーゼ | |||||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / triosephosphate isomerase (トリオースリン酸イソメラーゼ) / TIM-barrel (TIMバレル) / dimer / an arsenic atom bound at Cys57 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Leishmania orientalis (真核生物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å | |||||||||
データ登録者 | Kuaprasert, B. / Attarataya, J. / Riangrungroj, P. / Pornthanakasem, W. / Suginta, W. / Mungthin, M. / Leelayoova, S. / Choowongkomon, K. / Leartsakulpanich, U. | |||||||||
資金援助 | タイ, 1件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Leishmania orientalis triosephosphate isomerase crystal structure at 1.45 angstroms resolution and its potential specific inhibitors 著者: Kuaprasert, B. / Leartsakulpanich, U. / Riangrungroj, P. / Pornthanakasem, W. / Suginta, W. / Robinson, R. / Zhou, Y. / Mungthin, M. / Leelayoova, S. / Saehlee, S. / Kiriwan, D. / Choowongkomon, K. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8j7c.cif.gz | 117.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8j7c.ent.gz | 88.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8j7c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/8j7c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/8j7c | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8jbpC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29244.482 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Leishmania orientalis (真核生物) / 遺伝子: LSCM4_05371 / プラスミド: pET15b-LsTIM 詳細 (発現宿主): lstim gene was ligated into pET15b at NdeI and BamHI sites 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A836H5J0, トリオースリン酸イソメラーゼ #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.12 % / 解説: rod shape |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.9 詳細: Equal volumes (1.0 microliter) of enzyme (24.2 mg/ml in 50 mM potassium phosphate buffer, pH 8.0, containing 50 mM KCl, 5 mM DTT, and 10% glycerol) and precipitant (PEG8000 18% w/v in 0.2 mM ...詳細: Equal volumes (1.0 microliter) of enzyme (24.2 mg/ml in 50 mM potassium phosphate buffer, pH 8.0, containing 50 mM KCl, 5 mM DTT, and 10% glycerol) and precipitant (PEG8000 18% w/v in 0.2 mM calcium acetate hydrate, 0.1 M and sodium cacodylate trihydrate, pH 5.9) PH範囲: 5.9 - 6.5 / Temp details: Incubator |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 700 series Oxford Cryosystems / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLRI / ビームライン: BL7.2W / 波長: 1.55 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月11日 / 詳細: spherical mirror for CM and toroidal mirror for M |
放射 | モノクロメーター: SI(111) DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.55 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.88→21.56 Å / Num. obs: 46160 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 6.92 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.101 / Net I/av σ(I): 7.2 / Net I/σ(I): 11.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.88→1.92 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.549 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 2463 / CC1/2: 0.598 / Rpim(I) all: 0.399 / Rrim(I) all: 0.682 / % possible all: 81.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.88→19.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 3.038 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.128 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.047 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.88→19.98 Å
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拘束条件 |
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