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- PDB-8jbc: Crystal Structure of the Csm6 K137A mutant from Thermus thermophi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jbc
タイトルCrystal Structure of the Csm6 K137A mutant from Thermus thermophilus HB8 in its apo form
要素CRISPR system endoribonuclease Csm6
キーワードHYDROLASE / Thermus thermophilus HB8 / Csm6 / Endoribonuclease / K137A
機能・相同性: / Csm6 HEPN domain / Csm6 6H domain / defense response to virus / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / NICKEL (II) ION / CRISPR system endoribonuclease Csm6
機能・相同性情報
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Lin, Z. / Du, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971222 中国
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2024
タイトル: Molecular mechanism of allosteric activation of the CRISPR ribonuclease Csm6 by cyclic tetra-adenylate.
著者: Du, L. / Zhu, Q. / Lin, Z.
履歴
登録2023年5月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR system endoribonuclease Csm6
B: CRISPR system endoribonuclease Csm6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,1724
ポリマ－103,0552
非ポリマー1172
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5890 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area40650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.890, 205.570, 59.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 CRISPR system endoribonuclease Csm6 / CRISPR type III-A associated protein Csm6 / TtCsm6


分子量: 51527.297 Da / 分子数: 2 / 変異: K137A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain ATCC 27634 / DSM 579 / HB8) (バクテリア)
遺伝子: csm6, TTHB152 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: Q53W17, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.19 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.01 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M HEPES sodium pH 7.0, 15% w/v Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.41→68.52 Å / Num. obs: 45579 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 62.64 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.41→2.47 Å / Num. unique obs: 4483 / CC1/2: 0.676 / % possible all: 99.93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC1.20.1_4487精密化
HKL-20001.20.1_4487データスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.41→29.64 Å / SU ML: 0.385 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.7974
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2693 3777 4.38 %
Rwork0.2221 82361 -
obs0.2242 45567 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 75.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→29.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7112 0 2 35 7149
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00947261
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.11199854
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05151104
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011287
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.04871025
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.41-2.440.33111390.34363046X-RAY DIFFRACTION99.66
2.44-2.470.3491380.31763082X-RAY DIFFRACTION99.78
2.47-2.510.34231420.31363002X-RAY DIFFRACTION99.87
2.51-2.540.32761440.31843052X-RAY DIFFRACTION99.91
2.54-2.580.40011450.31463078X-RAY DIFFRACTION99.75
2.58-2.620.32621360.30972987X-RAY DIFFRACTION99.78
2.62-2.660.3541480.30533112X-RAY DIFFRACTION99.94
2.66-2.710.41431400.30553013X-RAY DIFFRACTION99.94
2.71-2.760.3361390.293028X-RAY DIFFRACTION99.91
2.76-2.810.33341440.28993087X-RAY DIFFRACTION99.97
2.81-2.870.36941400.28623046X-RAY DIFFRACTION99.81
2.87-2.930.33131410.26733052X-RAY DIFFRACTION99.94
2.93-30.31311360.25823026X-RAY DIFFRACTION100
3-3.070.32141390.26973055X-RAY DIFFRACTION99.97
3.07-3.160.31611370.27053091X-RAY DIFFRACTION99.97
3.16-3.250.31031390.26213040X-RAY DIFFRACTION100
3.25-3.350.29481410.24823025X-RAY DIFFRACTION99.97
3.35-3.470.31041340.23933082X-RAY DIFFRACTION99.97
3.47-3.610.30031420.25063047X-RAY DIFFRACTION100
3.61-3.780.27561380.22773040X-RAY DIFFRACTION99.94
3.78-3.980.24361460.21393071X-RAY DIFFRACTION99.97
3.98-4.220.21391340.19563059X-RAY DIFFRACTION99.97
4.23-4.550.23181430.18073048X-RAY DIFFRACTION100
4.55-5.010.21281360.18063051X-RAY DIFFRACTION99.94
5.01-5.730.27261370.22143037X-RAY DIFFRACTION99.97
5.73-7.20.29171410.21753061X-RAY DIFFRACTION100
7.2-29.640.19541380.15443043X-RAY DIFFRACTION99.44

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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